本文首發(fā)于我的個人博客信认， http://xuzhougeng.top/ 第1章: ArchR基礎(chǔ)入門 這一章將會介紹如何導(dǎo)入數(shù)據(jù)，如何構(gòu)建Arrow文件匣屡，這是后續(xù)ArchR分...
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使用ArchR分析單細(xì)胞ATAC-seq數(shù)據(jù)(第一章) -
R語言精美圖形系列 | 愛心表白圖YYDS
「本期教程為：R語言繪制精美圖形系列 | 愛心表白圖YYDS」 前言 做生信的人不懂得浪漫体箕？搞科研的不懂浪漫亿扁？........哈哈哈哈哈哈猪叙。 「- 直男不懂浪漫恐锣？髓考？部念？」 「-...
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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組之使用CellChat對單個數(shù)據(jù)集進(jìn)行細(xì)胞間通訊分析1.CellChat對象的創(chuàng)建、處理及初始化[#1cellchat%E5%AF%B9%E8%B1%A1%E7%9A%84%E5%88%9B%E5%BB%BA%E5%A4%84...
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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組之使用CellChat 對多個數(shù)據(jù)集細(xì)胞通訊進(jìn)行比較分析1. 數(shù)據(jù)的準(zhǔn)備 2.預(yù)測細(xì)胞通信 在比較多種生物條件下的細(xì)胞-細(xì)胞通信時氨菇，可以得知細(xì)胞通信是否增強儡炼；細(xì)胞類型顯著變化之間的相互作用；不同條件下查蓉，source和target的...
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RNA速率：使用Seurat的結(jié)果做RNA velocity參考鏈接:https://github.com/velocyto-team/velocyto.R[https://github.com/velocyto-team/veloc...
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單細(xì)胞分析之細(xì)胞通訊：cellchat這篇文章在2020年7月上傳到了bioRxiv（Inference and analysis of cell-cell communication using CellCha...
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Monocle3：擬時序分析寫在前面：今天突然想寫這個教程豌研，花了一下午看資料妹田，其實我前面是有一些基礎(chǔ)的，但是看的還是會很亂鹃共，所以想把這個包的脈絡(luò)寫一下鬼佣，希望能夠可以跟大家討論一下并且自己以后使用這個包的...
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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組功能分析（超詳細(xì)clusterProfiler,GSEA,GSVA分析）單細(xì)胞分析不可避免的會涉及到鑒定不同細(xì)胞類型的功能或比較相同類型在不同狀態(tài)下的功能差異，因此坷随，功能分析在單細(xì)胞分析中相當(dāng)重要. 功能分析的方法很多房铭，這兒我們主要講述3種功能分...
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