老哥黄橘，做基因組轉(zhuǎn)錄組預(yù)測時(shí)候呆躲，如果和知道自己注釋結(jié)果的合理性呢？比對到參考基因組后組裝的轉(zhuǎn)錄本進(jìn)行busco評估嗎？
全長轉(zhuǎn)錄組分析-小麥前言 近期分析了一部分小麥的全長轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)枷餐，參考了網(wǎng)上許多流程，收獲良多，在此記錄一下 全長轉(zhuǎn)錄組測序基于PacBio單分子實(shí)時(shí)測序技術(shù)（SMRT cell）,憑借超長讀長的...
想請教一下且轨，為什么結(jié)果會有負(fù)值呢，負(fù)值代表什么含義呢虚婿，希望能得到回復(fù)
群體遺傳學(xué)親緣關(guān)系分析親緣關(guān)系分析實(shí)操 前期準(zhǔn)備 給標(biāo)記加上ID SNP data通常都是以VCF格式文件呈現(xiàn)旋奢，拿到VCF文件的第一件事情就是添加各個(gè)SNP位點(diǎn)的ID。先看一下最開始生成的VCF文...
請教一下，N50結(jié)果偏低剧浸，conig數(shù)量很多锹引，-D 與-N設(shè)置成多少合適。
hifiasm對HiFi PacBio進(jìn)行組裝hifiasm是一個(gè)能有效利用PacBio HiFi測序技術(shù)辛蚊，在分型組裝圖(pahsed assembly gprah)中可靠的表示單倍體信息的算法粤蝎。 流程介紹 hifias...
想問一下使用samtools depth -f 里邊list文件格式是什么樣的 我只計(jì)算單個(gè)位點(diǎn)的測序深度 scaffold020868318.1 333335 333335 （用制表符分割）是這樣嗎
Samtools統(tǒng)計(jì)測序深度用法1：利用-b 制作bed位置文件，在單個(gè)樣本中計(jì)算這些位置的深度袋马。 Usage: samtools depth [options] in1.bam [in2.bam [....
下載安裝 git clone https://github.com/shiquan/bamdst.gitcd bamdst/make 使用 先看看example/里面有些啥 ...
我只有scaffold 上snp位點(diǎn)的位置能提取嗎
如何從vcf文件中批量提取一系列基因的SNP位點(diǎn)邑商？需求 客戶的一個(gè)簡單需求： 我有一批功能基因位點(diǎn)摄咆，想從重測序的群體材料中找到這些位點(diǎn)凡蚜，如何批量快速獲得？ 示例文件 gene.txt test.vcf 代碼實(shí)現(xiàn) run.sh...
寫在前面：當(dāng)學(xué)習(xí)某一重要文件格式時(shí)，更需要對此格式對應(yīng)軟件工具進(jìn)行全面的學(xué)習(xí)（如sam/bam——samtools）影锈。在多次花時(shí)間寫腳本處理文件之后發(fā)現(xiàn)芹务，80%左右的任務(wù)其實(shí)...
一菇篡、進(jìn)入https://anaconda.org/ 查看，如果有一喘，那就太方便啦驱还！picard 就是有的！害凸克，我白忙活了一下午 conda install -c biocond...
