老哥币旧，做基因組轉錄組預測時候，如果和知道自己注釋結果的合理性呢表锻？比對到參考基因組后組裝的轉錄本進行busco評估嗎精钮？
全長轉錄組分析-小麥前言 近期分析了一部分小麥的全長轉錄組數(shù)據(jù)威鹿，參考了網(wǎng)上許多流程，收獲良多轨香，在此記錄一下 全長轉錄組測序基于PacBio單分子實時測序技術（SMRT cell）,憑借超長讀長的...
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想請教一下忽你，為什么結果會有負值呢，負值代表什么含義呢臂容，希望能得到回復
群體遺傳學親緣關系分析
親緣關系分析實操 前期準備 給標記加上ID SNP data通常都是以VCF格式文件呈現(xiàn)科雳，拿到VCF文件的第一件事情就是添加各個SNP位點的ID。先看一下最開始生成的VCF文...
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請教一下，N50結果偏低球散，conig數(shù)量很多而咆，-D 與-N設置成多少合適漫蛔。
hifiasm對HiFi PacBio進行組裝
hifiasm是一個能有效利用PacBio HiFi測序技術茴厉，在分型組裝圖(pahsed assembly gprah)中可靠的表示單倍體信息的算法。 流程介紹 hifias...
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想問一下使用samtools depth -f 里邊list文件格式是什么樣的 我只計算單個位點的測序深度 scaffold020868318.1 333335 333335 （用制表符分割）是這樣嗎
Samtools統(tǒng)計測序深度
用法1：利用-b 制作bed位置文件悲龟，在單個樣本中計算這些位置的深度泻蚊。 Usage: samtools depth [options] in1.bam [in2.bam [....
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bamdst: bam文件深度統(tǒng)計
下載安裝 git clone https://github.com/shiquan/bamdst.gitcd bamdst/make 使用 先看看example/里面有些啥 ...
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我只有scaffold 上snp位點的位置能提取嗎
如何從vcf文件中批量提取一系列基因的SNP位點止毕？
需求 客戶的一個簡單需求： 我有一批功能基因位點巍实，想從重測序的群體材料中找到這些位點滓技，如何批量快速獲得？ 示例文件 gene.txt test.vcf 代碼實現(xiàn) run.sh...
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WGS全基因組分析||VCFTOOLS使用
寫在前面：當學習某一重要文件格式時荚孵，更需要對此格式對應軟件工具進行全面的學習（如sam/bam——samtools）。在多次花時間寫腳本處理文件之后發(fā)現(xiàn)纬朝，80%左右的任務其實...
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從picard 談linux上軟件的安裝
一席楚、進入https://anaconda.org/ 查看，如果有疚漆，那就太方便啦酣胀！picard 就是有的！害娶聘，我白忙活了一下午 conda install -c biocond...
