Seurat4.0系列教程告一段落弥奸，但這決不是終點(diǎn)强挫。這個(gè)系列教程是給大家打開一扇窗裳凸，讓大家知道Seurat4.0有這些功能可用农曲，少走彎路膝宁。后續(xù)還要自己深入研究靖榕。學(xué)，然后知不足...
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Seurat4.0系列教程22：空間轉(zhuǎn)錄組的分析罗捎、可視化與整合 -
為什么要做空間轉(zhuǎn)錄組捂蕴？
做完單細(xì)胞內(nèi)容后譬涡，大家對于目標(biāo)細(xì)胞群體應(yīng)該有了初步的認(rèn)識，但是仍然會有很多問題值得商榷启绰，例如： 1.細(xì)胞類型鑒定完之后昂儒，可能會發(fā)現(xiàn)對照組和處理組的細(xì)胞類型差不多，但是表型卻大...
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Seurat 新版教程：分析空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)隨著轉(zhuǎn)錄組技術(shù)的發(fā)展委可，空間轉(zhuǎn)錄組已經(jīng)正式走向商業(yè)化時(shí)代，作為單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析的工具箱的Seurat與時(shí)俱進(jìn)，也相應(yīng)地開發(fā)了空間轉(zhuǎn)錄組分析的一套函數(shù)着倾，讓我們跟隨卑微小王看看Seu...
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這個(gè)世界流行離開卡者，但我們卻不擅長告別
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解決conda環(huán)境中R包hdf5r編譯失敗的問題
安裝Signac包后發(fā)現(xiàn)無法使用read10X_h5函數(shù)蒿囤，缺少hdf5r包install.packages("hdf5r") 后遇到error:global.h:23:10:...
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R語言：更改R包安裝路徑1.R Studio- Tools -Global Options，General Basic中有R的基本信息崇决，可以從這里看到（記不清了的）R的安裝路徑 2.在路徑里找到 e...
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R語言小需求：更改R包安裝路徑材诽，給C盤釋壓C盤是系統(tǒng)盤，我們都知道能不把軟件裝在C盤就不裝在C盤恒傻，之前用R語言跑過一些代碼脸侥，一直記著這個(gè)需求，今天抽空花一點(diǎn)時(shí)間把這個(gè)需求滿足了盈厘。 ①Step 1 任意目錄下新建一個(gè)R...
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十一步帶你解構(gòu)GEO分析常規(guī)流程（一）PDAC數(shù)據(jù)分析-GSE16515-GPL570 致讀者語：本人接下來的九篇GEO解析文章將基于此睁枕，不斷進(jìn)行迭代，嘗試讓核心步驟沸手、讓圖文與讓結(jié)構(gòu)更加美觀,讓讀者與自身更能直擊...
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使用Rstudio下載GEO芯片數(shù)據(jù)學(xué)習(xí)GEO芯片數(shù)據(jù)下載時(shí)踩了各種坑外遇。記錄如下：跟從老師講解，嘗試使用GEOquery下載： 報(bào)錯(cuò)契吉。下載龜速跳仿，且報(bào)錯(cuò) Timeout of 60 seconds was rea...
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2021-05-23 ChIP-seq數(shù)據(jù)從頭到尾比對及分析匯總（個(gè)人分析記錄貼）0_1 前言 有時(shí)間再詳細(xì)寫introduction。先把我分析數(shù)據(jù)的流程記錄下來捐晶，后續(xù)持續(xù)更新菲语。 0_2 用到的軟件或腳本 測序數(shù)據(jù)質(zhì)控：fastp[https://git...
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ChIP-Seq數(shù)據(jù)挖掘系列-5.1: ngs.plot 可視化ChIP-Seq 數(shù)據(jù)ngs.plot 主要用于可視化基因組功能區(qū)域的高通量測序結(jié)果。 #1. ngs.plot 優(yōu)點(diǎn) 已整理的注釋數(shù)據(jù)：17個(gè)物種(21套基因組)租悄，涉及功能原件有： Gene谨究，E...
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分析菌群基因水平轉(zhuǎn)移的信息學(xué)工具-MetaCHIP文章介紹 1| 標(biāo)題：MetaCHIP: community-level horizontal gene transfer identification through th...
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cBioportal中文教程使用cBioPortal進(jìn)行復(fù)雜的癌癥基因組和臨床profiles整合分析（Y大寬原創(chuàng)，轉(zhuǎn)載需要說明） 主要來自于doi:10.1158/2159-8290.CD-12-00...
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MACS2 進(jìn)行peak calling整理ChIP-seq / CUT & Tag 分析時(shí)用到的工具。本文只對使用的工具用法進(jìn)行簡單介紹潭辈。 MACS2 是一款常用的peak calling軟件鸯屿，可以鑒定ChIP-...
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Q20與Q30是什么
在分析高通量測序數(shù)據(jù)的時(shí)候，我們會對Q20/Q30不陌生把敢。那么Q20/Q30是什么意思呢寄摆？又是怎么來的呢？ Q20修赞，Q30它們代表的是某一堿基質(zhì)量值占全部堿基數(shù)的百分比婶恼，就類...
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dplyr-tibble行名與列轉(zhuǎn)換,列名重命名
將數(shù)據(jù)框行名轉(zhuǎn)換為列向量(rowName) 列向量轉(zhuǎn)換為行名 列向量名重命名
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單細(xì)胞之富集分析-4：分組水平GSVA單細(xì)胞富集分析系列： 單細(xì)胞之富集分析-1：單細(xì)胞GSEA分析流程[http://www.reibang.com/p/00f069cb239c] 單細(xì)胞之富集分析-2：批量...
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04.單細(xì)胞亞群注釋
根據(jù)前述教程勾邦，我們已經(jīng)完成了Seurat對象的構(gòu)建-質(zhì)控-降維-聚類蚣录。最終得到了細(xì)胞的分群如下： 那么接下來我們就要對得到的分群進(jìn)行細(xì)胞類型的注釋。 細(xì)胞類型的注釋是根據(jù)每個(gè)...
