本節(jié)概覽：hisat2 + featureCounts:獲取hisat2索引文件，hisat2比對和samtools格式轉(zhuǎn)化，featureCounts計數(shù)得到counts表...
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RNA-seq入門實戰(zhàn)（二）：上游數(shù)據(jù)的比對計數(shù)——Hisat2+ featureCounts 與 Salmon -
RNA-Seq數(shù)據(jù)分析：cutadapt+hisat2+samtools+stringtie+deseq2
參考教程： Griffith Lab tutorial[https://rnabio.org/course/] raw data/PF data/Q30 data/clean...
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轉(zhuǎn)錄組分析流程概念及類型： 轉(zhuǎn)錄組（transcriptome）廣義上指某一生理條件下垂涯，細(xì)胞內(nèi)所有轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物的集合，包括信使RNA、核糖體RNA、轉(zhuǎn)運RNA及非編碼RNA谣妻；狹義上指所有mRN...
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【R 基礎(chǔ)】補充篇 轉(zhuǎn)錄組分析儲備1 介紹R及R Studio 右上角history，To Console選擇到左下角卒稳，To Source選擇到左上編輯器內(nèi)蹋半。 畫圖沒出圖：dev.off 包的安裝路徑：.li...
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RNA-seq入門（三）比對、輸出表達(dá)矩陣一充坑、hisat2進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組比對 1. 首先下載參考基因組 在NCBI,UCSC和Ensemble數(shù)據(jù)庫都可以下載到參考基因組减江，這里下載UCSC的參考基因組。 https://...
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GEO數(shù)據(jù)挖掘（四）使用STRING數(shù)據(jù)庫進(jìn)行PPI分析首先準(zhǔn)備好前面分析的差異基因捻爷，進(jìn)入STRING數(shù)據(jù)庫分析頁面：https://cn.string-db.org/[https://cn.string-db.org/] 第一步...
