IP屬地：云南
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植物轉錄因子研究策略及方法植物轉錄因子研究 轉錄因子（TF）是一類具有特殊結構的蛋白質史侣，也稱為反式作用因子返敬。通過與靶基因啟動子區(qū)域的順式作用元件特異性結合泉瞻，行使調控基因表達的功能谴分。典型的轉錄因子...
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TBtools | 在 Motifs 上標記 Domains 的覆蓋狀況~寫在前面 最近在做一些序列分析鸠天，發(fā)現很久以前的一個看起來或許沒啥用的功能箫柳，其實還是有用手形。大體就是，當我們在分析某個家族成員的時候悯恍，我們或許想知道库糠，到底感興趣的分支，相對于其他...
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矯正基因結構注釋 - 做有良心的基因家族分析寫在前面 半個月前，我推了一個《任何人都能掌握-基因家族分析》的騰訊課程（原本事實是開給課題組）瞬欧。在熱身課程（完全免費）中贷屎，將我個人對基因家族分析的認知和其意義均做了說明，感...
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使用HMM進行基因家族鑒定艘虎？無人不能唉侄。寫在前面 很久很久以前，各種原因野建，我寫過一個帖子属划，《零基礎-完全重現某個基因家族分析文章（的分析部分）》 http://www.reibang.com/p/88075f6c...
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TBtools | 更靈敏但也準確的串聯(lián)重復鑒定邏輯寫在前面 早些時候，TBtools中增加了唐海寶老師和王希胤老師早年的作品MCScan【注：當然事實上是MCScanX】的GUI Wrapper候生。這個工具事實上適用于多基因組...
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TBtools | 保守 Motifs 到底屬于哪個結構域寫在前面 TBtools 基本涵蓋了基因家族分析所常見的所有分析與可視化功能同眯，其中最為獨特的 莫過于 Gene Structure View (Advanced) 幾乎覆蓋了...
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神器！| 加速訪問 github 唯鸭，加速你的科研寫在前面 目前须蜗，github 應是生信軟件擺放的主流倉庫。比如我們熟悉的TBtools肿孵， Seqkit唠粥，IGV等等。當然停做，甚至很多時候晤愧，我們會發(fā)現一些高水平的分析類文章直接講...
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TBtools | 多圖合一至強版教程！進化樹 + Motifs + 結構域 + 啟動子 + 基因結構 + ....放一張效果圖蛉腌，這些官份，三四年前的東西，我其實一直懶得說烙丛。 寫在前面 “Gene Structure View (Advanced)”這個功能可以說舅巷，也是一時興起寫出來的。開發(fā)的...
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基因表達量 FPKM 和 TPM 的區(qū)別河咽，換個角度看看~一直以來钠右，我們都會使用 FPKM 來表示基因的表達量。其公式如下 其中： X 為樣本中當前基因被測到的片段數目 l 為當前基因的長度（事實上忘蟹，最好是有效長度） N 為樣本測序...
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orthofinder安裝及使用教程安裝orthofinder 使用conda安裝 安裝軟件前媚值，先設置一個小環(huán)境狠毯，不要直接在自己賬戶的當前環(huán)境內安裝軟件；你可以創(chuàng)建很多小環(huán)境名褥芒，有的小環(huán)境壞了嚼松，你不要就可以了...
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個人記錄而已献酗，不盈利寝受，不保證對錯，不回簡信
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【比較基因組】基因家族擴張與收縮---CAFE篇====環(huán)境和測試數據準備===== 需要先安裝OrthoFinder凌摄，這個參考前面一個帖子羡蛾。然后今天我們主要來測試CAFE。 安裝也比較簡單： 下載安裝包之后 https:...
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基于TBtools做基因家族分析教程 （全）一锨亏、 寫在前面 2023年4月中旬自己開始做基因家族的分析，對于這塊自己沒有接觸過忙干，因此也是一個挑戰(zhàn)器予，沒事！＞杵取Ｇ琛（安慰自己），對于基因家族的分析網上的教程很多施戴，跟著步驟走就可...
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用TBtools做物種內共線性分析（僅步驟）主要是參考https://www.tinymind.net.cn/articles/64d36abc7fd091 首先我們拿到的是以下的材料 1. Blast比對 根據以下選...
