最近在做基因家族分析塘装。拿到了基因家族成員的序列之后碘勉,當開始做進化樹時就遇到了些問題,然后就在網(wǎng)上搜索了些教程读串,和一些網(wǎng)站拷淘。 一讲衫、首先說一下發(fā)育樹 系統(tǒng)發(fā)育樹(Phylogen...
![240](https://upload.jianshu.io/users/upload_avatars/28603640/51d660bb-fa87-4f96-ae20-46bb51ed4f8f.jpg?imageMogr2/auto-orient/strip|imageView2/1/w/240/h/240)
最近在做基因家族分析塘装。拿到了基因家族成員的序列之后碘勉,當開始做進化樹時就遇到了些問題,然后就在網(wǎng)上搜索了些教程读串,和一些網(wǎng)站拷淘。 一讲衫、首先說一下發(fā)育樹 系統(tǒng)發(fā)育樹(Phylogen...
一、minimap2 Manual Reference Pages - minimap2 (1)[https://lh3.github.io/minimap2/minima...
最近做了三代測序(ONT)入愧,用于檢測特定區(qū)段是否存在大片段的插入缺失鄙漏,整個流程主要用到了minimap2和delly。 第一步:使用minimap2進行比對 Minimap2...
由于bam文件是二進制的壓縮文件棺蛛,正常情況下我們無法用普通編輯器打開查看怔蚌,一般情況下我們借助samtools軟件來對文件進行處理。但很多小伙伴一定遇到過這樣的問題:如果我想對...
A圖中就是一個單體型網(wǎng)絡(luò)旁赊,每個彩色圓代表一種單體型桦踊,圓的大小表示該單體型包含的樣本數(shù),兩個圓之間的連線表示兩個單體型彼此相關(guān)终畅,連線上的短線表示從一個單體型變?yōu)榱硪粋€單體型需要...
hifiasm 如果你基因組是簡單的二倍體,不復(fù)雜离福,不是高重復(fù)或者高雜合杖狼,測序數(shù)據(jù)還是PicBio HiFi數(shù)據(jù),選擇hifiasm進行組裝是個不錯的選擇术徊,對于處理PicBi...
文章僅是記錄自己的學習使用本刽,有錯誤請指出鲸湃,我立刻改正赠涮! 官方說明:https://github.com/lh3/minimap2#general[https://github...
1 什么是circos圖 (1)Circos圖最外圈一般是染色體的示意圖笋除,上面的刻度表示染色體的坐標位置斜友。內(nèi)圈是我們所要展示的數(shù)據(jù),每一圈都是以最外圈為坐標垃它,展示相應(yīng)位置發(fā)生...
一鲜屏、何為 SSR ? SSR ( simple sequence repeats ) 即簡單重復(fù)序列,也稱為微衛(wèi)星 DNA(microsatellite DNA )国拇,在真核生...
導(dǎo)讀 我的小駱駝已經(jīng)六歲了洛史,這幾天才自己學著走路。 一酱吝、目的 我的fasta文件是下面那個樣子也殖,我要統(tǒng)計每條序列的GC堿基與該序列的總堿基比。順便比較一下每條序列的GC占比與...
關(guān)于基因組組裝的流程可以參考我的簡書:http://www.reibang.com/p/e02ecd537c83 前面介紹了SOAPdenovo2的使用绩卤,但是由于結(jié)果整體不...
新的系列系列教程[http://www.reibang.com/p/10bb4410ae3d]已上傳,大家可以去看新的教程 1.orthofinder介紹 OrthoFin...
這里我們用到biopython blast 的輸出結(jié)果需要保存為 xml 格式 -outfmt 設(shè)置為5 首先是blast 構(gòu)建索引 比對 接下來是python里的操作 導(dǎo)入...
OrthoFinder2算法解讀 1)基因樹的構(gòu)建损合, 尋找序列之間的同源關(guān)系(相似度的計算):diamond省艳,blast,mmseq2 基因樹的推斷:DendroBLAST嫁审,...