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R相關(guān)性分析和相關(guān)性熱圖相關(guān)性分析 相關(guān)性分析是指對兩個或多個具備相關(guān)性的變量元素進行分析熄攘，從而衡量兩個變量因素的相關(guān)密切程度姚淆。相關(guān)性分析旨在研究兩個或兩個以上隨機變量之間相互依存關(guān)系的方向和密切程...
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pheatmap|暴雨暫歇孕蝉，“熱圖”來襲！ｋ绶辍降淮！
熱圖可以聚合大量的數(shù)據(jù)，并可以用一種漸進色來優(yōu)雅地表現(xiàn)搏讶，可以很直觀地展現(xiàn)數(shù)據(jù)的疏密程度或頻率高低佳鳖。 本文利用R語言pheatmap包從頭開始繪制各種漂亮的熱圖。參數(shù)像積木媒惕，拼...
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CubicHeatMap - 重磅推出 - 魔方熱圖 - 偽三維Emmm, 今天的主圖系吩， 寫在前面 博士畢業(yè)論文中，使用的樣品包括： 不同的類型 / 或者說不同的組織 不同的時間 / 或者說時間序列所以吓笙，是一個多X多的設(shè)計淑玫。對于這類實驗設(shè)...
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R語言學(xué)習(xí)筆記之熱圖繪制TaoYan 簡介 本文將繪制靜態(tài)與交互式熱圖，需要使用到以下R包和函數(shù)：heatmap():用于繪制簡單熱圖的函數(shù)heatmap.2():繪制增強熱圖的函數(shù)d3heatma...
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2019第23周：評《R語言數(shù)據(jù)可視化之美：專業(yè)圖表繪制指南》"Beautiful Visualization with R" provides a comprehensive introduction to the many type...
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Volcano plot | 別再問我這為什么是火山圖
火山圖是散點圖的一種，它將統(tǒng)計測試中的統(tǒng)計顯著性量度（如p value）和變化幅度相結(jié)合絮蒿，從而能夠幫助快速直觀地識別那些變化幅度較大且具有統(tǒng)計學(xué)意義的數(shù)據(jù)點（基因等）尊搬。常應(yīng)用...
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10xGenomics單細胞轉(zhuǎn)錄seurat包提取表達量畫小提琴圖10xGenomics單細胞轉(zhuǎn)錄seurat包提取表達量畫小提琴圖 需求提取表達畫小提琴圖對噪音處理 需求 其實seurat包已經(jīng)有畫小提琴圖的函數(shù)，VlnPlot土涝，參數(shù)也較...
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單細胞之Seurat包實戰(zhàn)單細胞之Seurat包實戰(zhàn) 我們演示的數(shù)據(jù)集是E-MTAB-7704,可以從github中下載佛寿。 1. 特征描述 2. PCA主成分分析 PCA分析 繪制每個PCA成分的相關(guān)...
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pathview包的使用心得推薦一個網(wǎng)址，立志于學(xué)習(xí)此包的伙伴但壮。 可視化kegg通路-pathview包冀泻，這個網(wǎng)頁的下邊還有關(guān)于這個包的使用說明書，很全蜡饵，幫助你更好深入學(xué)習(xí)弹渔。 我沒有使用這個包是因為找到...
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KEGG分析工具：pathview基本操作什么是KEGG KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)是系統(tǒng)分析基因功能肢专、基因組信息數(shù)據(jù)庫，它有助于研究者把基因及表達信息...
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KEGG Pathway通路結(jié)果繪制氣泡圖
參考CSDN博客ntuYision：使用R語言ggplot2包繪制pathway富集分析氣泡圖（Bubble圖）:數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)及代碼 getwd() setwd("D:/Desk...
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48個實用的生信在線工具在線工具一般具有“功能強大、操作簡單筷登、無需安裝剃根、用完就走”的特點，輕松實現(xiàn)“用別人的服務(wù)器分析自己的數(shù)據(jù)”前方。 基因結(jié)構(gòu)繪制 1.Exon-Intron Graphic Mak...
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用ggplot2畫代謝集富集分析（MSEA）圖MSEA 什么是MSEA MSEA狈醉，Metabolite Set Enrichment Analysis，代謝集富集分析镣丑，是代謝組數(shù)據(jù)分析方法的一種舔糖。MSEA是基因集富集分析...
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初入職場的生信猿趣竣，喜歡折騰代碼整點有意思的東西
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STRING:蛋白質(zhì)相互作用(PPI網(wǎng)絡(luò))數(shù)據(jù)庫簡介
歡迎關(guān)注”生信修煉手冊”! 研究蛋白之間的相互作用網(wǎng)絡(luò)摇庙，有助于挖掘核心的調(diào)控基因，目前已經(jīng)有很多的蛋白質(zhì)相互作用的數(shù)據(jù)庫遥缕，而string絕對是其中覆蓋的物種最多卫袒，相互作用信息...
