IP屬地：青海
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植物轉(zhuǎn)錄因子研究策略及方法植物轉(zhuǎn)錄因子研究 轉(zhuǎn)錄因子（TF）是一類具有特殊結(jié)構(gòu)的蛋白質(zhì)，也稱為反式作用因子益缎。通過與靶基因啟動子區(qū)域的順式作用元件特異性結(jié)合，行使調(diào)控基因表達(dá)的功能蝉揍。典型的轉(zhuǎn)錄因子...
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TBtools | 在 Motifs 上標(biāo)記 Domains 的覆蓋狀況~寫在前面 最近在做一些序列分析链峭，發(fā)現(xiàn)很久以前的一個(gè)看起來或許沒啥用的功能，其實(shí)還是有用又沾。大體就是弊仪，當(dāng)我們在分析某個(gè)家族成員的時(shí)候，我們或許想知道杖刷，到底感興趣的分支励饵，相對于其他...
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矯正基因結(jié)構(gòu)注釋 - 做有良心的基因家族分析寫在前面 半個(gè)月前，我推了一個(gè)《任何人都能掌握-基因家族分析》的騰訊課程（原本事實(shí)是開給課題組）滑燃。在熱身課程（完全免費(fèi)）中役听，將我個(gè)人對基因家族分析的認(rèn)知和其意義均做了說明，感...
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使用HMM進(jìn)行基因家族鑒定表窘？無人不能典予。寫在前面 很久很久以前，各種原因乐严，我寫過一個(gè)帖子瘤袖，《零基礎(chǔ)-完全重現(xiàn)某個(gè)基因家族分析文章（的分析部分）》 http://www.reibang.com/p/88075f6c...
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TBtools | 更靈敏但也準(zhǔn)確的串聯(lián)重復(fù)鑒定邏輯寫在前面 早些時(shí)候，TBtools中增加了唐海寶老師和王希胤老師早年的作品MCScan【注：當(dāng)然事實(shí)上是MCScanX】的GUI Wrapper昂验。這個(gè)工具事實(shí)上適用于多基因組...
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TBtools | 保守 Motifs 到底屬于哪個(gè)結(jié)構(gòu)域寫在前面 TBtools 基本涵蓋了基因家族分析所常見的所有分析與可視化功能捂敌，其中最為獨(dú)特的 莫過于 Gene Structure View (Advanced) 幾乎覆蓋了...
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神器！| 加速訪問 github 既琴，加速你的科研寫在前面 目前占婉，github 應(yīng)是生信軟件擺放的主流倉庫。比如我們熟悉的TBtools甫恩， Seqkit逆济，IGV等等。當(dāng)然磺箕，甚至很多時(shí)候纹腌，我們會發(fā)現(xiàn)一些高水平的分析類文章直接講...
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TBtools | 多圖合一至強(qiáng)版教程！進(jìn)化樹 + Motifs + 結(jié)構(gòu)域 + 啟動子 + 基因結(jié)構(gòu) + ....放一張效果圖滞磺，這些升薯，三四年前的東西，我其實(shí)一直懶得說击困。 寫在前面 “Gene Structure View (Advanced)”這個(gè)功能可以說涎劈，也是一時(shí)興起寫出來的广凸。開發(fā)的...
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基因表達(dá)量 FPKM 和 TPM 的區(qū)別，換個(gè)角度看看~一直以來蛛枚，我們都會使用 FPKM 來表示基因的表達(dá)量谅海。其公式如下 其中： X 為樣本中當(dāng)前基因被測到的片段數(shù)目 l 為當(dāng)前基因的長度（事實(shí)上，最好是有效長度） N 為樣本測序...
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orthofinder安裝及使用教程安裝orthofinder 使用conda安裝 安裝軟件前，先設(shè)置一個(gè)小環(huán)境盲镶，不要直接在自己賬戶的當(dāng)前環(huán)境內(nèi)安裝軟件侥袜；你可以創(chuàng)建很多小環(huán)境名，有的小環(huán)境壞了溉贿，你不要就可以了...
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個(gè)人記錄而已宇色，不盈利九杂，不保證對錯(cuò)，不回簡信
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【比較基因組】基因家族擴(kuò)張與收縮---CAFE篇====環(huán)境和測試數(shù)據(jù)準(zhǔn)備===== 需要先安裝OrthoFinder宣蠕，這個(gè)參考前面一個(gè)帖子例隆。然后今天我們主要來測試CAFE。 安裝也比較簡單： 下載安裝包之后 https:...
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基于TBtools做基因家族分析教程 （全）一抢蚀、 寫在前面 2023年4月中旬自己開始做基因家族的分析裳擎，對于這塊自己沒有接觸過，因此也是一個(gè)挑戰(zhàn)思币，沒事！Ｏ畚ⅰ９榷觥（安慰自己），對于基因家族的分析網(wǎng)上的教程很多妈倔，跟著步驟走就可...
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用TBtools做物種內(nèi)共線性分析（僅步驟）主要是參考https://www.tinymind.net.cn/articles/64d36abc7fd091 首先我們拿到的是以下的材料 1. Blast比對 根據(jù)以下選...
