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基因組重復序列檢測：RepeatMasker的安裝及使用RepeatMasker是重復序列檢測的常用工具墅垮，通過與參考數(shù)據庫的相似性比對來準確識別或屏蔽基因組中的重復序列，屬于同源預測注釋的方式瞻凤。下文除了RepeatMasker的使...
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選擇壓力分析荞彼，從序列下載到結果繪圖選擇壓力及基因在進化過程中所受到的壓力，也稱自然選擇。 在遺傳學中絮记， Ka/Ks或者dN/dS表示的是非同義突變頻率(Ka)和同義突變頻率（Ks）之間的比例摔踱。 一般認為，同義...
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選擇壓力（dn/ds）計算dn/ds又叫ka/ks，具體的概念憔四，意義百度上都有“蛳ⅲ現(xiàn)主要介紹最近用到的三種計算途徑，分別是maga7了赵，datamonkey潜支，paml。 做選擇壓力分析的序列文件柿汛，需要先c...
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基因選擇壓力分析 | Ka/Ks, Dn/Ds 大規(guī)模計算冗酿，更快更準！寫在前面 來來去去络断，這個主題相關的裁替，我已經寫過很多個推文，甚至還包括與Raindy（福建農林高芳鑾老師）合作開發(fā)和發(fā)表了 EasyCodeML貌笨。只能說弱判，確實是一個相對常見但似...
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無參轉錄組序列組裝 — Trinity轉錄組分析策略 轉錄組分析策略根據有無參考轉錄組可以分為兩類： 有參比對—定量—差異分析—功能富集分析等 無參組裝—定量—差異分析—功能富集分析等image 無參考轉錄組序列...
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OrthoFinder 進行直系同源基因分析教程
介紹 OrthoFinder 是一個快速祠汇、準確和全面的比較基因組學平臺。 它找到正交群(orthogroups)和直系同源(orthologs)蘸际，推斷所有正交群的有根基因樹座哩，...
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有參轉錄組實戰(zhàn)7-基因序列提取#本教程仿自于“https://zhuanlan.zhihu.com/p/439168788”。#正則表達式教程https://www.runoob.com/regexp/r...
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對轉錄組測序數(shù)據進行分析以及注釋
隨著二代測序技術的高速發(fā)展，人們獲得了大量的轉錄組數(shù)據序列如何從數(shù)據中挖掘具有生物意義的信息已經成為很多研究的關鍵尘惧，對未知基因的功能進行預測和注釋就是一個重要問題這篇文章主要...
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轉錄組重建系統(tǒng)發(fā)育（二）使用Trinity對cleandata進行組裝在處理完rawdata（參考上一文章）轉錄組重建系統(tǒng)發(fā)育（一）使用fastp多rawdata進行處理[http://www.reibang.com/p/720ae2c45e...
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轉錄組重建系統(tǒng)發(fā)育（四）使用cdhit去冗余和使用transdecoder進行ORF預測
1.cd-hit的安裝和使用 cd-hit 是用于蛋白質序列或核酸序列聚類的工具，根據序列的相似度對序列進行聚類以去除冗余的序列贰逾，一般用于構建非冗余的數(shù)據集用于后續(xù)的實驗分析...
