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單細胞之軌跡分析-2：monocle2 原理解讀+實操軌跡分析系列： 單細胞之軌跡分析-1：RNA velocity[http://www.reibang.com/p/ee0f7a8e6a06] 擬時間序列分析（Pseudot...
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細胞類型鑒定--單細胞marker基因（持續(xù)修正）細胞類型marker基因T CellsCD3D, CD3EThCD3D, CD3E, CD40LGTcCD3D, CD3E, CD8A, CD8BgdTTRDV2, TRGV...
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單細胞系列課程-10 Trajectory inference analysis of scRNA-seq data視頻鏈接：https://www.youtube.com/watch?v=XmHDexCtjyw&list=PLjiXAZO27elC_xnk7gVNM85I2IQl5BEJ...
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seurat-ScaleData()源碼解析一宣鄙、ScaleData()簡介 單細胞基因表達counts矩陣數(shù)據(jù)經(jīng)過NormalizeData()歸一化處理后，還需要進行scale標準化拜鹤。ScaleData()[http...
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SCTransform：單細胞樣本的標準化Seurat從3.0版本引進了SCTransform這個函數(shù)用來對數(shù)據(jù)做標準化框冀，并且這一個函數(shù)可以代替三個函數(shù)（NormalizeData, ScaleData, FindV...
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單細胞RNA-seq:質量控制分析學習目標： -構建質量控制指標，可視化地評估數(shù)據(jù)的質量-應用適當?shù)倪^濾器去除低質量的細胞 單細胞RNA-seq:質量控制 這個工作流程的每一步都有它自己的目標和挑戰(zhàn)敏簿。對于我們...
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@expgene 感謝
EGA數(shù)據(jù)申請
探序基因腫瘤研究院整理 EGA數(shù)據(jù)庫明也，European genome-phenome archive 先注冊賬號，要填寫自己的名字惯裕，選擇研究機構温数，郵箱，密碼等信息蜻势，賬號申請審...
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常見的OrgDB包撑刺，方便對應物種注釋
列舉了19個OrgDB，物種對應的全基因組注釋R包握玛，方便根據(jù)EntreZ進行基因的注釋分析等等 | 物種 | OrgDB || 按蚊（Anopheles） | org.Ag....
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CellRanger走起(四) Cell Ranger流程概覽劉小澤寫于19.5.7主要看流程够傍，這一篇不涉及真實數(shù)據(jù)展示 總的來說甫菠，Cell Ranger主要的流程有：拆分數(shù)據(jù) mkfastq、細胞定量 count冕屯、定量組合 aggr寂诱、...
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從EGA下載數(shù)據(jù)安裝客戶端 使用pip： 使用conda： 配置 在客戶端要運行的目錄下創(chuàng)建一個名為CREDENTIALS_FILE的文件，使用JSON格式安聘，參考如下： 模板可以點擊這里下載...
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EGA數(shù)據(jù)申請
探序基因腫瘤研究院整理 EGA數(shù)據(jù)庫痰洒，European genome-phenome archive 先注冊賬號，要填寫自己的名字浴韭，選擇研究機構丘喻，郵箱，密碼等信息念颈，賬號申請審...
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請問注冊賬號時可選的單位沒有自己所在的單位怎么辦呢??
EGA(European Genome-Phenome Archive)數(shù)據(jù)申請下載
2023-6-13更新 太大的數(shù)據(jù)還是放棄下載吧幾個月過去泉粉，本來以為pyega3不行的話ascp肯定行結果43T下載下來17T，c4gh解碼失敗了一半有這些時間干點啥不好舍肠，裂...
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EGA(European Genome-Phenome Archive)數(shù)據(jù)申請下載2023-6-13更新 太大的數(shù)據(jù)還是放棄下載吧幾個月過去搀继，本來以為pyega3不行的話ascp肯定行結果43T下載下來17T，c4gh解碼失敗了一半有這些時間干點啥不好翠语，裂...
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請問注冊時提供的Organisation里沒有自己的單位怎么辦呢？
EGA數(shù)據(jù)申請
探序基因腫瘤研究院整理 EGA數(shù)據(jù)庫财边，European genome-phenome archive 先注冊賬號肌括，要填寫自己的名字，選擇研究機構酣难，郵箱谍夭，密碼等信息，賬號申請審...
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ascp咋啦憨募？如何從NCBI上下載sra數(shù)據(jù)紧索？前言 今天（3.12日），想在NCBI上下載lncRNA數(shù)據(jù)菜谣，突然發(fā)現(xiàn)軟件Aspera的ascp（報錯：ascp: Failed to open TCP connection...
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2021-04-29 TCGA與GTEX數(shù)據(jù)下載數(shù)據(jù)庫背景介紹 TCGA珠漂，全稱：The cancer genome altas官網(wǎng)：https://cancergenome.nih.gov/[https://cancerg...
