@小熊_wh 你好請問是需要什么樣的文件導入呢乡洼，類似于一列是TF一列是基因的表格
pySCENIC的轉錄因子分析及數(shù)據(jù)可視化（三）參考生信技能樹：pyscenic的轉錄因子分析結果展示之5種可視化[https://mp.weixin.qq.com/s/SIfyGzx4fwXPtQsVvvwwMQ]、py...
發(fā)簡信
IP屬地：山西
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@小熊_wh 成功的曙求，沒有報錯
pySCENIC的轉錄因子分析及數(shù)據(jù)可視化（三）
參考生信技能樹：pyscenic的轉錄因子分析結果展示之5種可視化[https://mp.weixin.qq.com/s/SIfyGzx4fwXPtQsVvvwwMQ]牌借、py...
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您好度气，請教一下，遇到了這樣的報錯Error in calcRSS(AUC = getAUC(sub_regulonAUC), cellAnnotation = cellTypes[colnames(sub_regulonAUC), :
could not find function "calcRSS"pySCENIC的轉錄因子分析及數(shù)據(jù)可視化（三）
參考生信技能樹：pyscenic的轉錄因子分析結果展示之5種可視化[https://mp.weixin.qq.com/s/SIfyGzx4fwXPtQsVvvwwMQ]膨报、py...
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@Bio_Infor 謝謝磷籍！
單細胞分析踩坑實錄：DotPlot()之'RNA' assay還是 'integrated' assay?
前段時間在生信技能樹單細胞學習小分隊分享單細胞文章復現(xiàn)，一不小心就踩了一個坑……記錄在這兒和大家一起分享现柠。 背景 主要是想復現(xiàn)2020年發(fā)表在 PNAS 上的一篇題為 Sin...
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您的分享對我很有幫助院领，想請問這篇文章的復現(xiàn)有全部流程嗎，方便分享嗎
單細胞分析踩坑實錄：DotPlot()之'RNA' assay還是 'integrated' assay?
前段時間在生信技能樹單細胞學習小分隊分享單細胞文章復現(xiàn)够吩，一不小心就踩了一個坑……記錄在這兒和大家一起分享比然。 背景 主要是想復現(xiàn)2020年發(fā)表在 PNAS 上的一篇題為 Sin...
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R Package Scissor 學習筆記簡介Scissor R包提出的Scissor算法(function Scissor)湾笛，這是一種新穎的單細胞數(shù)據(jù)分析方法饮怯。利用批量（bulk）表型從單細胞測序(scRNA-se...
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單細胞 | 單細胞數(shù)據(jù)格式轉換：Converting from loom/h5ad to Seurat最近看到Fly Cell Atlas (FCA) 公布果蠅的多個組織的單細胞核轉錄組測序數(shù)據(jù)置媳，雖然FCA組織提供了多個在線平臺（例如SCope）進行非常方便的可視化和多種分析...
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Cytoscape + STRING + cytoHubba 聯(lián)合使用尋找hub基因今天是不用學代碼利用生信軟件聯(lián)合“點點點”就可以取得hub基因的“白癡”實操，趕快點起來～ Hub基因（關鍵基因）是在生物學過程中發(fā)揮重要作用的基因公条，它往往在通路中為主導地位...
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@myshu 好的謝謝
seurat對象中gene symbol的替換（自定義R包）
我們在處理seurat對象的時候經(jīng)常會發(fā)現(xiàn)R對象會自動把我們的gene symbol給替換掉靶橱，比如所有的下劃線被替換成了短橫線翩蘸。會出現(xiàn)如下warning 這樣的結果就是畫出來...
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您好七冲，為什么我找不到這個R包呢
seurat對象中gene symbol的替換（自定義R包）
我們在處理seurat對象的時候經(jīng)常會發(fā)現(xiàn)R對象會自動把我們的gene symbol給替換掉，比如所有的下劃線被替換成了短橫線。會出現(xiàn)如下warning 這樣的結果就是畫出來...
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計算兩個單細胞dataset的相關性日常掰瞎 ??對于bulk-RNA來說识埋，計算兩個樣本的相關性可以選取共有基因的表達值直接來計算相關系數(shù)凡伊，從而得到兩個樣本的關系性。那么單細胞如何計算呢窒舟？首先系忙，我們需要明白一點...
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答讀者問(1)：非模式物種找marker；如何根據(jù)marker定義細胞類型下午花了兩個小時回答讀者的疑問惠豺，覺得可以記錄下來银还，也許能幫到一部分人。 第一位讀者做的是非模式物種的單細胞洁墙。 一開始以為是想問我非模式物種的marker基因在哪兒找蛹疯，讀者朋友...
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單細胞分析實錄(7): 差異表達分析/細胞類型注釋
前面已經(jīng)講解了：單細胞分析實錄(1): 認識Cell Hashing[http://www.reibang.com/p/02b70bda5d0a]單細胞分析實錄(2): 使...
