哥，links_dims = 0p,2p,5p,2p,2p 這個(gè)寫錯(cuò)了韵吨，是 link_dims迹冤，我說我試了半天沒反應(yīng)??
circos使用筆記circos是用來展示數(shù)據(jù)的繪圖工具讽营，其數(shù)據(jù)展示方式主要通過配置文件來決定。不同的展示方式可通過不同的配置文件來進(jìn)行設(shè)置泡徙，如染色體整體展示橱鹏，添加刻度，柱狀圖，熱圖莉兰，添加文本標(biāo)...
IP屬地：廣東
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blast主要方法使用總結(jié)（Linux）BLAST的主要理念 blast是區(qū)段比對挑围，對于給定的兩個(gè)序列，blast會把具有相似性的片段（hit）找出來糖荒，顯示的是hit的信息杉辙。 Search may take pla...
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請問83和147是本身比對到負(fù)鏈，這個(gè)是否和鏈特異性建庫有關(guān)捶朵？即RF建庫和FR建庫蜘矢，83和147在兩種建庫方法上是否就是反過來了。
2020-06-17 BAM文件flag的釋義
BAM文件中flag的釋義一直很含糊综看，看了很多官方文檔和博客都解釋得似懂非懂品腹，今天就詳細(xì)地了解了一下，首先： 圖中有兩條記錄红碑，其中第二列即為flag值舞吭。這個(gè)值是由多個(gè)“基本的...
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HISAT2 Bowtie2 提取唯一比對 unique mapping reads
把read比對到基因組之后，需要提取唯一比對來進(jìn)行下一步分析句喷。 bowtie2和HISAT2 都沒有只輸出唯一比對的命令镣典，所以需要對比對結(jié)果sam文件進(jìn)行提取，可以通過sam...
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感謝分享唾琼，把第一個(gè)大括號當(dāng)成生成字典的函數(shù)就很容易理解了兄春，因?yàn)榘凑兆值涮匦裕I名是唯一的锡溯，所以用ensg當(dāng)成鍵名赶舆，相同鍵名的fpkm相加，相同鍵名出現(xiàn)重復(fù)則次數(shù)+1祭饭，之后用END進(jìn)行求均值并輸出芜茵。
??[linux]awk按照某列分組求另一列均值
我這里先拋出問題，我手上有套數(shù)據(jù)：包含三列倡蝙，第一列ensgid九串、第二列symbol，第三列fpkm值寺鸥。數(shù)據(jù)問了老師猪钮，老師說相同的ensg對應(yīng)的fpkm值，求均值胆建。所以針對上方...
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??[linux]awk按照某列分組求另一列均值
我這里先拋出問題烤低，我手上有套數(shù)據(jù)：包含三列，第一列ensgid笆载、第二列symbol扑馁，第三列fpkm值涯呻。數(shù)據(jù)問了老師，老師說相同的ensg對應(yīng)的fpkm值腻要，求均值复罐。所以針對上方...
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請問exprSet.txt文件長啥樣？有做去掉0表達(dá)的基因嗎雄家？
GSVA自定義基因集分析
微信公眾號：研平方[#jump_10]關(guān)注可了解更多的科研教程及技巧市栗。如有問題或建議，請?jiān)诠娞柫粞詺g迎關(guān)注我：一起學(xué)習(xí)咳短，一起進(jìn)步！[#jump_20] 已經(jīng)很久沒有再用R語...
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R語言傳參2022-08-24
R語言傳參快速使用腳本 簡便版 進(jìn)階版 getopt方法 optparse方法1 optparse方法2 R使用getopt包傳參 補(bǔ)充：系統(tǒng)自帶的傳參方法commandAr...
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default沒設(shè)置也不是必須參數(shù)啊蛛淋，必須參數(shù)是沒有使用就會報(bào)錯(cuò)咙好，這個(gè)不會報(bào)錯(cuò)，只是輸出NULL
R語言傳參2022-08-24
R語言傳參快速使用腳本 簡便版 進(jìn)階版 getopt方法 optparse方法1 optparse方法2 R使用getopt包傳參 補(bǔ)充：系統(tǒng)自帶的傳參方法commandAr...
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請問第三種方法用的是什么命令褐荷？是samtools bam2fq嗎勾效？
bam2fastq(bam文件轉(zhuǎn)fq/fastq)
bedtools工具包bamtofastq轉(zhuǎn)換工具 picard中的SamToFastq轉(zhuǎn)換工具 samtools亦可進(jìn)行bam文件（到fq）的轉(zhuǎn)換 總結(jié)一下 此三種方法，某...
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bam2fastq(bam文件轉(zhuǎn)fq/fastq)
bedtools工具包bamtofastq轉(zhuǎn)換工具 picard中的SamToFastq轉(zhuǎn)換工具 samtools亦可進(jìn)行bam文件（到fq）的轉(zhuǎn)換 總結(jié)一下 此三種方法叛甫，某...
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叉_9be2 ·
感謝作者大大的分享层宫，很全面。
不過有兩個(gè)小問題沒太懂：
1. emapper的結(jié)果文件中其监，不是已經(jīng)包含kegg和pathway信息了么萌腿？為什么不能直接使用，還要從kegg官網(wǎng)上下載抖苦？
2. 從kegg官網(wǎng)下載json文件的時(shí)候毁菱，是否需要下載對應(yīng)物種的？還是說那個(gè)ko00001文件包含了所有物種的信息靶坷贮庞？
麻煩作者大大啦！ -
#breaks
bk <- seq(-9,9,0.01) # len: 1801
# 做熱圖：
pheatmap(data1,
scale = "none",
color = colorRampPalette(c("blue", "white", "red"))(length(bk)-1), # len: 1800
legend_breaks=seq(-9,9,1),
breaks=bk)
這樣更準(zhǔn)確更易懂究西，博主這個(gè)例子對初學(xué)者太難了R語言pheatmap熱圖色條控制小技巧
本期介紹一個(gè)控制熱圖顏色范圍并規(guī)定指定值顏色的小技巧窗慎。 使用的是R語言的pheatmap包，先生成隨機(jī)數(shù)據(jù)： data1如下： 查看數(shù)據(jù)范圍： 使用上面的矩陣做熱圖卤材，要求低值...
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你的matrix數(shù)據(jù)median這一列為什么不刪掉遮斥，難道不是只是單純的為了去重排序而建的？
復(fù)現(xiàn)：純R代碼實(shí)現(xiàn)ssGSEA算法評估腫瘤免疫浸潤程度
最近學(xué)習(xí)了生信菜鳥團(tuán)的純R代碼實(shí)現(xiàn)ssGSEA算法評估腫瘤免疫浸潤程度,想復(fù)制作者的流程商膊，但是發(fā)現(xiàn)了幾個(gè)不一樣的地方伏伐，所以重新整理流程，代碼主要來自原作者Juan_NF晕拆。 文...
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請問m6Amonster這個(gè)包是什么堤器？在哪里可以搜到這個(gè)包的詳細(xì)信息？
exomePeak的使用
R：http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/exomePeak.html 安裝：# 看來作者更新的挺好 ...
