01 愛一個人渴肉，千萬別低到塵埃里，這開不出花，也不會被看見植兰，更不會有真正的回應(yīng)焚挠。 拼命地對一個人好，以為這樣做湾笛，對方就會感動饮怯。只是感動并不是愛情，反而所謂感動會成為自我感動嚎研。...
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愛一個人別太過度，對方感動才不是愛情
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基因家族擴張與收縮分析及物種進化樹構(gòu)建（上）一蓖墅、數(shù)據(jù)準備 首先，選取不同物種的Protein數(shù)據(jù)集：Arabidopsis_thaliana.fa临扮；Citrus_grandis.fa论矾；Dimocarpus_longan...
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可以從fasta中提取基因序列的4款軟件
前言 ??做生分析有時候需要從基因組fasta文件中提取基因的序列，對于這個需求有不少現(xiàn)成的軟件可以來實現(xiàn)杆勇，今天來跟大家分享4款可以完成這個需求的軟件贪壳，廢話不多說了，直接來看...
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一行命令完成RNAseq數(shù)據(jù)標(biāo)記重要基因
前面介紹了怎么一行命令完成RNAseq差異分析加作圖蚜退，那如果我們已經(jīng)有自己重點關(guān)注的基因闰靴，并且想把這些基因在差異結(jié)果里展示出來怎么弄呢彪笼？ 今天再來介紹一下，做完差異分析之后怎...
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TBtools | 快速（以分鐘計）且準確地獲取家族進化分支成員寫在前面 生物信息數(shù)據(jù)下游分析传黄，是一個非常復(fù)雜杰扫，且?guī)缀鯖]有也不可能流程化的操作。究其原因膘掰，但凡貼近生物學(xué)問題章姓，需要更多生物學(xué)視角，甚至是研究人員的直覺识埋。而這凡伊，恰恰又是工作亮點...
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走向基因組3D世界 ——染色體構(gòu)想捕獲技術(shù)3C(chromosome conformation capture)
在過去10年中，染色體構(gòu)象捕獲（chromosome conformation capture 3C）技術(shù)及其該技術(shù)的拓展技術(shù)(4C,5C,Hi-C,ChIA-PET)窒舟，使人...
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柿子基因組測序與其性別決定系統(tǒng)的進化分析寫在前面 前日系忙，課題組每周小組會時排到我分享論文與研究進展。我大體看了下近期植物小RNA相關(guān)研究報道時惠豺，發(fā)現(xiàn)bioRxiv上银还，日本Takashi課題組上傳了其所開展的柿子基因...
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【基因組學(xué)】提取基因的啟動子序列
寫在前面 通常我們碰到的是，根據(jù)gff文件提取cDNA序列洁墙，這個比較容易滿足蛹疯，但是有時候我們需要構(gòu)建native promoter 載體的時候，就需要提取cDNA前面的序列热监，...
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Linux常用命令目錄命令分類鏈接Linux特殊符號與常用快捷鍵Linux特殊符號與常用快捷鍵Linux常用命令-幫助和系統(tǒng)內(nèi)置類Linux常用命令(一)Linux常用命令-文件和目錄類Linux...
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文件文檔-linux常用命令大全[功能分類]
（還在更新跟進哦孝扛，歡迎指點列吼、收藏、引用喲~） 目錄總覽 系統(tǒng)操作-linux常用命令大全[功能分類](系統(tǒng)信息苦始、關(guān)機注銷)權(quán)限管理-linux常用命令大全[功能分類]（用戶群...
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bioinfo100 —— 第35題 RNA-Seq 數(shù)據(jù)的定量之RPKM和FPKMhttps://zhuanlan.zhihu.com/p/50811365 Hello大家好寞钥！好久不見了！ 之前手頭上一直有很多事情陌选，因此咱們的生物信息學(xué)100個基礎(chǔ)問題（B...
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根據(jù)基因組fa文件和gff文件提取cds并翻譯成pep
cds文件：注釋信息里的蛋白編碼序列pep文件：cds對應(yīng)序列翻譯成的氨基酸序列從NCBI上下載基因組時凑耻，有的并沒有上傳cds文件和pep文件，此時該怎么辦呢柠贤？ （1）利用腳...
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基于全基因組的基因家族分析（3）：SlNRAMP家族基因CDS和Genomic DNA序列獲取今天繼續(xù)進行下一步，也是序列文件的獲取类缤，有了這些數(shù)據(jù)臼勉，我們才可以進行下一步的工作，才能夠繪制一些圖片餐弱。 1. CDS序列獲取 SlNRAMP家族成員鑒定這篇文章已經(jīng)講解了如何...
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進化樹作圖專題:盤點繪樹的14款本地軟件（轉(zhuǎn)載）
原文鏈接:https://mp.weixin.qq.com/s/5xIj1bZSFfx6ah53FTB9bw未經(jīng)作者同意，僅做學(xué)習(xí)瓢谢，不做商業(yè)使用畸写，如作者表示異議我會立刻刪除。...
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看不懂測序峰圖就好像有答案都不會抄
這篇文章的測序原理的部分本不在我的計劃范圍內(nèi)氓扛，原本只是想回復(fù)一下之前部分讀者關(guān)于套峰的問題枯芬，想著學(xué)習(xí)一下不同測序峰形的結(jié)果以及改進方法。某天晚上我打開華大基因的網(wǎng)頁客戶端采郎，檢...
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SAMtools: SAM格式的處理利器SAM及其相關(guān)工具 SAM格式介紹 SAM全稱是Sequence Alignment/Map, 是目前最常用的存放比對或聯(lián)配數(shù)據(jù)的格式千所。無論是重測序，還是轉(zhuǎn)錄組蒜埋，還是表觀組淫痰，...
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4?? 核酸（蛋白）序列特征分析(5):序列motif的查找和可視化工具序列比對和序列特征分析總目錄 模體Motif，指DNA或蛋白質(zhì)序列中局部的保守區(qū)域整份，或者是一組序列中共有的一小段序列模式待错。這些motif很可能具有分子功能，結(jié)構(gòu)性質(zhì)或家族成員...
