在做單細胞分析時曹动，無論是用monocle3還是2武氓，都會出現(xiàn)各種各樣的問題撼短，記錄一下解決過程 monocle3： 問題1 在用 和 時萌业，會遇到和 leiden相關(guān)的問題块仆。 解決...
IP屬地：澳門
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monocle中遇到的問題
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不看私信<br>看不到的文章是被簡書鎖了
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單細胞加權(quán)基因共表達網(wǎng)絡(luò)分析scWGCNA-01scWGCNA是一個生物信息學(xué)工作流程，是R包WGCNA[https://horvath.genetics.ucla.edu/html/CoexpressionNetwork...
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不做無條件咨詢县爬，見諒
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R: ggtree (四) ggtreeExtra本文整理至ggtreeExtra文檔阳啥，僅用于學(xué)習(xí) 作者：Shuangbin Xu and GuangChuang Yu鏈接：https://bioconductor.org/...
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個人wx公眾號：木舟筆記察迟。
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【r<-包】ComplexHeatmap（4）：熱圖注釋Author: Zuguang Gu ( z.gu@dkfz.de )翻譯：詩翔Date: 2018-10-30 圖形注釋非常常用。熱圖注釋唯一相同的特征是它們對齊熱圖的列或...
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網(wǎng)絡(luò)配置錯誤
我很長時間不配置網(wǎng)絡(luò)的東西泌枪，今天我在網(wǎng)上搜了一個配置ip頁面概荷，配置的時候出現(xiàn)了錯誤，我是這么一步步錯的 首先碌燕，我的系統(tǒng)是centos7 1.我先復(fù)制了配置IP的文件了 # c...
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個人學(xué)習(xí)筆記，網(wǎng)上都能找到愈捅，僅是自己學(xué)習(xí)相關(guān)的記錄
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RNA-seq學(xué)習(xí)：No.7IsoformSwitchAnalyzeR包（1）IsoformSwitchAnalyzeR包是2019年才發(fā)布的一個分析包遏考，更充分地發(fā)揮了RNA-seq數(shù)據(jù)的價值。學(xué)習(xí)筆記參考官方文檔蓝谨，示例文件參考R包內(nèi)嵌數(shù)據(jù)灌具；回校后再利...
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太棒了??
RNA-seq學(xué)習(xí)：No.8IsoformSwitchAnalyzeR包（2）
在之前的步驟中，已經(jīng)篩選出感興趣的轉(zhuǎn)錄本信息譬巫，并添加了多種注釋了咖楣。接下來就可以做最后的分析了，比如哪個基因的轉(zhuǎn)錄本信息變化最大芦昔，如何變化截歉。由于之前的示例文件包含基因數(shù)比較少，...
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RNA-seq學(xué)習(xí)：No.8IsoformSwitchAnalyzeR包（2）在之前的步驟中烟零，已經(jīng)篩選出感興趣的轉(zhuǎn)錄本信息瘪松，并添加了多種注釋了。接下來就可以做最后的分析了锨阿，比如哪個基因的轉(zhuǎn)錄本信息變化最大宵睦，如何變化。由于之前的示例文件包含基因數(shù)比較少墅诡，...
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努力努力再努力~<br>個人博客：<a href="https://links.jianshu.com/go?to=https%3A%2F%2Flishensuo.github.io%2F" target="_blank">https://lishensuo.github.io/</a>
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RcisTarget || 從基因列表到調(diào)控網(wǎng)絡(luò)單細胞技術(shù)正在加強我們對細胞本身的理解末早。什么是細胞類型烟馅，不就是基因選擇性表達的結(jié)果嗎？而基因的選擇表達受到一系列的轉(zhuǎn)錄調(diào)控然磷，在這個意義上郑趁，細胞命運背后的驅(qū)動力在于各自轉(zhuǎn)錄因子...
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計算生物學(xué)寡润、統(tǒng)計學(xué)、機器學(xué)習(xí)<br>
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2019.8月中旬開始系統(tǒng)自學(xué)生信，<br>自學(xué)路漫漫索性報個班致份。<br><br>生信技能樹真的很棒变抽！<br><br>這是我的一個學(xué)習(xí)筆記平臺，點滴記錄。
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關(guān)于 ChIPseeker 注釋轉(zhuǎn)錄因子 Peak 的一點思考個人觀點：將 ignoreDownstream 和 ignoreUpstream 的結(jié)果取并集更好的能代表 TF 結(jié)合的靶基因啟動子區(qū)绍载？太伊？希望明天服務(wù)器早點恢復(fù)，看另外一個結(jié)...
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ChIPseeker的upsetplot是怎么寫的在距今2年前的一個日子里逛钻，我寫了一篇關(guān)于upsetR的簡單教程僚焦。兩年過去了，這篇教程是百度搜索的第一位曙痘。 在這篇教程中芳悲，我定了一個計劃 下一期寫一篇Y叔的upsetplot是...
