01 愛(ài)一個(gè)人发皿，千萬(wàn)別低到塵埃里，這開(kāi)不出花拂蝎，也不會(huì)被看見(jiàn)穴墅，更不會(huì)有真正的回應(yīng)。 拼命地對(duì)一個(gè)人好温自，以為這樣做玄货，對(duì)方就會(huì)感動(dòng)。只是感動(dòng)并不是愛(ài)情悼泌，反而所謂感動(dòng)會(huì)成為自我感動(dòng)松捉。...
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：山西
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愛(ài)一個(gè)人別太過(guò)度隆敢，對(duì)方感動(dòng)才不是愛(ài)情
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基因家族擴(kuò)張與收縮分析及物種進(jìn)化樹(shù)構(gòu)建（上）一、數(shù)據(jù)準(zhǔn)備 首先馆里，選取不同物種的Protein數(shù)據(jù)集：Arabidopsis_thaliana.fa隘世；Citrus_grandis.fa；Dimocarpus_longan...
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可以從fasta中提取基因序列的4款軟件
前言 ??做生分析有時(shí)候需要從基因組fasta文件中提取基因的序列鸠踪，對(duì)于這個(gè)需求有不少現(xiàn)成的軟件可以來(lái)實(shí)現(xiàn)丙者，今天來(lái)跟大家分享4款可以完成這個(gè)需求的軟件，廢話(huà)不多說(shuō)了营密，直接來(lái)看...
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一行命令完成RNAseq數(shù)據(jù)標(biāo)記重要基因
前面介紹了怎么一行命令完成RNAseq差異分析加作圖械媒，那如果我們已經(jīng)有自己重點(diǎn)關(guān)注的基因，并且想把這些基因在差異結(jié)果里展示出來(lái)怎么弄呢评汰？ 今天再來(lái)介紹一下纷捞，做完差異分析之后怎...
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TBtools | 快速（以分鐘計(jì)）且準(zhǔn)確地獲取家族進(jìn)化分支成員寫(xiě)在前面 生物信息數(shù)據(jù)下游分析，是一個(gè)非常復(fù)雜被去，且?guī)缀鯖](méi)有也不可能流程化的操作主儡。究其原因，但凡貼近生物學(xué)問(wèn)題编振，需要更多生物學(xué)視角缀辩，甚至是研究人員的直覺(jué)臭埋。而這，恰恰又是工作亮點(diǎn)...
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走向基因組3D世界 ——染色體構(gòu)想捕獲技術(shù)3C(chromosome conformation capture)
在過(guò)去10年中臀玄，染色體構(gòu)象捕獲（chromosome conformation capture 3C）技術(shù)及其該技術(shù)的拓展技術(shù)(4C,5C,Hi-C,ChIA-PET)瓢阴，使人...
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柿子基因組測(cè)序與其性別決定系統(tǒng)的進(jìn)化分析寫(xiě)在前面 前日，課題組每周小組會(huì)時(shí)排到我分享論文與研究進(jìn)展健无。我大體看了下近期植物小RNA相關(guān)研究報(bào)道時(shí)荣恐，發(fā)現(xiàn)bioRxiv上，日本Takashi課題組上傳了其所開(kāi)展的柿子基因...
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【基因組學(xué)】提取基因的啟動(dòng)子序列
寫(xiě)在前面 通常我們碰到的是累贤，根據(jù)gff文件提取cDNA序列叠穆，這個(gè)比較容易滿(mǎn)足，但是有時(shí)候我們需要構(gòu)建native promoter 載體的時(shí)候臼膏，就需要提取cDNA前面的序列硼被，...
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Linux常用命令目錄命令分類(lèi)鏈接Linux特殊符號(hào)與常用快捷鍵Linux特殊符號(hào)與常用快捷鍵Linux常用命令-幫助和系統(tǒng)內(nèi)置類(lèi)Linux常用命令(一)Linux常用命令-文件和目錄類(lèi)Linux...
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文件文檔-linux常用命令大全[功能分類(lèi)]
（還在更新跟進(jìn)哦嚷硫，歡迎指點(diǎn)、收藏始鱼、引用喲~） 目錄總覽 系統(tǒng)操作-linux常用命令大全[功能分類(lèi)](系統(tǒng)信息仔掸、關(guān)機(jī)注銷(xiāo))權(quán)限管理-linux常用命令大全[功能分類(lèi)]（用戶(hù)群...
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bioinfo100 —— 第35題 RNA-Seq 數(shù)據(jù)的定量之RPKM和FPKMhttps://zhuanlan.zhihu.com/p/50811365 Hello大家好！好久不見(jiàn)了医清！ 之前手頭上一直有很多事情起暮，因此咱們的生物信息學(xué)100個(gè)基礎(chǔ)問(wèn)題（B...
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根據(jù)基因組fa文件和gff文件提取cds并翻譯成pep
cds文件：注釋信息里的蛋白編碼序列pep文件：cds對(duì)應(yīng)序列翻譯成的氨基酸序列從NCBI上下載基因組時(shí)，有的并沒(méi)有上傳cds文件和pep文件会烙，此時(shí)該怎么辦呢负懦？ （1）利用腳...
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基于全基因組的基因家族分析（3）：SlNRAMP家族基因CDS和Genomic DNA序列獲取今天繼續(xù)進(jìn)行下一步，也是序列文件的獲取持搜，有了這些數(shù)據(jù)密似，我們才可以進(jìn)行下一步的工作焙矛，才能夠繪制一些圖片葫盼。 1. CDS序列獲取 SlNRAMP家族成員鑒定這篇文章已經(jīng)講解了如何...
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進(jìn)化樹(shù)作圖專(zhuān)題:盤(pán)點(diǎn)繪樹(shù)的14款本地軟件（轉(zhuǎn)載）
原文鏈接:https://mp.weixin.qq.com/s/5xIj1bZSFfx6ah53FTB9bw未經(jīng)作者同意贫导，僅做學(xué)習(xí)，不做商業(yè)使用蟆盹，如作者表示異議我會(huì)立刻刪除孩灯。...
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看不懂測(cè)序峰圖就好像有答案都不會(huì)抄
這篇文章的測(cè)序原理的部分本不在我的計(jì)劃范圍內(nèi)，原本只是想回復(fù)一下之前部分讀者關(guān)于套峰的問(wèn)題逾滥，想著學(xué)習(xí)一下不同測(cè)序峰形的結(jié)果以及改進(jìn)方法峰档。某天晚上我打開(kāi)華大基因的網(wǎng)頁(yè)客戶(hù)端，檢...
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SAMtools: SAM格式的處理利器SAM及其相關(guān)工具 SAM格式介紹 SAM全稱(chēng)是Sequence Alignment/Map, 是目前最常用的存放比對(duì)或聯(lián)配數(shù)據(jù)的格式。無(wú)論是重測(cè)序讥巡，還是轉(zhuǎn)錄組掀亩，還是表觀組，...
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4?? 核酸（蛋白）序列特征分析(5):序列motif的查找和可視化工具序列比對(duì)和序列特征分析總目錄 模體Motif欢顷，指DNA或蛋白質(zhì)序列中局部的保守區(qū)域槽棍，或者是一組序列中共有的一小段序列模式。這些motif很可能具有分子功能抬驴，結(jié)構(gòu)性質(zhì)或家族成員...
