請問你解決這個問題了嗎麦乞？我看有人說是基因太多的原因
從頭預(yù)測基因-GlimmerHMM官網(wǎng)手冊戳這里 GlimmerHMM是基于Generalized Hidden Markov Model (GHMM)進行基因預(yù)測瑞佩，GlimmerHMM把一個基因看做幾種特征...
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請問您找到方法直接獲取exon_file了嗎陈轿？
從頭預(yù)測基因-GlimmerHMM
官網(wǎng)手冊戳這里 GlimmerHMM是基于Generalized Hidden Markov Model (GHMM)進行基因預(yù)測氛雪，GlimmerHMM把一個基因看做幾種特征...
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@撿羊毛的咩 這個我也沒解決几莽，我換annovar注釋了就可以
如何使用snpEff創(chuàng)建本地數(shù)據(jù)庫
snpEff的使用是在Linux系統(tǒng)中Java運行環(huán)境下腾仅。 一力惯、下載snpEff 方法一： 直接在家目錄下載使用命令 wgethttp://sourceforge.net/p...
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求出教程+1
biomod2介紹與正確安裝
biomod2提供了運行多達(dá)10種物種分布模擬模型跑筝，以模擬特定物種與其環(huán)境之間的關(guān)系死讹，試圖利用環(huán)境變量（溫度、降水......）來定義一個特定物種的生態(tài)位曲梗。例如赞警，在氣候和土地...
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樓主您好，請問想提取某一時間段的數(shù)據(jù)應(yīng)該如何寫呢虏两？
R語言讀取NC格式數(shù)據(jù)
數(shù)據(jù)準(zhǔn)備 國家地球系統(tǒng)科學(xué)數(shù)據(jù)中心下載的全國逐月最低氣溫數(shù)據(jù)集愧旦，每3年數(shù)據(jù)共36個月的最低氣溫數(shù)據(jù)保存在一個nc文件中，現(xiàn)在想要將數(shù)據(jù)導(dǎo)出為逐月柵格數(shù)據(jù)定罢，以15-17年數(shù)據(jù)為...
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自制鳥類系統(tǒng)發(fā)育樹圖解(含照片笤虫、中文名)，目(Order)水平經(jīng)常需要查看系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系祖凫，但是一直沒找到好圖琼蚯，就自己做了一個。 樹及環(huán)狀樹圖參考：Mega-evolutionary dynamics of the adaptive rad...
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@bioin 它沒有error罚拟，有兩個警告：No protein coding transcript has UTR and No mitochondrion chromosome found，我不知道這兩個警告應(yīng)該如何處理。
snpEff注釋結(jié)果各區(qū)域統(tǒng)計之和大于變異總數(shù)？
問題一：各區(qū)域注釋之和大于變異總數(shù)秧秉？ snpEff的結(jié)果很簡單邢锯，但常常遇到如下問題。我的SNP總數(shù)： 但是妻坝，注釋的exon、intron和intergenic之和2,278,...
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@bioin 請問您知道在構(gòu)建數(shù)據(jù)的時候跑了好幾天但是沒有任何結(jié)果是什么情況嗎，也沒有報錯叔扼，log文件記錄在stage 2使后就停止了。我有點懷疑是我gff文件格式的問題漫雷，但是我目前沒有找到標(biāo)準(zhǔn)的格式瓜富，在ncbi下載的gff文件跟自己的格式基本上沒啥差別。
snpEff注釋結(jié)果各區(qū)域統(tǒng)計之和大于變異總數(shù)降盹？
問題一：各區(qū)域注釋之和大于變異總數(shù)与柑？ snpEff的結(jié)果很簡單，但常常遇到如下問題。我的SNP總數(shù)： 但是价捧，注釋的exon丑念、intron和intergenic之和2,278,...
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您好，請問您數(shù)據(jù)庫構(gòu)建成功了嗎椎眯？我跑了4天都還在運行挠将，但是又沒有什么錯誤報告。
SnpEff--有參考基因組--SNP注釋--找非同義突變
一编整、使用到的軟件：SnpEff下載命令:wget http://sourceforge.net/projects/snpeff/files/snpEff_latest_cor...
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您好夜郁，請問您的數(shù)據(jù)庫是自己構(gòu)建的嗎？
snpEff注釋結(jié)果各區(qū)域統(tǒng)計之和大于變異總數(shù)粘勒？
問題一：各區(qū)域注釋之和大于變異總數(shù)竞端？ snpEff的結(jié)果很簡單，但常常遇到如下問題庙睡。我的SNP總數(shù)： 但是事富，注釋的exon、intron和intergenic之和2,278,...
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@楊康yang 好的乘陪，謝謝老師
種群動態(tài)歷史評估方法之 SFS（Site/Allele Frequency Spectrum）
SFS的基本理解统台、介紹的一篇文章：https://theg-cat.com/tag/joint-sfs/[https://theg-cat.com/tag/joint-sfs...
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您好，我在使用easySFS時添加-a參數(shù)發(fā)生錯誤啡邑，但是不使用-a參數(shù)就沒有問題贱勃，-a參數(shù)是計算每個位點的所有SNP，不知道為什么會出現(xiàn)這樣的情況谤逼，琢磨了好幾天也沒解決這個問題贵扰。具體輸出為：File "/home/ca/miniconda3/easySFS/easySFS.py", line 295,in<listcomp> pop_genotypes=[row[x].split(":")[0] for x in pops[pop]] AttributeError: 'NoneType' object has no attribute 'split'
不知道是哪里出了問題，期待您的解答流部，非常感謝戚绕。位點頻譜(SFS)計算
1. 什么是位點頻譜(site frequency spectrum)? 位點頻譜也叫等位基因頻譜(allele frequency spectrum)是群體遺傳學(xué)的術(shù)語，用...
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@c41403623677 您好贵涵。請問你建庫成功了嗎列肢？我用服務(wù)器跑了3天也沒有結(jié)果，依舊顯示在運行宾茂，但是log文件卻沒有在記錄了瓷马。
如何使用snpEff創(chuàng)建本地數(shù)據(jù)庫
snpEff的使用是在Linux系統(tǒng)中Java運行環(huán)境下。 一跨晴、下載snpEff 方法一： 直接在家目錄下載使用命令 wgethttp://sourceforge.net/p...
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您好欧聘，請問您遇到過"java.lang.RuntimeException: File not found 'path/to/genes.gff' "這樣的問題嗎？
如何使用snpEff創(chuàng)建本地數(shù)據(jù)庫
snpEff的使用是在Linux系統(tǒng)中Java運行環(huán)境下端盆。 一怀骤、下載snpEff 方法一： 直接在家目錄下載使用命令 wgethttp://sourceforge.net/p...
