240 發(fā)簡(jiǎn)信
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    Drug2Cell 安裝及使用教程

    簡(jiǎn)介 Drug2Cell 是用于scanpy中基因組活性評(píng)估的效用函數(shù)的集合遂黍,既用于每個(gè)細(xì)胞評(píng)分徐许,也用于基于標(biāo)記的富集/過(guò)表示分析。Drug2cell利用已建立的方法囱井,并以方...

  • @我們一起舔過(guò)鐵欄桿 您好忆畅,原文章指出都大于0.9是最好的,但是在張澤民老師泛癌NK那個(gè)文章中氓轰,大部分細(xì)胞類(lèi)型ROGUE 值都大于0.8婚夫,但也有一個(gè)細(xì)胞類(lèi)型在0.75一下。我個(gè)人感覺(jué)整體在0.8以上也可以接受署鸡,當(dāng)然值越大純度越高更好案糙,但是還得結(jié)合具體的問(wèn)題考慮。

    ROGUE: 細(xì)胞亞群純度評(píng)估

    在多篇高分文章中都出現(xiàn)了評(píng)估細(xì)胞亞群純度的內(nèi)容靴庆,用到的是張澤民團(tuán)隊(duì)的ROGEU包时捌。提出了一個(gè)基于熵的統(tǒng)計(jì)量(ROGUE)來(lái)準(zhǔn)確地定量鑒定的細(xì)胞團(tuán)的純度,可應(yīng)用于所有測(cè)試的sc...

  • @Ying_41b7 c和t分別代表對(duì)照組和實(shí)驗(yàn)組哈~

    TEtranscripts安裝及使用大全(202406)

    本文主要介紹TEtranscripts炉抒,常用于轉(zhuǎn)座子研究奢讨。官網(wǎng):https://github.com/mhammell-laboratory/TEtranscripts/[h...

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    單細(xì)胞測(cè)序技術(shù)scRNA-seq及其在動(dòng)物學(xué)上的應(yīng)用

    《動(dòng)物學(xué)科學(xué)研討》課程老師讓介紹一種測(cè)序技術(shù),及其在動(dòng)物學(xué)上的應(yīng)用的焰薄,PPT共享拿诸! (每帖分享:時(shí)間應(yīng)該被用在有價(jià)值且讓你快樂(lè)的地方扒袖,而不是無(wú)意義且擾亂心情的事情)

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    FeaturePlot畫(huà)圖讓有表達(dá)的點(diǎn)展示在上方

    在使用FeaturePlot畫(huà)圖的時(shí)候會(huì)因?yàn)榧?xì)胞太多存在一些細(xì)胞被覆蓋的現(xiàn)象,導(dǎo)致表達(dá)某基因的細(xì)胞由于處于底層而展示不出來(lái)佳镜。我們?nèi)绻胍尡磉_(dá)特定基因的細(xì)胞都展示在上層僚稿,從而...

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    利用cellranger構(gòu)建病毒基因組并整合到人中定量分析

    1.軟件和參考基因組文件下載 cellranger下載 建議下載比較新的的,我這個(gè)是因?yàn)橄牒驮谋3忠恢滤圆畔螺d的老版本官網(wǎng)下載:https://www.10xgenomi...

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    R構(gòu)建seurat和scanpy 重復(fù)基因處理方式不同

    在處理病毒數(shù)據(jù)的時(shí)候遇到一個(gè)問(wèn)題蟀伸,由于有不同病毒對(duì)應(yīng)的 蛋白編碼基因相同蚀同,導(dǎo)致讀取的時(shí)候出現(xiàn)問(wèn)題:主要是在R中"ORF1ab"讀取為0但是scanpy中讀取為13.548,這...

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    destiny包安裝 (libstdc++.so.6報(bào)錯(cuò))

    為了使用DiffusionMap啊掏,需要安裝destiny蠢络,但是遇到報(bào)錯(cuò)libstdc++.so.6: version GLIBCXX_3.4.30' not found嘗試了...

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    Rstudio server卡住無(wú)法啟動(dòng)

    多次遇到rstudio-server服務(wù)器自己的用戶(hù)登錄不上,一直卡著迟蜜,但是別人的用戶(hù)能正常使用的情況刹孔,一般都是自己用戶(hù)下出現(xiàn)了問(wèn)題,下面總結(jié)幾個(gè)常用到有助于快速重新登錄的辦...

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    ROGUE: 細(xì)胞亞群純度評(píng)估

    在多篇高分文章中都出現(xiàn)了評(píng)估細(xì)胞亞群純度的內(nèi)容娜睛,用到的是張澤民團(tuán)隊(duì)的ROGEU包髓霞。提出了一個(gè)基于熵的統(tǒng)計(jì)量(ROGUE)來(lái)準(zhǔn)確地定量鑒定的細(xì)胞團(tuán)的純度,可應(yīng)用于所有測(cè)試的sc...

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    SeuratDisk R包安裝 & .h5ad轉(zhuǎn)換為seurat對(duì)象

    h5Seurat 文件格式專(zhuān)門(mén)用于存儲(chǔ)和分析多模態(tài)單細(xì)胞和空間分辨表達(dá)實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)畦戒,例如來(lái)自 CITE-seq 或 10X Visium 技術(shù)的數(shù)據(jù)方库。它包含所有分子信息和相關(guān)的元...

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    泛癌內(nèi)皮 血管生成 炎癥 2024 NSR(張澤民)

    Jinhu Li, Dongfang Wang, Fei Tang, Xinnan Ling, Wenjie Zhang, Zemin Zhang, Pan-cancer i...

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    Jupyte安裝和遠(yuǎn)程使用

    Jupyter是一個(gè)開(kāi)源的交互式計(jì)算環(huán)境,支持超過(guò)40種編程語(yǔ)言障斋,其中包括Python纵潦、R、Julia等垃环。它最初是IPython項(xiàng)目的一部分邀层,隨后發(fā)展成為支持多種編程語(yǔ)言的開(kāi)...

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    Xtail (ribo-seq計(jì)算差異翻譯效率)

    ribo-seq數(shù)據(jù)可以提供不同狀態(tài)下的翻譯效率,本帖子主要介紹2016年發(fā)表在NC上的簡(jiǎn)便的工具:Xtail遂庄。詳情請(qǐng)參照github網(wǎng)址:https://github.co...

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    bulk RNA-seq 去除批次效應(yīng)(多種方法示例和對(duì)比)

    整合不同批次的數(shù)據(jù)寥院,或者不同文章來(lái)源的數(shù)據(jù)時(shí),需要檢查并去除批次效應(yīng)帶來(lái)的影響涧团,減少差異分析部分的假陽(yáng)性只磷。可以根據(jù)PCA圖檢查潛在的影響因素泌绣,例如:批次钮追,測(cè)序方法,建庫(kù)方法等...

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    GEO SRA 數(shù)據(jù)批量下載

    本文章以下載上傳在GEO database上的ribo-seq數(shù)據(jù)為例阿迈,詳細(xì)介紹如何使用prefetch和Python腳本快速批量下載數(shù)據(jù)元媚。 一、使用 prefetch 批量...

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    STAR安裝及使用

    STAR是一個(gè)開(kāi)源的生物信息學(xué)工具,用于高效甥角、精確地將RNA測(cè)序數(shù)據(jù)(RNA-seq)比對(duì)到基因組上网严。由Alex Dobin等人開(kāi)發(fā)的這個(gè)項(xiàng)目,已經(jīng)在生物學(xué)研究領(lǐng)域中獲得了廣...

  • conda安裝及創(chuàng)建虛擬環(huán)境

    簡(jiǎn)介 Conda 是一個(gè)開(kāi)源的軟件包管理系統(tǒng)和環(huán)境管理系統(tǒng)嗤无,最初由 Anaconda 公司開(kāi)發(fā)震束。Conda 主要用于管理 Python 包和環(huán)境,但它也支持其他編程語(yǔ)言如 R...

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    TEtranscripts安裝及使用大全(202406)

    本文主要介紹TEtranscripts当犯,常用于轉(zhuǎn)座子研究垢村。官網(wǎng):https://github.com/mhammell-laboratory/TEtranscripts/[h...

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