請問你解決這個(gè)問題了嗎墩弯？我看有人說是基因太多的原因
從頭預(yù)測基因-GlimmerHMM官網(wǎng)手冊戳這里 GlimmerHMM是基于Generalized Hidden Markov Model (GHMM)進(jìn)行基因預(yù)測，GlimmerHMM把一個(gè)基因看做幾種特征...
發(fā)簡信
IP屬地：廣東
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請問您找到方法直接獲取exon_file了嗎寞射？
從頭預(yù)測基因-GlimmerHMM
官網(wǎng)手冊戳這里 GlimmerHMM是基于Generalized Hidden Markov Model (GHMM)進(jìn)行基因預(yù)測渔工，GlimmerHMM把一個(gè)基因看做幾種特征...
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@撿羊毛的咩 這個(gè)我也沒解決，我換annovar注釋了就可以
如何使用snpEff創(chuàng)建本地?cái)?shù)據(jù)庫
snpEff的使用是在Linux系統(tǒng)中Java運(yùn)行環(huán)境下桥温。 一引矩、下載snpEff 方法一： 直接在家目錄下載使用命令 wgethttp://sourceforge.net/p...
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求出教程+1
biomod2介紹與正確安裝
biomod2提供了運(yùn)行多達(dá)10種物種分布模擬模型，以模擬特定物種與其環(huán)境之間的關(guān)系侵浸，試圖利用環(huán)境變量（溫度脓魏、降水......）來定義一個(gè)特定物種的生態(tài)位。例如通惫，在氣候和土地...
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樓主您好，請問想提取某一時(shí)間段的數(shù)據(jù)應(yīng)該如何寫呢混蔼？
R語言讀取NC格式數(shù)據(jù)
數(shù)據(jù)準(zhǔn)備 國家地球系統(tǒng)科學(xué)數(shù)據(jù)中心下載的全國逐月最低氣溫?cái)?shù)據(jù)集履腋，每3年數(shù)據(jù)共36個(gè)月的最低氣溫?cái)?shù)據(jù)保存在一個(gè)nc文件中，現(xiàn)在想要將數(shù)據(jù)導(dǎo)出為逐月柵格數(shù)據(jù)惭嚣，以15-17年數(shù)據(jù)為...
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自制鳥類系統(tǒng)發(fā)育樹圖解(含照片遵湖、中文名)，目(Order)水平經(jīng)常需要查看系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系晚吞，但是一直沒找到好圖延旧，就自己做了一個(gè)。 樹及環(huán)狀樹圖參考：Mega-evolutionary dynamics of the adaptive rad...
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@bioin 它沒有error集畅，有兩個(gè)警告：No protein coding transcript has UTR and No mitochondrion chromosome found，我不知道這兩個(gè)警告應(yīng)該如何處理缅糟。
snpEff注釋結(jié)果各區(qū)域統(tǒng)計(jì)之和大于變異總數(shù)挺智？
問題一：各區(qū)域注釋之和大于變異總數(shù)？ snpEff的結(jié)果很簡單窗宦，但常常遇到如下問題赦颇。我的SNP總數(shù)： 但是二鳄，注釋的exon、intron和intergenic之和2,278,...
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@bioin 請問您知道在構(gòu)建數(shù)據(jù)的時(shí)候跑了好幾天但是沒有任何結(jié)果是什么情況嗎媒怯，也沒有報(bào)錯(cuò)订讼，log文件記錄在stage 2使后就停止了。我有點(diǎn)懷疑是我gff文件格式的問題沪摄，但是我目前沒有找到標(biāo)準(zhǔn)的格式躯嫉，在ncbi下載的gff文件跟自己的格式基本上沒啥差別。
snpEff注釋結(jié)果各區(qū)域統(tǒng)計(jì)之和大于變異總數(shù)杨拐？
問題一：各區(qū)域注釋之和大于變異總數(shù)祈餐？ snpEff的結(jié)果很簡單，但常常遇到如下問題哄陶。我的SNP總數(shù)： 但是帆阳，注釋的exon、intron和intergenic之和2,278,...
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您好至扰，請問您數(shù)據(jù)庫構(gòu)建成功了嗎鳍徽？我跑了4天都還在運(yùn)行，但是又沒有什么錯(cuò)誤報(bào)告敢课。
SnpEff--有參考基因組--SNP注釋--找非同義突變
一阶祭、使用到的軟件：SnpEff下載命令:wget http://sourceforge.net/projects/snpeff/files/snpEff_latest_cor...
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您好，請問您的數(shù)據(jù)庫是自己構(gòu)建的嗎筝野？
snpEff注釋結(jié)果各區(qū)域統(tǒng)計(jì)之和大于變異總數(shù)晌姚？
問題一：各區(qū)域注釋之和大于變異總數(shù)？ snpEff的結(jié)果很簡單歇竟，但常常遇到如下問題舀凛。我的SNP總數(shù)： 但是，注釋的exon途蒋、intron和intergenic之和2,278,...
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@楊康yang 好的猛遍，謝謝老師
種群動(dòng)態(tài)歷史評估方法之 SFS（Site/Allele Frequency Spectrum）
SFS的基本理解、介紹的一篇文章：https://theg-cat.com/tag/joint-sfs/[https://theg-cat.com/tag/joint-sfs...
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您好，我在使用easySFS時(shí)添加-a參數(shù)發(fā)生錯(cuò)誤懊烤，但是不使用-a參數(shù)就沒有問題梯醒，-a參數(shù)是計(jì)算每個(gè)位點(diǎn)的所有SNP，不知道為什么會(huì)出現(xiàn)這樣的情況腌紧，琢磨了好幾天也沒解決這個(gè)問題茸习。具體輸出為：File "/home/ca/miniconda3/easySFS/easySFS.py", line 295,in<listcomp> pop_genotypes=[row[x].split(":")[0] for x in pops[pop]] AttributeError: 'NoneType' object has no attribute 'split'
不知道是哪里出了問題，期待您的解答壁肋，非常感謝号胚。位點(diǎn)頻譜(SFS)計(jì)算
1. 什么是位點(diǎn)頻譜(site frequency spectrum)? 位點(diǎn)頻譜也叫等位基因頻譜(allele frequency spectrum)是群體遺傳學(xué)的術(shù)語，用...
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@c41403623677 您好浸遗。請問你建庫成功了嗎猫胁？我用服務(wù)器跑了3天也沒有結(jié)果，依舊顯示在運(yùn)行跛锌，但是log文件卻沒有在記錄了弃秆。
如何使用snpEff創(chuàng)建本地?cái)?shù)據(jù)庫
snpEff的使用是在Linux系統(tǒng)中Java運(yùn)行環(huán)境下。 一髓帽、下載snpEff 方法一： 直接在家目錄下載使用命令 wgethttp://sourceforge.net/p...
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您好菠赚，請問您遇到過"java.lang.RuntimeException: File not found 'path/to/genes.gff' "這樣的問題嗎？
如何使用snpEff創(chuàng)建本地?cái)?shù)據(jù)庫
snpEff的使用是在Linux系統(tǒng)中Java運(yùn)行環(huán)境下郑藏。 一衡查、下載snpEff 方法一： 直接在家目錄下載使用命令 wgethttp://sourceforge.net/p...
