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單細(xì)胞之軌跡分析-2：monocle2 原理解讀+實(shí)操軌跡分析系列： 單細(xì)胞之軌跡分析-1：RNA velocity[http://www.reibang.com/p/ee0f7a8e6a06] 擬時(shí)間序列分析（Pseudot...
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細(xì)胞類型鑒定--單細(xì)胞marker基因（持續(xù)修正）細(xì)胞類型marker基因T CellsCD3D, CD3EThCD3D, CD3E, CD40LGTcCD3D, CD3E, CD8A, CD8BgdTTRDV2, TRGV...
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單細(xì)胞系列課程-10 Trajectory inference analysis of scRNA-seq data視頻鏈接：https://www.youtube.com/watch?v=XmHDexCtjyw&list=PLjiXAZO27elC_xnk7gVNM85I2IQl5BEJ...
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seurat-ScaleData()源碼解析一、ScaleData()簡(jiǎn)介 單細(xì)胞基因表達(dá)counts矩陣數(shù)據(jù)經(jīng)過NormalizeData()歸一化處理后你画，還需要進(jìn)行scale標(biāo)準(zhǔn)化抵碟。ScaleData()[http...
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SCTransform：?jiǎn)渭?xì)胞樣本的標(biāo)準(zhǔn)化Seurat從3.0版本引進(jìn)了SCTransform這個(gè)函數(shù)用來對(duì)數(shù)據(jù)做標(biāo)準(zhǔn)化，并且這一個(gè)函數(shù)可以代替三個(gè)函數(shù)（NormalizeData, ScaleData, FindV...
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單細(xì)胞RNA-seq:質(zhì)量控制分析學(xué)習(xí)目標(biāo)： -構(gòu)建質(zhì)量控制指標(biāo)坏匪，可視化地評(píng)估數(shù)據(jù)的質(zhì)量-應(yīng)用適當(dāng)?shù)倪^濾器去除低質(zhì)量的細(xì)胞 單細(xì)胞RNA-seq:質(zhì)量控制 這個(gè)工作流程的每一步都有它自己的目標(biāo)和挑戰(zhàn)拟逮。對(duì)于我們...
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@expgene 感謝
EGA數(shù)據(jù)申請(qǐng)
探序基因腫瘤研究院整理 EGA數(shù)據(jù)庫(kù)，European genome-phenome archive 先注冊(cè)賬號(hào)适滓，要填寫自己的名字敦迄，選擇研究機(jī)構(gòu)，郵箱凭迹，密碼等信息罚屋，賬號(hào)申請(qǐng)審...
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常見的OrgDB包，方便對(duì)應(yīng)物種注釋
列舉了19個(gè)OrgDB嗅绸，物種對(duì)應(yīng)的全基因組注釋R包脾猛，方便根據(jù)EntreZ進(jìn)行基因的注釋分析等等 | 物種 | OrgDB || 按蚊（Anopheles） | org.Ag....
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CellRanger走起(四) Cell Ranger流程概覽劉小澤寫于19.5.7主要看流程，這一篇不涉及真實(shí)數(shù)據(jù)展示 總的來說鱼鸠，Cell Ranger主要的流程有：拆分?jǐn)?shù)據(jù) mkfastq猛拴、細(xì)胞定量 count、定量組合 aggr瞧柔、...
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從EGA下載數(shù)據(jù)安裝客戶端 使用pip： 使用conda： 配置 在客戶端要運(yùn)行的目錄下創(chuàng)建一個(gè)名為CREDENTIALS_FILE的文件漆弄，使用JSON格式，參考如下： 模板可以點(diǎn)擊這里下載...
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EGA數(shù)據(jù)申請(qǐng)
探序基因腫瘤研究院整理 EGA數(shù)據(jù)庫(kù)造锅，European genome-phenome archive 先注冊(cè)賬號(hào)撼唾，要填寫自己的名字，選擇研究機(jī)構(gòu)哥蔚，郵箱倒谷，密碼等信息，賬號(hào)申請(qǐng)審...
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請(qǐng)問注冊(cè)賬號(hào)時(shí)可選的單位沒有自己所在的單位怎么辦呢??
EGA(European Genome-Phenome Archive)數(shù)據(jù)申請(qǐng)下載
2023-6-13更新 太大的數(shù)據(jù)還是放棄下載吧幾個(gè)月過去糙箍，本來以為pyega3不行的話ascp肯定行結(jié)果43T下載下來17T渤愁，c4gh解碼失敗了一半有這些時(shí)間干點(diǎn)啥不好，裂...
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EGA(European Genome-Phenome Archive)數(shù)據(jù)申請(qǐng)下載2023-6-13更新 太大的數(shù)據(jù)還是放棄下載吧幾個(gè)月過去深夯，本來以為pyega3不行的話ascp肯定行結(jié)果43T下載下來17T抖格，c4gh解碼失敗了一半有這些時(shí)間干點(diǎn)啥不好诺苹，裂...
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請(qǐng)問注冊(cè)時(shí)提供的Organisation里沒有自己的單位怎么辦呢？
EGA數(shù)據(jù)申請(qǐng)
探序基因腫瘤研究院整理 EGA數(shù)據(jù)庫(kù)雹拄，European genome-phenome archive 先注冊(cè)賬號(hào)收奔，要填寫自己的名字，選擇研究機(jī)構(gòu)滓玖，郵箱坪哄，密碼等信息，賬號(hào)申請(qǐng)審...
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ascp咋啦势篡？如何從NCBI上下載sra數(shù)據(jù)翩肌？前言 今天（3.12日），想在NCBI上下載lncRNA數(shù)據(jù)禁悠，突然發(fā)現(xiàn)軟件Aspera的ascp（報(bào)錯(cuò)：ascp: Failed to open TCP connection...
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2021-04-29 TCGA與GTEX數(shù)據(jù)下載數(shù)據(jù)庫(kù)背景介紹 TCGA念祭，全稱：The cancer genome altas官網(wǎng)：https://cancergenome.nih.gov/[https://cancerg...
