或者有的gff最后部分是scaffold部分垦搬，需要刪掉嗎
基因組基因復(fù)制的分類鑒定：DupGen-finder參考：http://www.reibang.com/p/0a14d971bd0a[http://www.reibang.com/p/0a14d971bd0a] requi...
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或者后面會有scafford部分梧兼，需要刪掉嘛
「基因組」基因組分析之鑒定基因類型
基因類型鑒定 基因組的組裝和注釋完成，得到配套的基因組和注釋文件之后遥昧，可以利用gffread軟件提取對應(yīng)的gene的cds，pep序列旁仿。應(yīng)運而生踏枣，下游的生信或者實驗想知道關(guān)注...
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我想問下博主大大gff文件有的在后面會有未鑒定出染色體組的那部分，需要刪掉這些嗎
「基因組」基因組分析之鑒定基因類型
基因類型鑒定 基因組的組裝和注釋完成丸凭，得到配套的基因組和注釋文件之后福扬，可以利用gffread軟件提取對應(yīng)的gene的cds腕铸，pep序列。應(yīng)運而生铛碑，下游的生信或者實驗想知道關(guān)注...
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我想問下gff文件有的在后面會有未鑒定出染色體組的那部分狠裹，需要刪掉這些嗎
DupGen_finder安裝及使用
串聯(lián)復(fù)制(Tandem duplication) ：串聯(lián)復(fù)制主要發(fā)生在染色體重組區(qū)域，串聯(lián)復(fù)制形成的基因家族成員通常緊密排列在同一條染色體上汽烦，形成一個序列相似涛菠、功能相近的基因...
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我想問下gff文件有的在后面會有未鑒定出染色體組的基因，需要刪掉這些嗎
基因組基因復(fù)制的分類鑒定：DupGen-finder
參考：http://www.reibang.com/p/0a14d971bd0a[http://www.reibang.com/p/0a14d971bd0a] requi...
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@沉_0cb2 你好撇吞，我是把七百多條序列的fasta文件放入查找俗冻，設(shè)置的是5條motif，結(jié)果也出來了牍颈，但是各個motif的功能什么的信息都沒有呀言疗，那怎么分析
MEME在線網(wǎng)站查找motif步驟
小白日記第一天，記錄一下自己查找motif的步驟颂砸，以便日后忘記了再重學(xué)噪奄。之前也用過許多軟件，都是在要用的時候上網(wǎng)上各種搜索操作步驟人乓，邊學(xué)邊用勤篮，只顧獲得結(jié)果了，從未意識到要將操...
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@BeeBee生信 不是研究人的話是不是可以不做這一步色罚，直接用轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)跑碰缔，然后libtype用A可以嘛
Salmon 進行轉(zhuǎn)錄本定量
Salmon 是轉(zhuǎn)錄本定量軟件，使用轉(zhuǎn)錄本定量主要優(yōu)點一是更準(zhǔn)確戳护，比如不同樣本同一基因使用不同 isoform 此時基因長度并不相等金抡，直接基因定量無法顧及；二是方便進行可變剪...
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你好腌且，如果基因組沒有標(biāo)明primary怎么辦梗肝，就像ncbi里直接就寫的genomic.fna
快速計算基因表達軟件：Salmon
我們常見的轉(zhuǎn)錄組表達分析一般都是將reads比對至參考基因組或者轉(zhuǎn)錄組上，然后在基因或者轉(zhuǎn)錄本水平上定量表達豐度铺董。 但最近在做小RNA分析時卻遇到了沒有參考基因組注釋文件（g...
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我的掙扎 與 TBtools 的開發(fā)到底還是寫了一篇推文巫击，卻著實想不到一個合適的題目【可能這是我寫過最長的一篇推文坝锰，約莫萬字。這篇推文的主要內(nèi)容應(yīng)該包括： TBtools 開發(fā)為了什么重付？ TBtools 是怎么...
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「TBtools」提取的 CDS 序列 ID 很復(fù)雜顷级，怎么辦？寫在前面 做生信數(shù)據(jù)分析時确垫，最常遇到的問題弓颈，仍然是文本處理拣凹。主要原因簡單，我們永遠不知道上一個人會給我們什么樣的東西恨豁，而我們要的又常常不是他們給的嚣镜。基于 GFF 提取 CDS...
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@Charon_7db5 可以的橘蜜，利用基因組fa和gff文件提取
生信小白如何在半年收到核心期刊錄用證明順利畢業(yè)＞漳洹！＜聘！（基因家族成員的確定）
一篇生信家族的文章比較重要的一步是家族成員的確定跌捆，所有基本分析和進化分析都是基于此。 前面推文提到本人的參考物種是模式植物擬南芥象颖，因此我首先下載了很多關(guān)于擬南芥的綜述類和研究...
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請問博主可以直接用gffread提取的pep序列嗎
生信小白如何在半年收到核心期刊錄用證明順利畢業(yè)Ｅ搴瘛！Ｋ刀（基因家族成員的確定）
一篇生信家族的文章比較重要的一步是家族成員的確定抄瓦，所有基本分析和進化分析都是基于此。 前面推文提到本人的參考物種是模式植物擬南芥陶冷，因此我首先下載了很多關(guān)于擬南芥的綜述類和研究...
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《TBtools Cookbook》- 寫給「TBtools」所有用戶的參考手冊關(guān)于 TBtools钙姊，我們已經(jīng)聊得太多。前前后后應(yīng)該也有數(shù)百篇推文埂伦，正好對應(yīng)了 TBtools 數(shù)百個功能煞额。我也曾經(jīng)提過，推文當(dāng)然好沾谜，但能起的作用膊毁，是宣傳。如果說有記錄的功能...
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NCBI下載SRA數(shù)據(jù)1.使用官方的工具包 SRA Toolkit 下載 01. Downloading SRA Toolkit · ncbi/sra-tools Wiki (github.com...
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NCBI原始SRA數(shù)據(jù)下載
下載NCBI數(shù)據(jù)萄凤，使用ascp命令是最快的室抽，但是小編之前嘗試用該命令下載SRA數(shù)據(jù)，查閱了百度上的各種參數(shù)靡努，最后還是沒有成功坪圾，可能是有個“墻”存在的原因晓折，小編后來有一段時間使...
