前言 我是在y蜀黍的書里(搜索clusterProfiler book 即可找到)看到了一個叫msigdbr的包，就是把MsigDB的那些基因集合都R語言化了缩歪。那么以后想做G...
IP屬地：山東
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GSEA和GSVA兼搏，再也不用去下載gmt文件咯 -
aglient芯片原始數(shù)據(jù)處理本文講的是aglient芯片原始數(shù)據(jù)的處理，參考資料是limma 的userguide文檔谍憔。GEO數(shù)據(jù)庫下載的表達(dá)矩陣不符合預(yù)期匪蝙，比如是空的，或者是有負(fù)值的韵卤，那我們就處理一下...
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報(bào)錯處理——object ‘CsparseMatrix_validate‘ not found
在使用Seurat進(jìn)行單細(xì)胞分析時骗污，使用FindNeighbors函數(shù)功能時，出現(xiàn)下面的報(bào)錯 這是Matrix這個包有問題沈条，需要更新Rtools，并重新裝載Matrix這個包...
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R報(bào)錯-gather & spread 函數(shù)诅炉，有新版替代函數(shù)做一個練習(xí)題蜡歹，以為很簡單，但是卻碰到問題 1.將iris數(shù)據(jù)框的前4列g(shù)ather涕烧，然后還原 還原 錯誤: Each row of output must be identi...
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聽說你想要TCGA的miRNA表達(dá)數(shù)據(jù)
以前都是直接拿前體數(shù)據(jù)去處理议纯，今天偶然在群里看到父款，想用isform做一下試試。我非常喜歡gdc-client這個官方下載工具,它的數(shù)據(jù)以樣本的方式組織瞻凤，優(yōu)點(diǎn)是可以隨便組和憨攒，缺...
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R爬蟲必備基礎(chǔ)——CSS+SelectorGadget
CSS的簡單介紹 CSS，全稱叫作Cascading Style Sheets阀参，即層疊樣式表肝集。“層疊”是指當(dāng)在HTML中引用了數(shù)個樣式文件蛛壳，并且樣式發(fā)生沖突時杏瞻，瀏覽器能依據(jù)層...
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數(shù)據(jù)框某一列含多種重復(fù)值時斩披，分別重命名的兩種方法處理各種各樣的數(shù)據(jù)總會遇到各種各樣的狀況，比如： 含相同序列名稱的fasta文件用于比對是會報(bào)錯的胸嘴，要解決就需要給序列重命名雏掠，于是自然而然想到給它們加個12345… 方法1 ...
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初識遞歸（R和Python講解）從零開始學(xué)遞歸 以前在Leetcode上刷sql題目的時候乡话，碰到過許多較難的題目需要使用到遞歸的方法去構(gòu)造一個字段，當(dāng)時對于遞歸是望而生畏耳奕，遲遲不敢下筆研究绑青，只是了解遞歸在S...
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三維點(diǎn)圖和三維PCA圖3dscatter 1.ggplot2畫三維點(diǎn)圖 很輕松找到了R包，然鵝不是很完美的樣子屋群。 2.scatterplot3d 一個不屬于ggplot2體系的特立獨(dú)行的R包闸婴，畫起...
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白話“主成分分析” 1 ：主成分分析用于降維的思想
白話“主成分分析” 1 ：主成分分析用于降維的思想 [TOC] 1. 什么是主成分分析 主成分分析，即分析“主成分”芍躏，找到“主成分”邪乍，英文是 Principal Compo...
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R語言保存循環(huán)結(jié)果
k <- list() for(i in 1:1000) { k[[i]] <- nn2() } newdata=c() #1 for(i in 1...
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glmnet報(bào)錯
今天用glmnet進(jìn)行l(wèi)asso的cox回歸分析，再運(yùn)行過程中出現(xiàn)了這樣的錯誤： 我在各大網(wǎng)站上查找問題对竣，仍然沒有解決庇楞，在重新觀察數(shù)據(jù)中我發(fā)現(xiàn)生存時間數(shù)據(jù)包含0值，這個是一個...
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我試了一下否纬，臨床信息中胃組織樣本209個吕晌，但是表達(dá)矩陣只有其中174個，樓主的結(jié)果是這樣么??
2021-04-29 TCGA與GTEX數(shù)據(jù)下載
數(shù)據(jù)庫背景介紹 TCGA临燃，全稱：The cancer genome altas官網(wǎng)：https://cancergenome.nih.gov/[https://cancerg...
