寫在前面 熱圖炕舵，或稱熱力圖宜咒，是外文 Heatmap 的直譯惑折。在幾乎所有數(shù)值分析相關(guān)工作中都可以看到。生物信息學(xué)數(shù)據(jù)句葵，自然躲不過(guò)截汪。無(wú)論是形態(tài)數(shù)據(jù)，還是基因拷貝數(shù)數(shù)據(jù)踪旷，或是基因表...
發(fā)簡(jiǎn)信
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收藏貼之一 | 寫過(guò)熱圖工具的人萎津，給你理清熱圖數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)化 -
喜歡寫代碼的外科醫(yī)生。
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努力努力再努力~<br>個(gè)人博客：<a href="https://links.jianshu.com/go?to=https%3A%2F%2Flishensuo.github.io%2F" target="_blank">https://lishensuo.github.io/</a>
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中山大學(xué)中山醫(yī)學(xué)院-基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)博士在讀<br>歡迎關(guān)注個(gè)人公眾號(hào)<br><br>公眾號(hào)：bioinfomics<br>博客：<a href="https://links.jianshu.com/go?to=https%3A%2F%2Fdongwei1220.github.io%2F" target="_blank">https://dongwei1220.github.io/</a><br>
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這個(gè)問(wèn)題怎么解決渗稍，感謝
> heatmap <- Heatmap(
+ assay(res_data),
+ name = "DNA methylation",
+ col = matlab::jet.colors(200),
+ show_row_names = FALSE,
+ cluster_rows = TRUE,
+ cluster_columns = FALSE,
+ show_column_names = FALSE,
+ bottom_annotation = ta,
+ column_title = "DNA Methylation"
+ )
Error in (function (classes, fdef, mtable) :
unable to find an inherited method for function ‘a(chǎn)ssay’ for signature ‘"data.frame", "missing"’TCGA 數(shù)據(jù)分析實(shí)戰(zhàn) —— 差異甲基化區(qū)域模體分析
前言 DNA 甲基化在許多細(xì)胞進(jìn)程中扮演重要的角色佩迟，例如胚胎發(fā)育、基因印跡竿屹、X 染色體失活和維持染色體穩(wěn)定性报强。 在哺乳動(dòng)物中，DNA 甲基化很少見(jiàn)拱燃，其產(chǎn)生位置分布在整個(gè)基因組...
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MSKCC Research Associate<br>別趕不上野心，又辜負(fù)了努力
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R包c(diǎn)lusterProfiler: 轉(zhuǎn)換ID汽馋、GO/KEGG富集分析參考這篇ID轉(zhuǎn)換不用怕侮东，clusterProfiler幫你忙這篇詳細(xì)講了無(wú)參考基因組該怎么辦，值得一看 簡(jiǎn)單介紹一下幾種常用的ID：Ensemble id：一般以ENSG開(kāi)頭...
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function.R哪里get到
折騰了許久才復(fù)現(xiàn)出的WGCNA圖-GSE106292你值得擁有
前些天老大布置了WGCNA的作業(yè)：下載GSE106292 數(shù)據(jù)集的 Excel表格如何讀入R里面豹芯，做出作者文章中那樣的圖悄雅，但是分組很復(fù)雜，需要去文章中找細(xì)節(jié)內(nèi)容铁蹈，老大jimm...
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折騰了許久才復(fù)現(xiàn)出的WGCNA圖-GSE106292你值得擁有
前些天老大布置了WGCNA的作業(yè)：下載GSE106292 數(shù)據(jù)集的 Excel表格如何讀入R里面，做出作者文章中那樣的圖容诬，但是分組很復(fù)雜娩梨，需要去文章中找細(xì)節(jié)內(nèi)容，老大jimm...
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TCGA甲基化芯片數(shù)據(jù)的差異基因的生存分析與富集分析4.將差異甲基化位點(diǎn)拿來(lái)做批量生存分析 logrank test批量生存分析 這里和TCGA系列里的內(nèi)容是一樣的习蓬，詳見(jiàn)：兩種方法批量做生存分析 得到110個(gè)對(duì)生存影響顯著的差...
