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在我們涉足單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析不久之后就會發(fā)現(xiàn)揍很,我們在和一套新的理念打交道。在這套理念中,對象是常見的抗蠢,數(shù)據(jù)是多維的,往往是一張核心表及其附屬思劳。我們對一張表是熟悉的迅矛,Excel極大...
一文了解單細(xì)胞對象數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)/數(shù)據(jù)格式,單細(xì)胞數(shù)據(jù)操作不迷茫敢艰。本文內(nèi)容包括 單細(xì)胞seurat對象數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)诬乞, 內(nèi)容構(gòu)成,對象的調(diào)用、操作震嫉,常見函數(shù)的應(yīng)用等森瘪。 1. 單細(xì)胞seu...
Part0背景知識 Q:什么是外顯子測序呢悴势?A:外顯子組測序是指利用序列捕獲或者靶向技術(shù)將全基因組外顯子區(qū)域DNA富集后再進行高通量測序的基因組分析方法窗宇。外顯子組包含約1%的...
舊號無故被封军俊,小號再發(fā)一次 更多空間轉(zhuǎn)錄組文章: 1. 新版10X Visium 【10X空間轉(zhuǎn)錄組Visium】(一)Space Ranger 1.0.0(更新于20191...
單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析系列教程 sc-RAN-seq 數(shù)據(jù)分析||Seurat新版教程:Guided Clustering Tutorial[https://www.jians...
參考:https://satijalab.org/seurat/articles/essential_commands.html[https://satijalab.org/...
水有源,故其流不窮昔穴;木有根镰官,故其生不窮。 長期以來吗货,我們的單細(xì)胞分析僅僅停留在調(diào)包泳唠、套函數(shù)、……宙搬,這個過程會“蒙住”我們的眼睛笨腥,有些時候我們需要知道每個函數(shù)究竟在干什么才能夠...
本教程介紹了Seurat包與sctransform 包一起分析時候的一般方法。首先你也許會問:sctransform包是用來干嘛的害淤? 這是一個值得關(guān)心和探討的問題扇雕,我也將做一...
(一)Seurat的數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu) 版本:3.1.5 直接輸入Seurat object的名稱镶奉,我們可以得到類似如下內(nèi)容: An object of class Seurat 13...
Seurat Weekly NO.0 || 開刊詞Seurat Weekly NO.1 || 到底分多少個群是合適的崭放?哨苛! 在過去的一周里Seurat社區(qū)在github總提問數(shù)...
Seurat Weekly NO.0 || 開刊詞 在過去的一周里Seurat社區(qū)在github總提問數(shù)由上周的3066上升到3090建峭,當(dāng)然有同一問題反復(fù)討論的情況,也有之前...