從果子老師的從TCGA數(shù)據(jù)中提取lncRNA并進行下游分析一文中垄懂，我學到了如何從TCGA表達譜數(shù)據(jù)中提取RNA。老師的教程已經(jīng)寫的很詳細了钠四，我再補充一點：如何下載GTF注視文...
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從TCGA數(shù)據(jù)中提取lncRNA(這是一個找bug教程) -
TCGA數(shù)據(jù)差異分析后生存分析（批量單因素cox回歸/Lasso篩選焕数，多因素cox建模纱昧，時間依賴ROC曲線及KM plot可視化）測序上游分析系列： mRNA-seq轉(zhuǎn)錄組二代測序從raw reads到表達矩陣：上中游分析pipelinemiRNA-seq小RNA高通量測序pipeline：從raw r...
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R語言：有關差異分析的檢驗方法導讀： 計算兩組數(shù)據(jù)均值识脆，檢查分布正態(tài)性和方差齊性選擇檢驗的方法。 1 讀取善已，計算均值灼捂，箱圖觀察 2 查看數(shù)據(jù)分布2.1 hist直方圖 2.2 qqnorm散點圖 3 Sh...
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轉(zhuǎn)錄組不求人系列(六):limma包分析轉(zhuǎn)錄組芯片數(shù)據(jù)
轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)差異基因的分析是轉(zhuǎn)錄組的核心，針對不同的數(shù)據(jù)類型有不同的分析方法换团，之前我們也提到過悉稠。這次要做的是芯片數(shù)據(jù)的分析，采用limma包艘包，方法是通用的（適用于mRNA以及小...
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TCGA數(shù)據(jù)挖掘二：基因差異分析加載之前下載并保存的文件 注意：這里介紹的差異分析方法有三種的猛，其中l(wèi)imma是最經(jīng)典的，但是limma是必須接受log之后的值想虎，才能正確算出差異卦尊，一般芯片數(shù)據(jù)用limma包，...
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【生信技能樹】2020-01-08作業(yè)：GEO挖掘標準流程分析GSE27447題目出自【生信技能樹】公眾號文章：2011年的表達芯片分析和2019年的區(qū)別要求：走GEO標準分析流程分析GSE27447 代碼主要復制于Jimmy大佬的github：htt...
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R語言基礎教程 | 循環(huán)結(jié)構(gòu)
在編程的時候舌厨，當我們需要執(zhí)行一段代碼多次時就不可能重復輸入該代碼多次岂却，這就有了循環(huán)編程結(jié)構(gòu)。一般來說，語句按順序執(zhí)行躏哩。首先執(zhí)行函數(shù)中的第一個語句署浩，然后執(zhí)行第二個語句，依此類推...
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R開發(fā)：常用R語言包介紹r與python差異比較大的一個地方就是，python的機器學習算法集中程度比較高器联，比如sklearn二汛，就集成了很多的算法，而R語言更多時候需要一個包一個包去了解拨拓，比較費時費...
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R成精系列-R語言的常用的包
在學習R的時候肴颊，R的包眾多，很多時候?qū)τ诔鯇W者會造成很大的困擾就是不知道用什么樣的包比較合適渣磷。我會在不斷使用R的過程中婿着，進行使用同時結(jié)合使用體驗為大家推薦合適的R包。避...
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4.R中的數(shù)據(jù)類型和數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)（向量）一醋界、數(shù)據(jù)類型 數(shù)據(jù)類型(數(shù)據(jù)模式)：表示該數(shù)據(jù)所屬的類別竟宋，包括數(shù)值型( numeric，如1,2,3)形纺、字符型( character丘侠，如今天,星期二)、邏輯性( logica...
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生信必備技巧之R語言基礎教程-for循環(huán)
??R語言是數(shù)學研究工作者設計的一種數(shù)學編程語言逐样，主要用于統(tǒng)計分析蜗字、繪圖、數(shù)據(jù)挖掘脂新。R語言是解釋運行的語言（與C語言的編譯運行不同）挪捕，它的執(zhí)行速度比C語言慢得多，不利于優(yōu)化争便。...
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6.R中的數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)（數(shù)據(jù)框）一酷宵、數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)回顧 R中用于存儲數(shù)據(jù)的形式即數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)亥贸，包括向量(vector，文檔4中已介紹)浇垦；矩陣(matrix)、數(shù)組荣挨；數(shù)據(jù)框(dataframe)和列表(list) (記...
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8.R中的數(shù)據(jù)類型和數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)總結(jié)
創(chuàng)建函數(shù) 向量c():另外兩個函數(shù)未展示 矩陣matrix(vector,nrow= ,ncol= ,byrow=TRUE/FALSE,dimnames=list( , ) ...
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9.R中數(shù)據(jù)的導入和導出
一男韧、工作空間 工作空間是R用來讀取文件和保存整個結(jié)果的默認目錄朴摊。R對工作空間自動保存了兩個隱藏文件：.RData和.Rhistory。其中.RData以二進制的方式保存了會話...
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如何將多個生存分析曲線圖片進行合并拼圖survminer包的ggsurvplot()函數(shù)可以畫好看的生存分析曲線此虑，也可以用分面的方法分面繪制多組圖片（教程可以見我以前給生信助手上的一個小建議「凌云34」Multi...
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01_2_差異表達分析實操
R語言_Affymetrix芯片數(shù)據(jù)處理 采用數(shù)據(jù)集GSE66360 ##設置工作路徑(事先放好原始數(shù)據(jù)甚纲，分組信息，注釋文件) setwd("/Users/apple/Des...
