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【表觀調(diào)控 實(shí)戰(zhàn)】五、DEG分析與peaks注釋分析這里是佳奧贡定，我們繼續(xù)RNA-Seq分析的結(jié)果探究材鹦。 第三步，DEG-差異分析律罢。 1 RNA-Seq結(jié)果分析：DEG 歸一化后表達(dá)量成一條線了膀值。 2 ChIP-Seq結(jié)果分析：...
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【ChIP-seq 實(shí)戰(zhàn)】五、合并bam和去除PCR重復(fù)
這里是佳奧误辑！ 獲得了比對(duì)的bam文件沧踏，生成了index的bai文件，生成了比對(duì)結(jié)果stat文件巾钉。 合并bam文件和去除PCR重復(fù)沒有嚴(yán)格先后順序翘狱，是否必要根據(jù)文章決定 1 合...
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minimap2參數(shù)詳解
minimap2是我們?cè)诨蚪M分析過程常用的一種工具赚导，但是它的參數(shù)很多很復(fù)雜茬缩，現(xiàn)在我將各項(xiàng)參數(shù)的內(nèi)容和用法進(jìn)行解析。 實(shí)例(polish 第一步)
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三代測(cè)序數(shù)據(jù)簡單分析
三代測(cè)序數(shù)據(jù)簡單分析 原創(chuàng) saber universebiologygirl 簡單介紹： 三代測(cè)序技術(shù)讀長較長吼旧，針對(duì)比較小的基因組像只有16kbp的人類線粒體DNA（mtD...
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入門流程 | 三代測(cè)序基因組從[ 組裝 ]到[ 評(píng)估 ]- Pacbio凰锡、Flye、Quast寫在前面 最近，帶一個(gè)師妹了解并做了簡單的基因組組裝工作掂为，感覺其上手速度還可以裕膀。慢慢地有初窺生物信息學(xué)數(shù)據(jù)分析門徑的樣式，于是....還是鼓勵(lì)她整理整理流程勇哗，分享分享（其實(shí)....
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wtdbg2 | 三代測(cè)序數(shù)據(jù)組裝軟件③
wtdbg2軟件介紹 wdbg2能利用三代Pacbio 或 Nanopore 測(cè)序數(shù)據(jù)進(jìn)行基因組組裝智绸。在組裝過程中野揪，軟件將reads打斷成長度為1024 bp的片段（類似km...
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全長轉(zhuǎn)錄組 | Iso-Seq 三代測(cè)序數(shù)據(jù)分析流程 (PacBio) （1）我也認(rèn)為長讀長測(cè)序是 RNA 測(cè)序的未來！隨著價(jià)格的降低和堿基質(zhì)量的提升瞧栗，傳統(tǒng)的二代RNA-seq會(huì)被逐漸取代斯稳。 很多物種的轉(zhuǎn)錄本非常多樣和復(fù)雜，絕大多數(shù)真核生物基因不符合“...
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ChromHMM使用方法
ChromHMM教程ChIPseq教程從這個(gè)網(wǎng)站下載數(shù)據(jù)迹恐，放在Bed_input文件夾里面挣惰。同時(shí)按照上述教程制作與下載的bed文件同樣名字的cellmarkfile.txt文...
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Nanopore可變剪切分析Nanopore native RNA sequencing of a human poly(A) transcriptomeFLAIR原始文章 FLAIR分析流程 Nano...
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二代轉(zhuǎn)錄組可變剪切(AS)分析1.背景知識(shí) 1.1什么是可變剪切 可變剪切（differential splicing）也叫做選擇性剪切alternative splicing, 指的是在mRNA前體到成...
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ChIP-seq下游分析之motif 分析什么是ChIP-seq竖幔？ ChIP-Seq即染色質(zhì)免疫共沉淀技術(shù)（Chromatin Immunoprecipitation，ChIP）與二代測(cè)序技術(shù)的結(jié)合是偷，通過染色質(zhì)免疫共...
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人精子H3K4me3 ChIP-seq和DNA甲基化WGBS揭示與生育和發(fā)育相關(guān)重疊區(qū)域目前拳氢，六分之一的夫婦患有不孕不育，其中多達(dá)一半的病例由男性因素引起蛋铆，在過去的40年中馋评，精子數(shù)量下降了50%。盡管導(dǎo)致精子質(zhì)量和數(shù)量下降的因素知之甚少刺啦，但環(huán)境-表觀基因組相互作...
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實(shí)驗(yàn)記錄2：Cellranger整理fastq數(shù)據(jù)為表達(dá)矩陣在分析單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序數(shù)據(jù)前留特，我們需要將原始的fastq測(cè)序文件轉(zhuǎn)化成我們可讀的數(shù)據(jù)，最好的方法是將數(shù)據(jù)整理為基因-細(xì)胞表達(dá)矩陣玛瘸，如此一來后續(xù)的分析就能夠直接讀取到某細(xì)胞的某...
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實(shí)驗(yàn)記錄1：安裝Cellranger與Seurat蜕青，下載數(shù)據(jù)
2018-9-21 梗概 安裝單細(xì)胞測(cè)序數(shù)據(jù)處理軟件Cellranger 安裝R包Seurat 下載cellranger參考數(shù)據(jù)Human reference (GRCh38...
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使用R包ChIPseeker實(shí)現(xiàn)對(duì)ChIP-seq peaks的注釋ChIP-seq試驗(yàn)普遍用于探究蛋白質(zhì)與核酸的結(jié)合作用。例如最常見的捧韵，期望獲得某個(gè)轉(zhuǎn)錄因子的功能市咆，查看它結(jié)合到哪些基因啟動(dòng)子區(qū)域并調(diào)控它們的轉(zhuǎn)錄，以及更高級(jí)的分析識(shí)別該轉(zhuǎn)錄因...
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Chip-Seq 分析過程二全文分析流程學(xué)習(xí)按照：九月學(xué)徒ChIP-seq學(xué)習(xí)成果展 一再来、 怎么將SAR文件轉(zhuǎn)為fastq文件？ 1. 【方法】利用軟件sratoolkit，下載后解壓芒篷，找到其中的 f...
