1.背景知識 在一篇文章里看到了微衛(wèi)星不穩(wěn)定性（Microsatellite Instability望薄，MSI）與riskscore的關(guān)系圖余爆，就去查了一下结耀，很好的背景知識資料：...
發(fā)簡信
IP屬地：廣東
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TCGA的微衛(wèi)星不穩(wěn)定性數(shù)據(jù)獲取和可視化 -
seurat-NormalizeData()源碼解析年底復(fù)盤酪穿，發(fā)現(xiàn)很多知識點理解并不深入凳干，想對這些不清晰的知識點重新梳理一下。 一被济、NormalizeData()歸一化 考慮到文庫測序深度的影響纺座，我們需要對單細(xì)胞counts矩...
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patchwork：R里面一個挺厲害的拼圖函數(shù)
官方網(wǎng)址：The Composer of Plots ? patchwork (data-imaginist.com)[https://patchwork.data-imag...
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細(xì)胞間通訊教程|| cellphonedb 及其可視化細(xì)胞配受體通識以及常見細(xì)胞分泌信號通路[http://www.reibang.com/p/df4721d29a91]CellChat：細(xì)胞間相互作用分析利器[https:/...
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Stringtie的使用說明
參考文獻：stringtie enables improved reconstruction of a transcriptome from rNA-seq reads幫助文...
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DoRothEA：scRNAseq轉(zhuǎn)錄因子活性預(yù)測工具在看文獻Single-cell RNA sequencing of blood antigen-presenting cells in severe COVID-19 rev...
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typora-讓你愛上Markdown净响，從此無法自拔typora-讓你愛上Markdown，從此無法自拔下載地址 for Windows[https://www.typora.io/#windows]其他系統(tǒng)可進typora官...
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關(guān)注科研生態(tài)，推廣科學(xué)成果畏陕，解密生命奧妙配乓，歡迎關(guān)注公眾號：生信風(fēng)暴
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奇異值分解(SVD) --- 線性變換幾何意義PS：一直以來對SVD分解似懂非懂，此文為譯文惠毁，原文以細(xì)致的分析+大量的可視化圖形演示了SVD的幾何意義犹芹。能在有限的篇幅把這個問題講解的如此清晰，實屬不易鞠绰。原文舉了一個簡單的...
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msigdbr 包提供多個物種的MSigDB數(shù)據(jù)
富集分析是一種大家常用分析方法腰埂；msigdb數(shù)據(jù)庫中有定義好的基因集，但其中絕大多數(shù)數(shù)據(jù)都是人類的蜈膨；老鼠和其它物種的基因集有的屿笼，但是比較少，無法滿足大眾的需求翁巍。msigdbr...
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GEO數(shù)據(jù)挖掘小嘗試：（三）利用clusterProfiler進行富集分析clusterProfiler 是業(yè)界大神Y叔寫的一個R包肝断，可以用來做各種富集分析，如GO、KEGG胸懈、DO（Disease Ontology analysis）鱼蝉、Reacto...
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損失函數(shù)softmax_cross_entropy、binary_cross_entropy箫荡、sigmoid_cross_entropy之間的區(qū)別與聯(lián)系cross_entropy-----交叉熵是深度學(xué)習(xí)中常用的一個概念魁亦，一般用來求目標(biāo)與預(yù)測值之間的差距。 在介紹softmax_cross_entropy羔挡，binary_cr...
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網(wǎng)絡(luò)-R語言進行網(wǎng)絡(luò)分析的基礎(chǔ)包 igraph#igraph 包介紹 igraph是一個用于網(wǎng)絡(luò)分析的庫和R包洁奈。 ##igraph的作用 igraph庫的主要目標(biāo)是提供一組數(shù)據(jù)類型和功能，以實現(xiàn)以下目的：1）輕松實現(xiàn)圖形...
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中心化绞灼、標(biāo)準(zhǔn)化利术、歸一化？
中心化低矮、標(biāo)準(zhǔn)化印叁、歸一化 圖.左邊是原始數(shù)據(jù)的分布情況、中間是經(jīng)過中心化的分布情況军掂、右邊是經(jīng)過標(biāo)準(zhǔn)化后的情況轮蜕。圖片來自知乎 說明：本文純屬胡說，沒有加入嚴(yán)謹(jǐn)?shù)臄?shù)學(xué)推導(dǎo)蝗锥，如有問題...
