哥，links_dims = 0p,2p,5p,2p,2p 這個寫錯了较曼，是 link_dims稿茉，我說我試了半天沒反應??
circos使用筆記circos是用來展示數(shù)據(jù)的繪圖工具荣德，其數(shù)據(jù)展示方式主要通過配置文件來決定凡蚜。不同的展示方式可通過不同的配置文件來進行設(shè)置嚣镜，如染色體整體展示，添加刻度辰狡，柱狀圖锋叨，熱圖垄分，添加文本標...
IP屬地：廣東
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blast主要方法使用總結(jié)（Linux）BLAST的主要理念 blast是區(qū)段比對宛篇，對于給定的兩個序列，blast會把具有相似性的片段（hit）找出來薄湿，顯示的是hit的信息叫倍。 Search may take pla...
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請問83和147是本身比對到負鏈，這個是否和鏈特異性建庫有關(guān)豺瘤？即RF建庫和FR建庫吆倦，83和147在兩種建庫方法上是否就是反過來了。
2020-06-17 BAM文件flag的釋義
BAM文件中flag的釋義一直很含糊坐求，看了很多官方文檔和博客都解釋得似懂非懂蚕泽，今天就詳細地了解了一下，首先： 圖中有兩條記錄桥嗤，其中第二列即為flag值须妻。這個值是由多個“基本的...
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HISAT2 Bowtie2 提取唯一比對 unique mapping reads
把read比對到基因組之后，需要提取唯一比對來進行下一步分析泛领。 bowtie2和HISAT2 都沒有只輸出唯一比對的命令荒吏，所以需要對比對結(jié)果sam文件進行提取，可以通過sam...
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感謝分享渊鞋，把第一個大括號當成生成字典的函數(shù)就很容易理解了绰更，因為按照字典特性，鍵名是唯一的锡宋，所以用ensg當成鍵名儡湾，相同鍵名的fpkm相加，相同鍵名出現(xiàn)重復則次數(shù)+1执俩，之后用END進行求均值并輸出盒粮。
??[linux]awk按照某列分組求另一列均值
我這里先拋出問題，我手上有套數(shù)據(jù)：包含三列奠滑，第一列ensgid丹皱、第二列symbol，第三列fpkm值宋税。數(shù)據(jù)問了老師摊崭，老師說相同的ensg對應的fpkm值，求均值杰赛。所以針對上方...
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??[linux]awk按照某列分組求另一列均值
我這里先拋出問題呢簸，我手上有套數(shù)據(jù)：包含三列，第一列ensgid、第二列symbol根时，第三列fpkm值瘦赫。數(shù)據(jù)問了老師，老師說相同的ensg對應的fpkm值蛤迎，求均值确虱。所以針對上方...
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請問exprSet.txt文件長啥樣？有做去掉0表達的基因嗎替裆？
GSVA自定義基因集分析
微信公眾號：研平方[#jump_10]關(guān)注可了解更多的科研教程及技巧校辩。如有問題或建議，請在公眾號留言歡迎關(guān)注我：一起學習辆童，一起進步宜咒！[#jump_20] 已經(jīng)很久沒有再用R語...
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R語言傳參2022-08-24
R語言傳參快速使用腳本 簡便版 進階版 getopt方法 optparse方法1 optparse方法2 R使用getopt包傳參 補充：系統(tǒng)自帶的傳參方法commandAr...
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default沒設(shè)置也不是必須參數(shù)啊，必須參數(shù)是沒有使用就會報錯把鉴，這個不會報錯故黑，只是輸出NULL
R語言傳參2022-08-24
R語言傳參快速使用腳本 簡便版 進階版 getopt方法 optparse方法1 optparse方法2 R使用getopt包傳參 補充：系統(tǒng)自帶的傳參方法commandAr...
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請問第三種方法用的是什么命令？是samtools bam2fq嗎庭砍？
bam2fastq(bam文件轉(zhuǎn)fq/fastq)
bedtools工具包bamtofastq轉(zhuǎn)換工具 picard中的SamToFastq轉(zhuǎn)換工具 samtools亦可進行bam文件（到fq）的轉(zhuǎn)換 總結(jié)一下 此三種方法场晶，某...
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bam2fastq(bam文件轉(zhuǎn)fq/fastq)
bedtools工具包bamtofastq轉(zhuǎn)換工具 picard中的SamToFastq轉(zhuǎn)換工具 samtools亦可進行bam文件（到fq）的轉(zhuǎn)換 總結(jié)一下 此三種方法，某...
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叉_9be2 ·
感謝作者大大的分享逗威，很全面峰搪。
不過有兩個小問題沒太懂：
1. emapper的結(jié)果文件中，不是已經(jīng)包含kegg和pathway信息了么凯旭？為什么不能直接使用概耻，還要從kegg官網(wǎng)上下載？
2. 從kegg官網(wǎng)下載json文件的時候罐呼，是否需要下載對應物種的鞠柄？還是說那個ko00001文件包含了所有物種的信息啊嫉柴？
麻煩作者大大啦厌杜！ -
#breaks
bk <- seq(-9,9,0.01) # len: 1801
# 做熱圖：
pheatmap(data1,
scale = "none",
color = colorRampPalette(c("blue", "white", "red"))(length(bk)-1), # len: 1800
legend_breaks=seq(-9,9,1),
breaks=bk)
這樣更準確更易懂，博主這個例子對初學者太難了R語言pheatmap熱圖色條控制小技巧
本期介紹一個控制熱圖顏色范圍并規(guī)定指定值顏色的小技巧计螺。 使用的是R語言的pheatmap包夯尽，先生成隨機數(shù)據(jù)： data1如下： 查看數(shù)據(jù)范圍： 使用上面的矩陣做熱圖，要求低值...
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你的matrix數(shù)據(jù)median這一列為什么不刪掉登馒，難道不是只是單純的為了去重排序而建的匙握？
復現(xiàn)：純R代碼實現(xiàn)ssGSEA算法評估腫瘤免疫浸潤程度
最近學習了生信菜鳥團的純R代碼實現(xiàn)ssGSEA算法評估腫瘤免疫浸潤程度,想復制作者的流程，但是發(fā)現(xiàn)了幾個不一樣的地方陈轿，所以重新整理流程圈纺，代碼主要來自原作者Juan_NF秦忿。 文...
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請問m6Amonster這個包是什么蛔琅？在哪里可以搜到這個包的詳細信息胎许？
exomePeak的使用
R：http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/exomePeak.html 安裝：# 看來作者更新的挺好 ...
