從果子老師的從TCGA數(shù)據(jù)中提取lncRNA并進(jìn)行下游分析一文中绍申，我學(xué)到了如何從TCGA表達(dá)譜數(shù)據(jù)中提取RNA。老師的教程已經(jīng)寫(xiě)的很詳細(xì)了唆樊，我再補(bǔ)充一點(diǎn)：如何下載GTF注視文...
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從TCGA數(shù)據(jù)中提取lncRNA(這是一個(gè)找bug教程) -
TCGA數(shù)據(jù)差異分析后生存分析（批量單因素cox回歸/Lasso篩選姜性，多因素cox建模捺典，時(shí)間依賴ROC曲線及KM plot可視化）測(cè)序上游分析系列： mRNA-seq轉(zhuǎn)錄組二代測(cè)序從raw reads到表達(dá)矩陣：上中游分析pipelinemiRNA-seq小RNA高通量測(cè)序pipeline：從raw r...
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R語(yǔ)言：有關(guān)差異分析的檢驗(yàn)方法導(dǎo)讀： 計(jì)算兩組數(shù)據(jù)均值，檢查分布正態(tài)性和方差齊性選擇檢驗(yàn)的方法腻豌。 1 讀取家坎，計(jì)算均值，箱圖觀察 2 查看數(shù)據(jù)分布2.1 hist直方圖 2.2 qqnorm散點(diǎn)圖 3 Sh...
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轉(zhuǎn)錄組不求人系列(六):limma包分析轉(zhuǎn)錄組芯片數(shù)據(jù)
轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)差異基因的分析是轉(zhuǎn)錄組的核心吝梅，針對(duì)不同的數(shù)據(jù)類型有不同的分析方法虱疏，之前我們也提到過(guò)。這次要做的是芯片數(shù)據(jù)的分析苏携，采用limma包做瞪，方法是通用的（適用于mRNA以及小...
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TCGA數(shù)據(jù)挖掘二：基因差異分析加載之前下載并保存的文件 注意：這里介紹的差異分析方法有三種，其中l(wèi)imma是最經(jīng)典的右冻，但是limma是必須接受log之后的值装蓬，才能正確算出差異，一般芯片數(shù)據(jù)用limma包纱扭，...
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【生信技能樹(shù)】2020-01-08作業(yè)：GEO挖掘標(biāo)準(zhǔn)流程分析GSE27447題目出自【生信技能樹(shù)】公眾號(hào)文章：2011年的表達(dá)芯片分析和2019年的區(qū)別要求：走GEO標(biāo)準(zhǔn)分析流程分析GSE27447 代碼主要復(fù)制于Jimmy大佬的github：htt...
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R語(yǔ)言基礎(chǔ)教程 | 循環(huán)結(jié)構(gòu)
在編程的時(shí)候牍帚，當(dāng)我們需要執(zhí)行一段代碼多次時(shí)就不可能重復(fù)輸入該代碼多次，這就有了循環(huán)編程結(jié)構(gòu)乳蛾。一般來(lái)說(shuō)暗赶，語(yǔ)句按順序執(zhí)行。首先執(zhí)行函數(shù)中的第一個(gè)語(yǔ)句肃叶，然后執(zhí)行第二個(gè)語(yǔ)句蹂随，依此類推...
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R開(kāi)發(fā)：常用R語(yǔ)言包介紹r與python差異比較大的一個(gè)地方就是岳锁，python的機(jī)器學(xué)習(xí)算法集中程度比較高，比如sklearn筛欢，就集成了很多的算法浸锨，而R語(yǔ)言更多時(shí)候需要一個(gè)包一個(gè)包去了解，比較費(fèi)時(shí)費(fèi)...
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R成精系列-R語(yǔ)言的常用的包
在學(xué)習(xí)R的時(shí)候版姑，R的包眾多柱搜，很多時(shí)候?qū)τ诔鯇W(xué)者會(huì)造成很大的困擾就是不知道用什么樣的包比較合適。我會(huì)在不斷使用R的過(guò)程中剥险，進(jìn)行使用同時(shí)結(jié)合使用體驗(yàn)為大家推薦合適的R包聪蘸。避...
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4.R中的數(shù)據(jù)類型和數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)（向量）一、數(shù)據(jù)類型 數(shù)據(jù)類型(數(shù)據(jù)模式)：表示該數(shù)據(jù)所屬的類別，包括數(shù)值型( numeric健爬，如1,2,3)控乾、字符型( character，如今天,星期二)娜遵、邏輯性( logica...
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生信必備技巧之R語(yǔ)言基礎(chǔ)教程-for循環(huán)
??R語(yǔ)言是數(shù)學(xué)研究工作者設(shè)計(jì)的一種數(shù)學(xué)編程語(yǔ)言蜕衡，主要用于統(tǒng)計(jì)分析、繪圖设拟、數(shù)據(jù)挖掘慨仿。R語(yǔ)言是解釋運(yùn)行的語(yǔ)言（與C語(yǔ)言的編譯運(yùn)行不同），它的執(zhí)行速度比C語(yǔ)言慢得多纳胧，不利于優(yōu)化镰吆。...
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6.R中的數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)（數(shù)據(jù)框）一牢硅、數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)回顧 R中用于存儲(chǔ)數(shù)據(jù)的形式即數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)，包括向量(vector钮科，文檔4中已介紹)唤衫；矩陣(matrix)、數(shù)組绵脯；數(shù)據(jù)框(dataframe)和列表(list) (記...
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8.R中的數(shù)據(jù)類型和數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)總結(jié)
創(chuàng)建函數(shù) 向量c():另外兩個(gè)函數(shù)未展示 矩陣matrix(vector,nrow= ,ncol= ,byrow=TRUE/FALSE,dimnames=list( , ) ...
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9.R中數(shù)據(jù)的導(dǎo)入和導(dǎo)出
一佳励、工作空間 工作空間是R用來(lái)讀取文件和保存整個(gè)結(jié)果的默認(rèn)目錄。R對(duì)工作空間自動(dòng)保存了兩個(gè)隱藏文件：.RData和.Rhistory蛆挫。其中.RData以二進(jìn)制的方式保存了會(huì)話...
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如何將多個(gè)生存分析曲線圖片進(jìn)行合并拼圖survminer包的ggsurvplot()函數(shù)可以畫(huà)好看的生存分析曲線赃承，也可以用分面的方法分面繪制多組圖片（教程可以見(jiàn)我以前給生信助手上的一個(gè)小建議「凌云34」Multi...
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01_2_差異表達(dá)分析實(shí)操
R語(yǔ)言_Affymetrix芯片數(shù)據(jù)處理 采用數(shù)據(jù)集GSE66360 ##設(shè)置工作路徑(事先放好原始數(shù)據(jù)，分組信息悴侵，注釋文件) setwd("/Users/apple/Des...
