之前一直在linux下用perl和python居多乡革，對R的使用還停留在windows的Rstudio以及各種linux QIIME2等虛擬環(huán)境里的R。恰巧上兩個星期遇到了linux R包安裝的問題，還是記錄一下吧巫湘。
1 ?R的安裝
方法很多，conda安裝昏鹃，官網(wǎng)下載后上傳到linux服務(wù)器然后編譯等等尚氛。
2 R包的安裝
①R交互模式下使用install.packages安裝
install.packages("packages",repos="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/") ? ? ? ? ? ?##指定鏡像地址
remove.packages("packages") ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? #卸載R包?
######安裝指定版本的R包可考慮使用devtools工具
install.packages("devtools") ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? #使用devtools來安裝R包更容易搜索到資源
devtools::install_version("packages", version = "1.3.2", repos = "http://cran.us.r-project.org") ? ? ? #安裝1.3.2版本
packageVersion("packages") ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? #安裝成功后檢查Matrix版本
②如果cran中不存在包，用BiocManager安裝
install.packages("BiocManager") #如已安裝洞渤，后續(xù)安裝不再需要
BiocManager::install("clusterProfiler")
需要注意的是阅嘶，我們安裝R包均未指定R包路徑，如需查看默認(rèn)位置，則
.libPaths()
如需查看所有安裝的包版本信息讯柔，路徑等抡蛙，則
installed.packages()[,c('Package','Version','LibPath')]
③手動安裝
如果因為R的版本過老，或者某些其他原因磷杏，導(dǎo)致以上兩種自動安裝的方法失敗溜畅，可以使用手動安裝。例如极祸，從R官網(wǎng)CRAN鏈接下載R包慈格，需要注意的是，下載的R包版本要和R版本對應(yīng)遥金。如果實在不知道R包的哪個版本與自己使用的R對應(yīng)浴捆，那么根據(jù)R包發(fā)布時間和R推出的時間估算一下，而后嘗試安裝稿械。
將手動下載的R包上傳到library中选泻，使用
sudo R CMD INSTALL mypackage.tar.gz ? ?###需要root權(quán)限
有時候會出這種問題，例如
很簡單美莫，這就是因為依賴的包沒有安裝導(dǎo)致的页眯，重復(fù)以上步驟就可以。
④通過conda安裝
像perl包和python包一樣厢呵，bioconda里面也有很多上傳的R包窝撵，可以先search一下，一般CRAN的包是以?r-開頭襟铭，而另一種是以bioconductor-開頭碌奉，例如
conda search r-stringi
conda search?bioconductor-biocgeneric
通過conda安裝R包，還是先構(gòu)建一個R環(huán)境吧寒砖，conda ?create -n R r-base赐劣，不然環(huán)境變量有時候夠頭痛的。
3 服務(wù)上使用Rstudio-server
有時候服務(wù)器上光用R還不夠哩都，還要用到Rstudio魁兼，首先下載安裝Rstudio-server
sudo vim /etc/rstudio/rserver.conf ? ? ? ? ? ####切換不同版本的R
rsession-which-r=~/biotools/anaconda2/bin/R
rsession-which-r=/usr/bin/R
