參考文獻[https://www.nature.com/articles/s41596-018-0103-9]EnrichmentMap分析有助于研究人員獲得從基因組規(guī)模產(chǎn)生...
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單細胞差異基因EnrichmentMap使用教程 -
UMAP圖上同時展示多個marker基因
最近有小伙伴問道一個問題衡楞，如何在一個單細胞UMAP/TSNE圖上展示多個marker基因的表達，乍一看挺簡單的保檐，后來也是思考了一些時間，慢慢解決了這個問題崔梗。 首先展东，Seura...
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seurat V5升級：一些常見報錯1、數(shù)據(jù)在不同環(huán)境中的兼容情況 目前V5版本的環(huán)境可以兼容V3版本的數(shù)據(jù)炒俱，但是V3環(huán)境中導入V5環(huán)境會報錯（缺依賴包）盐肃。目前有兩種方式新建R對象數(shù)據(jù)CreateSeuratO...
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Velocyto: 提取剪接矩陣官網(wǎng)：http://velocyto.org/velocyto.py/tutorial/cli.html[http://velocyto.org/velocyto.py/tu...
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熱圖去掉聚類樹但是保留聚類
看到這個問題，你可能搜了好多答案权悟，比如 熱圖如何去掉聚類樹的同時保留聚類的順序砸王？ - 簡書 (jianshu.com)[http://www.reibang.com/p/e...
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R語言 ggplot2 中為分面添加不同注釋R語言中分面是一個很好用的功能，尤其是在處理多組數(shù)據(jù)時峦阁∏澹可以很好地將圖分割成多個分面，展現(xiàn)數(shù)據(jù)的子集特征榔昔。 比如說： ggplot(mpg, aes(x=displ, y=c...
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2022-11-30 error in evaluating the argument 'x' in selecting a method for function 'colSums': no ...
在seurat分析單細胞數(shù)據(jù)的時候撒会，用了PercentageFeatureSet這個函數(shù)嘹朗，報錯了： Error in h(simpleError(msg, call)) :e...
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使用pyGenomeTracks繪制表觀展示圖pyGenomeTracks是什么 首先在介紹pyGenomeTracks之前堰塌， 先說幾個常用的表觀組學數(shù)據(jù)展示工具壮锻，IGV紊册，UCSC和WashU床绪。其中大家用的最多的應該就是...
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scATAC-ArchR軟件如何更準確定義特定細胞群/celltype的組間差異peaks科乎？
最近在做某類細胞亞群細分時特定群的組間差異peaks時鼓择，發(fā)現(xiàn)了以下幾個方面的問題：以下是參考腳本getMarkerFeatures[https://www.archrproj...
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使用ArchR分析單細胞ATAC-seq數(shù)據(jù)(第五章)本文首發(fā)于我的個人博客怀樟， http://xuzhougeng.top/ 往期回顧: 使用ArchR分析單細胞ATAC-seq數(shù)據(jù)(第一章) 使用ArchR分析單細胞ATAC-...
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謝謝博主好用心的整理
使用ArchR分析單細胞ATAC-seq數(shù)據(jù)(第七章)
本文首發(fā)于我的個人博客绽慈， http://xuzhougeng.top/ 往期回顧: 使用ArchR分析單細胞ATAC-seq數(shù)據(jù)(第一章) 使用ArchR分析單細胞ATAC-...
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使用ArchR分析單細胞ATAC-seq數(shù)據(jù)(第七章)本文首發(fā)于我的個人博客薛训， http://xuzhougeng.top/ 往期回顧: 使用ArchR分析單細胞ATAC-seq數(shù)據(jù)(第一章) 使用ArchR分析單細胞ATAC-...
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個人博客: xuzhougeng.top (隨緣訪問)
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MSKCC Research Associate<br>別趕不上野心，又辜負了努力
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R語言批量爬取NCBI基因注釋數(shù)據(jù)網(wǎng)絡爬蟲（web crawler）膊爪，也叫網(wǎng)絡蜘蛛（spider）自阱，是一種用來自動瀏覽萬維網(wǎng)的網(wǎng)絡機器人。其目的一般為編纂網(wǎng)絡索引米酬。各大搜索引擎都可以被看做爬蟲沛豌，根據(jù)爬取的內(nèi)容...
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Error in table(sample_type[match(x, names(sample_type))])[[type.1]] :
subscript out of bounds
Calls: PlotDensity -> lapply -> FUN
Execution halted
大神，為啥不管我如何嘗試，總報這個錯啊??umap圖中繪制樣本類型的密度分布
加載所需包 加載函數(shù) res：分辨率越高density的單位面積越小加派，根據(jù)細胞數(shù)目取值從10-100 type.1和type.2分別為sample_type的兩個因子 typ...
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這個小工具好好用竹勉，可能就是沒有可視化的圖，使大家沒有發(fā)現(xiàn)你
umap圖中繪制樣本類型的密度分布
加載所需包 加載函數(shù) res：分辨率越高density的單位面積越小娄琉，根據(jù)細胞數(shù)目取值從10-100 type.1和type.2分別為sample_type的兩個因子 typ...
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umap圖中繪制樣本類型的密度分布
加載所需包 加載函數(shù) res：分辨率越高density的單位面積越小次乓，根據(jù)細胞數(shù)目取值從10-100 type.1和type.2分別為sample_type的兩個因子 typ...
