1.背景知識(shí) 在一篇文章里看到了微衛(wèi)星不穩(wěn)定性（Microsatellite Instability，MSI）與riskscore的關(guān)系圖鬼吵，就去查了一下扣甲，很好的背景知識(shí)資料：...
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：廣東
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TCGA的微衛(wèi)星不穩(wěn)定性數(shù)據(jù)獲取和可視化 -
seurat-NormalizeData()源碼解析年底復(fù)盤(pán)，發(fā)現(xiàn)很多知識(shí)點(diǎn)理解并不深入芭梯，想對(duì)這些不清晰的知識(shí)點(diǎn)重新梳理一下险耀。 一、NormalizeData()歸一化 考慮到文庫(kù)測(cè)序深度的影響粥帚，我們需要對(duì)單細(xì)胞counts矩...
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patchwork：R里面一個(gè)挺厲害的拼圖函數(shù)
官方網(wǎng)址：The Composer of Plots ? patchwork (data-imaginist.com)[https://patchwork.data-imag...
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細(xì)胞間通訊教程|| cellphonedb 及其可視化細(xì)胞配受體通識(shí)以及常見(jiàn)細(xì)胞分泌信號(hào)通路[http://www.reibang.com/p/df4721d29a91]CellChat：細(xì)胞間相互作用分析利器[https:/...
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Stringtie的使用說(shuō)明
參考文獻(xiàn)：stringtie enables improved reconstruction of a transcriptome from rNA-seq reads幫助文...
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DoRothEA：scRNAseq轉(zhuǎn)錄因子活性預(yù)測(cè)工具在看文獻(xiàn)Single-cell RNA sequencing of blood antigen-presenting cells in severe COVID-19 rev...
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typora-讓你愛(ài)上Markdown芒涡，從此無(wú)法自拔typora-讓你愛(ài)上Markdown柴灯，從此無(wú)法自拔下載地址 for Windows[https://www.typora.io/#windows]其他系統(tǒng)可進(jìn)typora官...
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關(guān)注科研生態(tài)赠群，推廣科學(xué)成果，解密生命奧妙旱幼，歡迎關(guān)注公眾號(hào)：生信風(fēng)暴
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奇異值分解(SVD) --- 線性變換幾何意義PS：一直以來(lái)對(duì)SVD分解似懂非懂查描，此文為譯文，原文以細(xì)致的分析+大量的可視化圖形演示了SVD的幾何意義柏卤。能在有限的篇幅把這個(gè)問(wèn)題講解的如此清晰冬三，實(shí)屬不易。原文舉了一個(gè)簡(jiǎn)單的...
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msigdbr 包提供多個(gè)物種的MSigDB數(shù)據(jù)
富集分析是一種大家常用分析方法缘缚；msigdb數(shù)據(jù)庫(kù)中有定義好的基因集勾笆，但其中絕大多數(shù)數(shù)據(jù)都是人類(lèi)的；老鼠和其它物種的基因集有的桥滨，但是比較少窝爪，無(wú)法滿(mǎn)足大眾的需求弛车。msigdbr...
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分享各種各樣的科研日常纷跛。
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GEO數(shù)據(jù)挖掘小嘗試：（三）利用clusterProfiler進(jìn)行富集分析clusterProfiler 是業(yè)界大神Y叔寫(xiě)的一個(gè)R包，可以用來(lái)做各種富集分析邀杏，如GO贫奠、KEGG、DO（Disease Ontology analysis）淮阐、Reacto...
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損失函數(shù)softmax_cross_entropy叮阅、binary_cross_entropy、sigmoid_cross_entropy之間的區(qū)別與聯(lián)系cross_entropy-----交叉熵是深度學(xué)習(xí)中常用的一個(gè)概念泣特，一般用來(lái)求目標(biāo)與預(yù)測(cè)值之間的差距浩姥。 在介紹softmax_cross_entropy，binary_cr...
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網(wǎng)絡(luò)-R語(yǔ)言進(jìn)行網(wǎng)絡(luò)分析的基礎(chǔ)包 igraph#igraph 包介紹 igraph是一個(gè)用于網(wǎng)絡(luò)分析的庫(kù)和R包状您。 ##igraph的作用 igraph庫(kù)的主要目標(biāo)是提供一組數(shù)據(jù)類(lèi)型和功能勒叠，以實(shí)現(xiàn)以下目的：1）輕松實(shí)現(xiàn)圖形...
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中心化、標(biāo)準(zhǔn)化膏孟、歸一化眯分？
中心化、標(biāo)準(zhǔn)化柒桑、歸一化 圖.左邊是原始數(shù)據(jù)的分布情況弊决、中間是經(jīng)過(guò)中心化的分布情況、右邊是經(jīng)過(guò)標(biāo)準(zhǔn)化后的情況魁淳。圖片來(lái)自知乎 說(shuō)明：本文純屬胡說(shuō)飘诗，沒(méi)有加入嚴(yán)謹(jǐn)?shù)臄?shù)學(xué)推導(dǎo)，如有問(wèn)題...
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