個人wx公眾號：木舟筆記拌倍。
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ChIP-seq一小步，心肌肥厚lncRNA一大步參考文獻：Targetingmuscle-enriched long non-coding RNA H19 reverses pathological cardiachype...
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2021-01-05重測序數(shù)據(jù)call SNP 流程
bwa+samtools+picardtools+GATK call SNP 流程[http://www.reibang.com/p/938d362fc48d]如何利用重測...
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一. 染色體不同區(qū)域基因表達水平可視化（bwa, samtools, bedtools, TBtools ）1. bwa index ref.fa; eg: $ bwa index Genome.fas; 2. bwa mem ref.fa read1.fq read2.fq > ...
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Smartseq2 scRNA小鼠發(fā)育學(xué)習(xí)筆記-5-發(fā)育譜系推斷及可視化
劉小澤寫于19.10.24筆記目的：根據(jù)生信技能樹的單細胞轉(zhuǎn)錄組課程探索Smartseq2技術(shù)及發(fā)育相關(guān)的分析課程鏈接在：http://jm.grazy.cn/index/m...
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跟著Nature Medicine學(xué)畫圖：R語言散點圖組合頻率分布圖的簡單小例子今天的推文內(nèi)容來自論文 Clustering and superspreading potential of SARS-CoV-2 infections in Hong Ko...
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單細胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)習(xí)筆記-7-重復(fù)平均表達量和變異系數(shù)相關(guān)性散點圖轉(zhuǎn)載來自：劉小澤 鏈接：http://www.reibang.com/p/e659a2f164f7[http://www.reibang.com/p/e659a2f164...
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limma、DESeq2厢汹、edgeR差異分析及繪制韋恩圖不同的時空以及不同的條件下差異基因分析是RNAseq分析的重要目標(biāo)缎讼。差異表達分析方法包括：基于Read數(shù)目：DESeq、limma和edgeR坑匠；基于組裝技術(shù)：Cuffdif和...
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RNAseq 完整操作流程以及后續(xù)例子操作2.軟件以及流程以及代碼： 本實驗使用常規(guī)的Tophat2 比對 （1）樣本制備、建庫：總RNA ---> polyA富集mRNA ---> 打斷 ---> 隨機引物反轉(zhuǎn)錄成...
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（單細胞測序-SingleCell）Seurat流程文獻復(fù)現(xiàn)單細胞項目：來自于30個病人的49個組織樣品卧惜，跨越3個治療階段 Therapy-Induced Evolution of Human Lung Cancer Revealed...
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如何構(gòu)建表達矩陣——RNAseq中游分析
中游分析這個詞是我杜撰的厘灼，用來強調(diào)表達矩陣構(gòu)建過程并不簡單。 0 前言 前幾天Jimmy老師發(fā)了一篇 我用這個技能一杯咖啡的功夫就掙了800塊錢咽瓷，講了他幫一個粉絲從公共數(shù)據(jù)庫...
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完整的單細胞分析流程——數(shù)據(jù)標(biāo)化（normalization）
動機 通常在單細胞RNA測序數(shù)據(jù)中觀察到文庫之間測序覆蓋率的系統(tǒng)差異钻洒。它們通常是由細胞間的cDNA捕獲或PCR擴增效率方面的技術(shù)差異引起的奋姿，這歸因于用最少的起始材料難以實現(xiàn)一...
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Hemberg-lab單細胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析（七）-導(dǎo)入10X和SmartSeq2數(shù)據(jù)Tabula Muris
往期系列 Hemberg-lab單細胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析（一） Hemberg-lab單細胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析（二） Hemberg-lab單細胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析（三） Hemberg...
