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單細胞筆記14-Signac::GeneActivity()函數(shù)源碼解讀
GeneActivity()：計算Seurat對象中的基因活性 transcripts：GeneActivity最重要的作用是使用Seurat對象中的annotation生成...
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手把手教你單細胞測序分析實戰(zhàn)1料滥、數(shù)據(jù)讀瓤啤： 以GSE106273為例： 下載三個combined文件肢预，修改文件名：Matrix文件改為“matrix.mtx.gz”（這個文件是對基因的表達量）臀防，gene...
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個人博客: xuzhougeng.top (隨緣訪問)
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R-韋恩圖系列-UpSetRR-韋恩圖系列-ggVennDiagram - 簡書 (jianshu.com)[http://www.reibang.com/p/b6054812a782]R-韋恩圖系列...
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學習一遍ChIPseeker的使用劉小澤寫于2020.5.23-24Y叔的原文在：https://mp.weixin.qq.com/s/3CMj0xejiV-FSMC-Vxd_-w 0 ChIPseeker的...
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使用SnapATAC分析單細胞ATAC-seq數(shù)據(jù)（三）：Integrative Analysis of PBMC scATAC-seq and scRNA-seq簡介 在本教程中剂跟，我們將對PBMC的兩個scATAC-seq數(shù)據(jù)集(5K和10K)和一個scRNA-seq數(shù)據(jù)集進行整合分析。這三個數(shù)據(jù)集均來自10X genomics測序平...
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使用SnapATAC分析單細胞ATAC-seq數(shù)據(jù)（四）：Integrative Analysis of 10X and snATAC簡介 在本教程中酣藻，我們將對來自10X和snATAC-seq技術產(chǎn)生的成年小鼠大腦的單細胞ATAC-seq測序數(shù)據(jù)進行整合分析曹洽。該示例的所有數(shù)據(jù)可以從以下鏈接進行下載：http...
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使用Signac包進行單細胞ATAC-seq數(shù)據(jù)分析（一）：Analyzing PBMC scATAC-seq
Signac是Seurat的一個擴展功能R包，可以用來分析辽剧、解釋和探索單細胞染色質數(shù)據(jù)集送淆。目前，Signac包主要專注于分析單細胞ATAC-seq數(shù)據(jù)怕轿，之后還會添加其他基于染...
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第2篇：原始數(shù)據(jù)的質控撞羽、比對和過濾這部分內容包括對原始測序數(shù)據(jù)質控阐斜，然后比對過濾，這是所有NGS數(shù)據(jù)處理的上游分析诀紊。 ATAC-Seq與其他方法不同的一點是需要過濾去除線粒體（如果是植物谒出，還需要過濾葉綠體），...
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用copyKAT推斷腫瘤細胞CNV及解決細胞過濾問題本文共分3部分。 首先介紹一下copyKAT原理和使用方法唧喉。然后提出一個關于細胞過濾的問題捣卤。最后提出一個解決問題的方法供參考忍抽。 1.copyKAT及使用簡介 copyKAT是...
