請問你解決這個問題了嗎东揣？我看有人說是基因太多的原因
從頭預(yù)測基因-GlimmerHMM官網(wǎng)手冊戳這里 GlimmerHMM是基于Generalized Hidden Markov Model (GHMM)進行基因預(yù)測建芙，GlimmerHMM把一個基因看做幾種特征...
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請問您找到方法直接獲取exon_file了嗎？
從頭預(yù)測基因-GlimmerHMM
官網(wǎng)手冊戳這里 GlimmerHMM是基于Generalized Hidden Markov Model (GHMM)進行基因預(yù)測味廊，GlimmerHMM把一個基因看做幾種特征...
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@撿羊毛的咩 這個我也沒解決勃蜘，我換annovar注釋了就可以
如何使用snpEff創(chuàng)建本地數(shù)據(jù)庫
snpEff的使用是在Linux系統(tǒng)中Java運行環(huán)境下。 一设易、下載snpEff 方法一： 直接在家目錄下載使用命令 wgethttp://sourceforge.net/p...
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求出教程+1
biomod2介紹與正確安裝
biomod2提供了運行多達10種物種分布模擬模型葫录，以模擬特定物種與其環(huán)境之間的關(guān)系蠢熄，試圖利用環(huán)境變量（溫度窍荧、降水......）來定義一個特定物種的生態(tài)位辉懒。例如愉耙，在氣候和土地...
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樓主您好蔬蕊，請問想提取某一時間段的數(shù)據(jù)應(yīng)該如何寫呢僧叉？
R語言讀取NC格式數(shù)據(jù)
數(shù)據(jù)準備 國家地球系統(tǒng)科學(xué)數(shù)據(jù)中心下載的全國逐月最低氣溫數(shù)據(jù)集奕枝，每3年數(shù)據(jù)共36個月的最低氣溫數(shù)據(jù)保存在一個nc文件中，現(xiàn)在想要將數(shù)據(jù)導(dǎo)出為逐月柵格數(shù)據(jù)瓶堕，以15-17年數(shù)據(jù)為...
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自制鳥類系統(tǒng)發(fā)育樹圖解(含照片隘道、中文名)，目(Order)水平經(jīng)常需要查看系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系郎笆，但是一直沒找到好圖谭梗，就自己做了一個。 樹及環(huán)狀樹圖參考：Mega-evolutionary dynamics of the adaptive rad...
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@bioin 它沒有error远舅，有兩個警告：No protein coding transcript has UTR and No mitochondrion chromosome found，我不知道這兩個警告應(yīng)該如何處理竞思。
snpEff注釋結(jié)果各區(qū)域統(tǒng)計之和大于變異總數(shù)表谊？
問題一：各區(qū)域注釋之和大于變異總數(shù)钞护？ snpEff的結(jié)果很簡單盖喷，但常常遇到如下問題。我的SNP總數(shù)： 但是难咕，注釋的exon课梳、intron和intergenic之和2,278,...
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@bioin 請問您知道在構(gòu)建數(shù)據(jù)的時候跑了好幾天但是沒有任何結(jié)果是什么情況嗎，也沒有報錯余佃，log文件記錄在stage 2使后就停止了暮刃。我有點懷疑是我gff文件格式的問題，但是我目前沒有找到標準的格式爆土，在ncbi下載的gff文件跟自己的格式基本上沒啥差別椭懊。
snpEff注釋結(jié)果各區(qū)域統(tǒng)計之和大于變異總數(shù)？
問題一：各區(qū)域注釋之和大于變異總數(shù)步势？ snpEff的結(jié)果很簡單氧猬，但常常遇到如下問題。我的SNP總數(shù)： 但是坏瘩，注釋的exon盅抚、intron和intergenic之和2,278,...
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您好柱锹，請問您數(shù)據(jù)庫構(gòu)建成功了嗎？我跑了4天都還在運行丰包，但是又沒有什么錯誤報告禁熏。
SnpEff--有參考基因組--SNP注釋--找非同義突變
一、使用到的軟件：SnpEff下載命令:wget http://sourceforge.net/projects/snpeff/files/snpEff_latest_cor...
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您好瘸爽，請問您的數(shù)據(jù)庫是自己構(gòu)建的嗎您访？
snpEff注釋結(jié)果各區(qū)域統(tǒng)計之和大于變異總數(shù)？
問題一：各區(qū)域注釋之和大于變異總數(shù)剪决？ snpEff的結(jié)果很簡單灵汪，但常常遇到如下問題。我的SNP總數(shù)： 但是柑潦，注釋的exon享言、intron和intergenic之和2,278,...
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@楊康yang 好的，謝謝老師
種群動態(tài)歷史評估方法之 SFS（Site/Allele Frequency Spectrum）
SFS的基本理解渗鬼、介紹的一篇文章：https://theg-cat.com/tag/joint-sfs/[https://theg-cat.com/tag/joint-sfs...
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您好览露，我在使用easySFS時添加-a參數(shù)發(fā)生錯誤，但是不使用-a參數(shù)就沒有問題譬胎，-a參數(shù)是計算每個位點的所有SNP差牛，不知道為什么會出現(xiàn)這樣的情況，琢磨了好幾天也沒解決這個問題堰乔。具體輸出為：File "/home/ca/miniconda3/easySFS/easySFS.py", line 295,in<listcomp> pop_genotypes=[row[x].split(":")[0] for x in pops[pop]] AttributeError: 'NoneType' object has no attribute 'split'
不知道是哪里出了問題偏化，期待您的解答，非常感謝镐侯。位點頻譜(SFS)計算
1. 什么是位點頻譜(site frequency spectrum)? 位點頻譜也叫等位基因頻譜(allele frequency spectrum)是群體遺傳學(xué)的術(shù)語侦讨，用...
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@c41403623677 您好。請問你建庫成功了嗎苟翻？我用服務(wù)器跑了3天也沒有結(jié)果韵卤，依舊顯示在運行，但是log文件卻沒有在記錄了袜瞬。
如何使用snpEff創(chuàng)建本地數(shù)據(jù)庫
snpEff的使用是在Linux系統(tǒng)中Java運行環(huán)境下怜俐。 一、下載snpEff 方法一： 直接在家目錄下載使用命令 wgethttp://sourceforge.net/p...
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您好邓尤，請問您遇到過"java.lang.RuntimeException: File not found 'path/to/genes.gff' "這樣的問題嗎拍鲤？
如何使用snpEff創(chuàng)建本地數(shù)據(jù)庫
snpEff的使用是在Linux系統(tǒng)中Java運行環(huán)境下贴谎。 一、下載snpEff 方法一： 直接在家目錄下載使用命令 wgethttp://sourceforge.net/p...
