請(qǐng)問如何在已降維聚類好的seurat對(duì)象中篩選過濾基因呀,過濾后需要重新做標(biāo)準(zhǔn)化嗎辽话?謝謝大佬肄鸽!
Seurat取子集時(shí)會(huì)用到的函數(shù)和方法在單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析中,在確定細(xì)胞類型后油啤,除了可以進(jìn)行差異表達(dá)基因分析外典徘,還可以針對(duì)單個(gè)細(xì)胞類型進(jìn)行分析特定分析,這時(shí)就需要我們提取細(xì)胞子集分開處理了益咬。 一逮诲、Seurat數(shù)據(jù)格式...
請(qǐng)問如果是合并一個(gè)cluster的所有cell,前面pseudocell部分的代碼怎么修改哇幽告,感謝梅鹦!
單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組WGCNA到底應(yīng)該怎么做?在做單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析的時(shí)候冗锁,獲得分群后我們希望知道每個(gè)群的marker基因是什么以此來描述細(xì)胞群的特征齐唆。其技術(shù)本質(zhì)就是利用某種規(guī)則獲得樣本(高変基因)或者每個(gè)亞群(差異基...
請(qǐng)問mergedMEs是怎么獲得的呢?謝謝冻河!
單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組WGCNA到底應(yīng)該怎么做箍邮?在做單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析的時(shí)候,獲得分群后我們希望知道每個(gè)群的marker基因是什么以此來描述細(xì)胞群的特征叨叙。其技術(shù)本質(zhì)就是利用某種規(guī)則獲得樣本(高変基因)或者每個(gè)亞群(差異基...
周老師請(qǐng)問一下您代碼中的dynamicColors怎么來的锭弊,里面沒有前后文呀……
請(qǐng)問在第一步是如何導(dǎo)入自己數(shù)據(jù)的HE圖像呀?
10X單細(xì)胞空間聯(lián)合分析回顧之squidpy新的一年,新的開始桃犬,既然選擇了前方刹悴,只顧風(fēng)雨兼程。 這一次攒暇,我們來繼續(xù)回顧一下空間轉(zhuǎn)錄組的分析軟件-------squidpy土匀,當(dāng)然了,我們主要關(guān)注10X空間轉(zhuǎn)錄組的分析內(nèi)容...
請(qǐng)問sp_sc_joint是什么數(shù)據(jù)呀乎莉?
10X空間轉(zhuǎn)錄組繪圖之細(xì)胞類型百分比餅圖和空間密度分布圖hello,周四了奸笤,一周又即將過去惋啃,不知道大家有沒有感覺到時(shí)光飛逝,時(shí)間啊监右,慢些吧边灭,給自己點(diǎn)時(shí)間可以思考。 這一篇教給大家一個(gè)簡(jiǎn)單的內(nèi)容健盒,畫圖绒瘦,一張是細(xì)胞類型占比餅圖,一張是...