發(fā)簡信
IP屬地：上海
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農(nóng)學跨生信，之前總覺得井辆，沒人教借跪，怕走彎路，遲遲不肯踏踏實實從基礎一點一點積累慢慢學起愧薛。一會看看生物晨炕，一會寫寫代碼，抓不住重點也沒有提高毫炉。 后來關注了生信技能樹瓮栗，還蹭了建設人Jimmy大佬組織的線下聚會，聽到幾位大佬介紹后，發(fā)現(xiàn)他們都是自學费奸，自己摸索的弥激，并且給我強調(diào)了記筆記的重要性。 這是一個對知識管理的過程愿阐，記錄下學習的一點一滴微服，寫下來的筆記是給自己的（有時候會覺得寫的不好，也不敢分享出來缨历，沒有正向激勵以蕴，漸漸就不寫了），當然如果也可以像大佬們那樣對他人的學習起到幫助辛孵，我也會覺得非常榮幸和開心吶丛肮。 加油啦～～
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一些生物信息學用到的軟件鲜滩，工具伴鳖，介紹用法安裝以及以及應用的文章 ?? 測序組裝使用的Spades、canu等等 ?? 序列比對比如blast徙硅、bowtie榜聂、diamond等 ?? 多序列比對比如mega、clustalW嗓蘑、matff等 ?? 序列格式轉(zhuǎn)化的samtools须肆、bedtools等等 ?? 可變剪接分析的rMATS、MISO ?? 微衛(wèi)星序列查找工具misa等 ?? call peak的工具macs2 ?? 文獻下載工具Sci-hub桌面版 ?? 進化樹構建工具IQtree桩皿、ggtree等 ?? 同源基因查找工具OrthoMCL豌汇、OrthoFinder等 ?? 尋找測序中的結構變異或者SNP序列GATK、bcftools等 ?? 宏基因組組裝與分析的anvi'o泄隔、QIMME ?? 測序質(zhì)量評估的FastQC拒贱、BUSCO、QUAST ?? 可視化工具比如IGV佛嬉、3D Genome ?? 測序數(shù)據(jù)下載工具SRA Toolkit逻澳、ascp等 ?? 數(shù)據(jù)可視化的工具circos 等等
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歡迎大家分享自己在完成生信技能樹linux作業(yè)時的筆記心得 斜做。 生信人的 linux 20題 <http://www.bio-info-trainee.com/2900.html 處理 fastq,fasta,sam,bam,vcf,gff,gtf,bed,MAF等**格式（約定成俗，大牛推廣）**的數(shù)據(jù) fasta和fastq格式文件的shell小練習 http://www.bio-info-trainee.com/3575.html sam和bam格式文件的shell小練習 http://www.bio-info-trainee.com/3578.html VCF格式文件的shell小練習 http://www.bio-info-trainee.com/3577.html
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記錄學習生信的點滴
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收集一些生物信息學的分析流程的文章。感謝這些簡友整理的生信分析流程刮便！ 如果簡友投稿沒有被我收入專題空猜，可能是我沒看到或者收入到其他針對性更強的專題中了。望見諒恨旱！ ???????????????????????? 文章的收錄是有順序的辈毯，查看的時候請點擊“最新收錄”然后進行查看。 ?? 全基因組測序(WGS)分析 ?? 轉(zhuǎn)錄組分析RNA-seq的分析流程 ?? 染色質(zhì)免疫共沉淀技術ATAC-Seq搜贤、ChIP-Seq分析 ?? 單細胞scRNA-seq分析 ?? 癌癥的預后標志物查找 ?? 系統(tǒng)發(fā)育演化進化樹構建與分析 ?? 群體遺傳學分析 ?? 全基因組關聯(lián)分析(GWAS) ?? 基因家族的分析 ?? 甲基化測序與分析 ?? KEGG/GO功能富集分析 ?? 圖形繪制具體細節(jié)的比如熱圖谆沃、曼哈頓圖的繪制等 ?? python、perl仪芒、R的包的使用過程 ?? 具體工具的使用唁影，比如GATK的使用過程 ?? 數(shù)據(jù)庫的挖掘方法，比如TCGA數(shù)據(jù)庫的使用 ?? 另外就是整個文章走下來的流程 ?? ?? ??
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生信技能樹：https://vip.biotrainee.com/ Openbiox： https://community.openbiox.org/ 公眾號：優(yōu)雅R 生物數(shù)據(jù)分析QA肿嘲，技術文檔與博客融击，需要你的參與。 ……………………………… 歡迎在簡書創(chuàng)作和做筆記的生信學習者雳窟、愛好者以及相關編程人員加入本專題尊浪，貢獻你的文字匣屡，無論是原創(chuàng)還是筆記，我們需要你拇涤，將本專題打造為生信知識寶庫捣作、交流平臺。 內(nèi)容可以是對生物信息學與算法知識相關資源的收集鹅士、整理券躁，以及原創(chuàng)筆記： * R * Python * Perl * Linux 工具與編程 * 繪圖 * 統(tǒng)計 * 計算生物學 * 各類算法 * 機器學習
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天道酬勤
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文章均為原創(chuàng)侣集，記錄生活點滴和所思所想键俱，分為行色匆匆、家事微瀾肚吏、讀書筆記方妖、閑言碎語及日志五個板塊。
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人生因堅持而精彩！因夢想而充實斋泄！在夢想的道路上勇往直前杯瞻，無怨無悔！
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