一弟晚、概念 連鎖不平衡是指,在某一群體中辨泳，分屬兩個(gè)或兩個(gè)以上基因座的等位基因同時(shí)出現(xiàn)在一條染色體上的幾率，高于隨機(jī)出現(xiàn)的頻率。連鎖不平衡是等位基因或者遺傳標(biāo)記在一個(gè)種群中表現(xiàn)出...
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基礎(chǔ)知識(shí)——連鎖不平衡 Linkage disequilibrium (LD) -
可以從fasta中提取基因序列的4款軟件
前言 ??做生分析有時(shí)候需要從基因組fasta文件中提取基因的序列，對(duì)于這個(gè)需求有不少現(xiàn)成的軟件可以來實(shí)現(xiàn)，今天來跟大家分享4款可以完成這個(gè)需求的軟件出革，廢話不多說了，直接來看...
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基因組數(shù)據(jù)上傳NCBI
1覆履、創(chuàng)建 BioProject 號(hào)和 BioSample 號(hào) 對(duì)某一個(gè)物種進(jìn)行了基因組測(cè)序蹋盆，則申請(qǐng) BioProject 和 BioSample 號(hào)各一個(gè)。 2硝全、使用 tbl...
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秘籍 | 驚了栖雾，使用aspera下載SRA數(shù)據(jù)速度高達(dá) 291Mb/s
2024年5月20日更新：目前大家可以參考這篇??，更加方便：生信 | 超便捷伟众！iSeq同時(shí)支持快速下載GSA/SRA/ENA的數(shù)據(jù)[https://www.jianshu.c...
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NCBI組學(xué)數(shù)據(jù)上傳流程論文發(fā)表之前我們常常會(huì)有遞交測(cè)序數(shù)據(jù)到NCBI的需求析藕，這些數(shù)據(jù)例如：基因組，轉(zhuǎn)錄組凳厢，ChIP-seq账胧，ATAC-seq竞慢，基因組注釋文件，三代測(cè)序原始數(shù)據(jù)等都有不同的NCBI子...
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生信log18|一個(gè)上傳基因組到NCBI的圖文詳細(xì)教程開篇廢話一下：> 這篇日志分享的實(shí)際上是我總結(jié)了NCBI基因組上傳流程并分享給組內(nèi)同學(xué)參考的PPT教程治泥，當(dāng)然我們PPT上面還有16S rRNA基因的上傳教程筹煮，因?yàn)槭菐熜肿龅模?..
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NCBI數(shù)據(jù)庫(kù)Fastq原始序列上傳和登錄號(hào)獲取最近文章要求原始數(shù)據(jù)上傳NCBI數(shù)據(jù)庫(kù)，小白摸索了一路總算有了點(diǎn)認(rèn)識(shí)哈哈~寫下來當(dāng)做筆記居夹。 1.賬號(hào) 首先我們要登錄NCBI網(wǎng)站败潦，見圖1右上角，如果有賬號(hào)直接登陸就好准脂。沒有的...
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如何上傳測(cè)序數(shù)據(jù)至NCBI劫扒？文章發(fā)表一般要求將測(cè)序數(shù)據(jù)上傳至NCBI的SRA（Sequence Read Archive）數(shù)據(jù)庫(kù)。上傳到NCBI 的數(shù)據(jù)可歸納為兩大類：測(cè)序原始數(shù)據(jù)和分析數(shù)據(jù)狸膏。原始數(shù)據(jù)（...
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Ubuntu下Aspera connect的安裝與使用
本文來源 http://www.chenlianfu.com/?p=2319沟饥，稍有更改。Aspera connect是高效傳輸軟件湾戳，可在 http://downloads.a...
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在NCBI建立BioProject及數(shù)據(jù)上傳1贤旷、創(chuàng)建自己的NCBI賬號(hào) 過程，略 2砾脑、創(chuàng)建BioProject 1遮晚、進(jìn)入BioProject 2、選擇Submission 3拦止、創(chuàng)建new Submission 4、隨后...
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Aspera下載安裝使用Aspera Linux 安裝 conda 安裝 在Linux上安裝Aspera顶瞒，方便的還是直接通過conda進(jìn)行安裝(已經(jīng)安裝了Anaconda），在需要安裝的環(huán)境下輸入以...
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通過Linux命令行使用Aspera全速上傳測(cè)序數(shù)據(jù)到NCBI數(shù)據(jù)庫(kù)每試錯(cuò)一次元旬，就離本質(zhì)就更近一步榴徐。----小藍(lán)哥 為什么要上傳數(shù)據(jù) 師姐找我?guī)兔ι蟼骱昊蚪M數(shù)據(jù)到NCBI，大概是45G匀归。NCBI提供了很多種可供選擇的上傳方式： 沒有海外節(jié)點(diǎn)...
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使用qqman包繪制曼哈頓圖和QQ圖安裝并加載所需R包 基本數(shù)據(jù)格式：SNP名稱穆端，所在染色體袱贮，SNP位置，Pvalue值 繪制曼哈頓圖 基本使用 常用參數(shù) 默認(rèn)繪圖 繪制QQ圖 默認(rèn)繪圖
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R語言ggplot2包畫曼哈頓圖的一個(gè)簡(jiǎn)單小例子曼哈頓圖是GWAS數(shù)據(jù)分析中經(jīng)常會(huì)用到的一個(gè)圖体啰，R語言里有專門的包和函數(shù)直接生成曼哈頓圖攒巍。但是如果有數(shù)據(jù)的話我們自己也可以用ggplot2來做嗽仪。 做曼哈頓圖的數(shù)據(jù)通常是以下這...
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GO注釋結(jié)果整理對(duì)于非模式生物或者無參考基因組的項(xiàng)目闻坚，經(jīng)常需要進(jìn)行基因的功能注釋，而GO注釋是基因功能注釋的重要部分兢孝。有很多軟件能夠獲得GO注釋的信息窿凤，例如interproscan、eggn...
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【R畫圖學(xué)習(xí)13.3】散點(diǎn)圖---曼哈頓圖曼哈頓圖西潘，我自己最常用于的場(chǎng)景就是GWAS分析之后卷玉，常使用它展示基因組中與某種表型顯著相關(guān)的SNP位點(diǎn)或基因型信息。一般橫軸是代表染色體喷市，縱軸則表示SNP位點(diǎn)與表型關(guān)聯(lián)的顯著...
