簡介Scissor R包提出的Scissor算法(function Scissor)，這是一種新穎的單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析方法。利用批量（bulk）表型從單細(xì)胞測(cè)序(scRNA-se...
發(fā)簡信
IP屬地：澳門
-
R Package Scissor 學(xué)習(xí)筆記 -
單細(xì)胞 | 單細(xì)胞數(shù)據(jù)格式轉(zhuǎn)換：Converting from loom/h5ad to Seurat最近看到Fly Cell Atlas (FCA) 公布果蠅的多個(gè)組織的單細(xì)胞核轉(zhuǎn)錄組測(cè)序數(shù)據(jù)浙芙，雖然FCA組織提供了多個(gè)在線平臺(tái)（例如SCope）進(jìn)行非常方便的可視化和多種分析...
-
Cytoscape + STRING + cytoHubba 聯(lián)合使用尋找hub基因今天是不用學(xué)代碼利用生信軟件聯(lián)合“點(diǎn)點(diǎn)點(diǎn)”就可以取得hub基因的“白癡”實(shí)操璧瞬，趕快點(diǎn)起來～ Hub基因（關(guān)鍵基因）是在生物學(xué)過程中發(fā)揮重要作用的基因男应，它往往在通路中為主導(dǎo)地位...
-
計(jì)算兩個(gè)單細(xì)胞dataset的相關(guān)性日常掰瞎 ??對(duì)于bulk-RNA來說搞疗，計(jì)算兩個(gè)樣本的相關(guān)性可以選取共有基因的表達(dá)值直接來計(jì)算相關(guān)系數(shù)陌凳，從而得到兩個(gè)樣本的關(guān)系性剥懒。那么單細(xì)胞如何計(jì)算呢？首先合敦，我們需要明白一點(diǎn)...
-
答讀者問(1)：非模式物種找marker初橘；如何根據(jù)marker定義細(xì)胞類型下午花了兩個(gè)小時(shí)回答讀者的疑問，覺得可以記錄下來充岛，也許能幫到一部分人保檐。 第一位讀者做的是非模式物種的單細(xì)胞。 一開始以為是想問我非模式物種的marker基因在哪兒找崔梗，讀者朋友...
-
單細(xì)胞分析實(shí)錄(7): 差異表達(dá)分析/細(xì)胞類型注釋
前面已經(jīng)講解了：單細(xì)胞分析實(shí)錄(1): 認(rèn)識(shí)Cell Hashing[http://www.reibang.com/p/02b70bda5d0a]單細(xì)胞分析實(shí)錄(2): 使...
-
單細(xì)胞分析實(shí)錄(6): 去除批次效應(yīng)/整合數(shù)據(jù)
上一篇已經(jīng)講解了Seurat標(biāo)準(zhǔn)流程夜只，推文的最后，注意到了不同樣本之間的表達(dá)數(shù)據(jù)是存在批次效應(yīng)的蒜魄，就像下圖這樣扔亥，有些是可以聚到一起的亞群，卻出現(xiàn)了不同樣本分開/偏移的情況谈为，比...
-
R包c(diǎn)lusterProfiler: 轉(zhuǎn)換ID旅挤、GO/KEGG富集分析參考這篇ID轉(zhuǎn)換不用怕，clusterProfiler幫你忙這篇詳細(xì)講了無參考基因組該怎么辦伞鲫，值得一看 簡單介紹一下幾種常用的ID：Ensemble id：一般以ENSG開頭...
-
利用R語言作PPI（免String網(wǎng)頁和安裝cytoscape法）原創(chuàng)來自https://mp.weixin.qq.com/s/xw-x_r9yq6Iiw-4LwyKvWw粘茄，本人稍作修改，原文是針對(duì)小鼠秕脓，現(xiàn)改為人類當(dāng)?shù)玫讲町惢蚝笃獍辏芏鄷r(shí)候...
