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發(fā)簡信
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葉綠體基因組組裝軟件NOVOPlasty使用簡介
NOVOPlasty 是一個perl腳本见秽，沒有依賴任何其他軟件衍慎，下載好以后直接可以使用。下載鏈接https://github.com/ndierckx/NOVOPlasty ...
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GFF文件轉(zhuǎn)換Genbank文件及Mauve多序列比對前言 有很多軟件都可以完成gff文件到genbank文件的轉(zhuǎn)換，如腳本：https://github.com/chundruv/GFF-to-GenBank[https://...
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文獻筆記七十二：Chloroplot~葉綠體基因組圈圖可視化的新工具文章題目 Chloroplot: An Online Program for the versatile plotting of organelle genomes 期刊 f...
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mVISTA格式文件：由Perl腳本處理GenBank注釋文件而來
Bioinformatic_Scripts/get_mVISTA_format_from_GenBank_annotation 1筐眷、簡要說明 mVISTA是常用的葉綠體基因組...
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利用VCF文件構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹
導(dǎo)讀 本文將介紹三種使用VCF文件武翎，構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹的方法必怜，包括程序的安裝，使用后频，已及系統(tǒng)發(fā)育樹的可視化與美化。 1. VCF2Dis VCF2Dis[https://gith...
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系統(tǒng)發(fā)育樹構(gòu)建簡明教程1. 前言 構(gòu)建一棵系統(tǒng)發(fā)育樹是研究系統(tǒng)學(xué)和進化的基礎(chǔ)露久。然而更米，發(fā)育樹的構(gòu)建是對分類單元進化歷史的推測，因此對發(fā)育樹的可靠性檢驗也是重中之重毫痕。一棵發(fā)育樹的獲得大致分為數(shù)據(jù)輸入征峦、...
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關(guān)于葉綠體基因組注釋改錯
葉綠體基因組在組裝注釋時是有可能出現(xiàn)錯誤的栏笆，本文主要針對NCBI反饋意見進行修改，NCBI一般會指出哪一段基因注釋存在問題臊泰。具體解決方法如下第一步打開注釋gb文件蛉加，查看出錯的...
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葉綠體基因組注釋軟件PGA使用說明
PGA-Plastid Genome Annotator[https://github.com/quxiaojian/PGA] Qu X-J, Moore MJ, Li D-...
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利用bandage手動組裝葉綠體基因組【大致闡述一下操作思路，還沒實際應(yīng)用過】 所需軟件：bandage所需文件：①fastg文件缸逃；②csv文件（這兩個文件都是跑組裝程序pbs生成的） 操作步驟： 1.打開ban...
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利用Geneious對葉綠體基因組進行注釋及查看使用軟件：Geneious目的：對組裝好的葉綠體基因組進行注釋丁眼，注釋好后進行查看，無誤后繪制圈圖 【注釋部分】 1.首先從NCBI上下載一段與要注釋的物種（目標序列）同源的物...
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基因組組裝和注釋理論基因組組裝 1.k-mer 那么我們首先要看一下k-mer是什么昭殉。它的定義是：是指將一條序列分成包含k個堿基的子字符串苞七，如果reads長度為L，k-mer長度設(shè)為k饲化，則產(chǎn)生的...
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基因組組裝----SPAdes(一)
關(guān)于基因組組裝的流程可以參考我的簡書:http://www.reibang.com/p/e02ecd537c83 前面介紹了SOAPdenovo2的使用莽鸭，但是由于結(jié)果整體不...
