谷流觴

@起個名字88 網(wǎng)絡(luò)問題啊

如何構(gòu)建kraken2個性化數(shù)據(jù)庫

kraken2就不介紹了，是一款挺好用的快速比對宏基因組軟件。 現(xiàn)在有了nt數(shù)據(jù)庫下面animal的序列卿嘲，那么如何構(gòu)建kraken2的數(shù)據(jù)庫呢纳令？ 首先推薦把kraken2安裝...

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谷流觴

最近偶然從一篇PNAs的文章红且，看到作者不僅進行了16S rRNA測序坝茎，而且通過marker基因和宏基因組bins同時計算了群落結(jié)構(gòu)，對比三者發(fā)現(xiàn)暇番，菌群結(jié)構(gòu)相似嗤放。 看了一下ma...

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@小王的事業(yè)粉 ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/taxonomy/ 就在這里面

如何在blast結(jié)果中添加詳細的物種信息

之前無論是做blastn或者是blastp都是僅僅在blast結(jié)果中顯示了種屬信息，沒有添加詳細的信息壁酬，添加種屬信息很簡單次酌，只要結(jié)果里生成XML格式恨课，之后轉(zhuǎn)化成xls格式就O...

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谷流觴

我可以啊，你如果不行就先提取序列再建庫

如何從NT/NR數(shù)據(jù)庫中提取子庫

最近做有關(guān)小鼠腸道微生物宏基因組岳服，遇到兩個問題剂公，一是數(shù)據(jù)量太大，二是宿主污染嚴重吊宋。 估計宿主污染至少80%左右纲辽，因而就想通過一些方法，例如kraken贫母、bowtie等把宿主污...

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谷流觴

很明顯绿贞，是網(wǎng)絡(luò)斷開了。多試幾次吧

如何構(gòu)建kraken2個性化數(shù)據(jù)庫

kraken2就不介紹了橘原，是一款挺好用的快速比對宏基因組軟件籍铁。 現(xiàn)在有了nt數(shù)據(jù)庫下面animal的序列，那么如何構(gòu)建kraken2的數(shù)據(jù)庫呢趾断？ 首先推薦把kraken2安裝...

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@飛腸的世界 還是構(gòu)建庫的時候有問題吧

如何構(gòu)建kraken2個性化數(shù)據(jù)庫

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WGS是whole genome sequence的accession number，不一樣的脐帝，你可以了解一下

如何在blast結(jié)果中添加詳細的物種信息

之前無論是做blastn或者是blastp都是僅僅在blast結(jié)果中顯示了種屬信息同云，沒有添加詳細的信息，添加種屬信息很簡單堵腹，只要結(jié)果里生成XML格式炸站，之后轉(zhuǎn)化成xls格式就O...

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谷流觴

這個問題跟注釋掉圖片中的“die”那一行沒關(guān)系。是perl 變量的事疚顷，不過應該問題不大旱易。

如何構(gòu)建kraken2個性化數(shù)據(jù)庫

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之前一直在linux下用perl和python居多释液，對R的使用還停留在windows的Rstudio以及各種linux QIIME2等虛擬環(huán)境里的R全释。恰巧上兩個星期遇到了li...

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之前無論是做blastn或者是blastp都是僅僅在blast結(jié)果中顯示了種屬信息李命，沒有添加詳細的信息登淘，添加種屬信息很簡單，只要結(jié)果里生成XML格式封字，之后轉(zhuǎn)化成xls格式就O...

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最近用conda創(chuàng)建了一個新的環(huán)境黔州，conda activate進入新環(huán)境后，查看perl和python時還是發(fā)現(xiàn)： /usr/bin/perl/usr/bin/python...

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原來生信處理一直用perl阔籽，之前雖然也寫過python流妻，但是linux下縮進4個空格實在有點煩 最近又想重新拾取python，就編輯了一下vimrc笆制，利用tab鍵解決縮進問題...

谷流觴

雖然perl面向?qū)ο竽芰ζ跎鹫猓襭erl6一直為人詬病，但是仍然有許多生物信息方面的軟件還是需要用到perl的 這就帶來了一個問題在辆，有時候就會報錯证薇，“缺少XX模塊” 也不得不...

谷流觴

一臺服務(wù)器匆篓，如果安裝的軟件多了浑度，難免會各種沖突，好在docker和conda都可以解決這個問題 docker運行麻煩一點鸦概，還是優(yōu)先從conda入手 conda list # ...

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kraken2就不介紹了箩张，是一款挺好用的快速比對宏基因組軟件。 現(xiàn)在有了nt數(shù)據(jù)庫下面animal的序列窗市，那么如何構(gòu)建kraken2的數(shù)據(jù)庫呢伏钠？ 首先推薦把kraken2安裝...