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發(fā)簡信
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葉綠體基因組組裝軟件NOVOPlasty使用簡介
NOVOPlasty 是一個(gè)perl腳本熟菲，沒有依賴任何其他軟件，下載好以后直接可以使用朴恳。下載鏈接https://github.com/ndierckx/NOVOPlasty ...
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GFF文件轉(zhuǎn)換Genbank文件及Mauve多序列比對(duì)前言 有很多軟件都可以完成gff文件到genbank文件的轉(zhuǎn)換科盛，如腳本：https://github.com/chundruv/GFF-to-GenBank[https://...
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防止電腦宕機(jī)的學(xué)習(xí)筆記備份夾<br>
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文獻(xiàn)筆記七十二：Chloroplot~葉綠體基因組圈圖可視化的新工具文章題目 Chloroplot: An Online Program for the versatile plotting of organelle genomes 期刊 f...
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mVISTA格式文件：由Perl腳本處理GenBank注釋文件而來
Bioinformatic_Scripts/get_mVISTA_format_from_GenBank_annotation 1谴垫、簡要說明 mVISTA是常用的葉綠體基因組...
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備忘翩剪！<br>備忘乳怎！<br>備忘！
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利用VCF文件構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹
導(dǎo)讀 本文將介紹三種使用VCF文件前弯，構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹的方法蚪缀，包括程序的安裝，使用恕出，已及系統(tǒng)發(fā)育樹的可視化與美化询枚。 1. VCF2Dis VCF2Dis[https://gith...
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Consel教程
介紹Consel系統(tǒng)發(fā)育檢測(cè)軟件的使用教程。 1. 簡介 系統(tǒng)發(fā)育是一種歷史過程浙巫，任何基于分子數(shù)據(jù)集得到的發(fā)育樹都是對(duì)真實(shí)系統(tǒng)發(fā)生的推測(cè)金蜀。一個(gè)合理地假設(shè)，總是應(yīng)該接收來自各種...
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系統(tǒng)發(fā)育樹構(gòu)建簡明教程1. 前言 構(gòu)建一棵系統(tǒng)發(fā)育樹是研究系統(tǒng)學(xué)和進(jìn)化的基礎(chǔ)的畴。然而渊抄，發(fā)育樹的構(gòu)建是對(duì)分類單元進(jìn)化歷史的推測(cè)，因此對(duì)發(fā)育樹的可靠性檢驗(yàn)也是重中之重丧裁。一棵發(fā)育樹的獲得大致分為數(shù)據(jù)輸入护桦、...
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關(guān)于葉綠體基因組注釋改錯(cuò)
葉綠體基因組在組裝注釋時(shí)是有可能出現(xiàn)錯(cuò)誤的嘶炭，本文主要針對(duì)NCBI反饋意見進(jìn)行修改抱慌，NCBI一般會(huì)指出哪一段基因注釋存在問題。具體解決方法如下第一步打開注釋gb文件眨猎，查看出錯(cuò)的...
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葉綠體基因組注釋軟件PGA使用說明
PGA-Plastid Genome Annotator[https://github.com/quxiaojian/PGA] Qu X-J, Moore MJ, Li D-...
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利用bandage手動(dòng)組裝葉綠體基因組【大致闡述一下操作思路抑进，還沒實(shí)際應(yīng)用過】 所需軟件：bandage所需文件：①fastg文件；②csv文件（這兩個(gè)文件都是跑組裝程序pbs生成的） 操作步驟： 1.打開ban...
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咸魚精英。
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利用Geneious對(duì)葉綠體基因組進(jìn)行注釋及查看使用軟件：Geneious目的：對(duì)組裝好的葉綠體基因組進(jìn)行注釋兰迫，注釋好后進(jìn)行查看信殊，無誤后繪制圈圖 【注釋部分】 1.首先從NCBI上下載一段與要注釋的物種（目標(biāo)序列）同源的物...
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基因組組裝和注釋理論基因組組裝 1.k-mer 那么我們首先要看一下k-mer是什么。它的定義是：是指將一條序列分成包含k個(gè)堿基的子字符串汁果，如果reads長度為L涡拘，k-mer長度設(shè)為k，則產(chǎn)生的...
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基因組組裝----SPAdes(一)
關(guān)于基因組組裝的流程可以參考我的簡書:http://www.reibang.com/p/e02ecd537c83 前面介紹了SOAPdenovo2的使用据德，但是由于結(jié)果整體不...
