0.參考文獻(xiàn):B?ckhed, F., Roswall, J., Peng, Y., Feng, Q., Jia, H., Kovatcheva-Datchary, P., ...
IP屬地：香港
-
宏基因組 - 使用ReporterScore進(jìn)行KEGG富集分析 -
RPKM蛮寂、FPKM、TPM詳解
簡(jiǎn)寫(xiě) RPKM: Reads Per Kilobase of exon model per Million mapped reads (每千個(gè)堿基的轉(zhuǎn)錄每百萬(wàn)映射讀取的rea...
-
LD衰減圖LD衰減距離指的是，當(dāng)平均LD系數(shù)衰減到一定大小(最大值的一半/0.5以下）的時(shí)候呈础，對(duì)應(yīng)的物理距離量窘。通常用LD衰減距離來(lái)描述LD衰減速度荐捻。LD衰減速度越快潘明，即衰減距離越小，說(shuō)...
-
De novo組裝#05 | 基因組糾錯(cuò)polish（racon+pilon, nextpolish）寫(xiě)在前面 在進(jìn)行染色體掛載之前一般對(duì)得到的 "primary assembly"（主要組裝/初始組裝結(jié)果）進(jìn)行進(jìn)一步的優(yōu)化病曾，以減少錯(cuò)誤牍蜂，提高基因組的質(zhì)量和準(zhǔn)確性。然后再將這些...
-
-
dRep物種集去冗余
drep可對(duì)基因組集去冗余泰涂，留下非冗余基因組集鲫竞。從運(yùn)行過(guò)程來(lái)看，先進(jìn)行基因預(yù)測(cè)逼蒙，然后用chekm做基因組質(zhì)控从绘，也因此需要安裝配置checkm，去冗余基于ANI有關(guān)的參數(shù)是牢。 文...
-
diamond提速
安裝使用 比對(duì)nr庫(kù) 提速辦法 親測(cè)增加 --block-size 15 --index-chunks 1這兩個(gè)參數(shù)后速度提升10倍以上僵井。 參考：使用DIAMOND將全基因組...
-
MCScanX ‖ 安裝、報(bào)錯(cuò)解決方法及簡(jiǎn)單使用1.簡(jiǎn)介： （1）介紹：MCScanX[http://chibba.pgml.uga.edu/mcscan2/#tm]采用改進(jìn)了的MCScan算法驳棱，分析基因組內(nèi)或者基因組間的...
-
使用TEclass對(duì)TE一致性序列進(jìn)行分類(lèi)軟件安裝 軟件地址在http://www.compgen.uni-muenster.de/tools/teclass/index.hbi?, 由于TEclass這個(gè)軟件已經(jīng)許...
-
使用edgeR進(jìn)行無(wú)重復(fù)差異表達(dá)分析寫(xiě)這篇文章一部分原因是填2年前的一個(gè)坑 轉(zhuǎn)錄組入門(mén)（7）：差異表達(dá)分析. 另一部分原因是GQ最近又在搞一波無(wú)重復(fù)的差異表達(dá)分析, 所以專(zhuān)門(mén)去學(xué)了edgeR 我個(gè)人是不太推薦...
-
PCA作圖里面的箭頭是干嘛用的驹沿？作圖的目的是希望在圖里面發(fā)現(xiàn)問(wèn)題或者解釋問(wèn)題，當(dāng)然更本質(zhì)一點(diǎn)就是你想解決什么問(wèn)題蹈胡？ 前幾天做了一個(gè)PCA的圖，圖是畫(huà)出來(lái)了朋蔫，但是問(wèn)題有很多罚渐，比如說(shuō)主成分是是啥意思，圖里面的箭...
-
什么年代了驯妄，還在用傳統(tǒng)的3D-DNA荷并？
之前使用的是3D-DNA流程做Hi-C的輔助組裝，它的最大優(yōu)勢(shì)就是輸出結(jié)果可以對(duì)接下游的JBAT(juicerbox with Assembly Tools)進(jìn)行手動(dòng)矯正青扔。然...
-
使用misa查找ssr位點(diǎn)1. 下載基因組文件源织，ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCA/002/864/125/GCA_002864125.1_ASM28...
-
全基因組復(fù)制 WGD |（二）Ka/Ks及4Dtv值計(jì)算轉(zhuǎn)自：http://www.reibang.com/p/9d28de3d18e6[http://www.reibang.com/p/9d28de3d18e6] 一翩伪、4Dt...
-
擴(kuò)增子、宏基因組谈息、宏轉(zhuǎn)錄組缘屹，三大法寶玩轉(zhuǎn)腸道微生物俗話說(shuō)，“遇事不決侠仇，量子力學(xué)轻姿；機(jī)制難尋，腸道菌群”逻炊。和研究物理學(xué)微觀粒子的量子力學(xué)一樣互亮，我們肚子里面腸道菌群也是一個(gè)神奇的微觀世界，里面包含約100萬(wàn)億個(gè)微生物余素，有人體細(xì)胞總...
-
karyoploteR繪圖karyoploteR 1豹休、安裝 2、繪圖 （1）畫(huà)基因組 ? （2）在染色體上映射標(biāo)記 ? 再畫(huà)好基因組/染色體 也可以染色體標(biāo)個(gè)尺度 （3）在染色體上映射區(qū)域 ? 區(qū)域畫(huà)...
-
2023-07-20 三代數(shù)據(jù)的比對(duì) Blasr（需補(bǔ)充）
該軟件來(lái)自picbio官網(wǎng)準(zhǔn)備文件 開(kāi)始運(yùn)行 統(tǒng)計(jì)有多少條序列能比對(duì)上去 統(tǒng)計(jì)每行的錯(cuò)誤率 統(tǒng)計(jì)整體的錯(cuò)誤率 小技巧：截取結(jié)果文件的堿基序列 小技巧：截取subreads的1...
-
討厭又迷人的reads去重復(fù)在NGS分析入門(mén)階段桨吊，我們不需要考慮太多的細(xì)節(jié)威根，只用知道一個(gè)分析的大致流程并完整跑下來(lái)即可。太多的細(xì)節(jié)屏积，只會(huì)讓我們對(duì)于分析產(chǎn)生莫須有的恐懼医窿，因此一些“無(wú)關(guān)緊要“細(xì)節(jié)就被我們刻...
-
UMI 去重矯正 —— gencore介紹 gencore 能夠?qū)﹄p端測(cè)序的 NGS 數(shù)據(jù)進(jìn)行 read 去重,消除文庫(kù)制備和測(cè)序過(guò)程中引入的測(cè)序錯(cuò)誤。 gencore 是用 C++ 寫(xiě)的炊林，相比于 Picard ...
-
入門(mén)必看 | 深度解析長(zhǎng)末端重復(fù)反轉(zhuǎn)錄轉(zhuǎn)座子（LTR-RTs）（轉(zhuǎn)發(fā)）入門(mén)必看 | 深度解析長(zhǎng)末端重復(fù)反轉(zhuǎn)錄轉(zhuǎn)座子（LTR-RTs） 諾禾致源[http://www.reibang.com/u/ee00dc6faab7]已關(guān)注 0.54220...