40. 網(wǎng)絡(luò)圖繪制 清除當(dāng)前環(huán)境中的變量 設(shè)置工作目錄 使用igraph包繪制網(wǎng)絡(luò)圖 使用ggraph包繪制網(wǎng)絡(luò)圖 使用networkD3包繪制動態(tài)網(wǎng)絡(luò)圖
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R語言可視化（四十）：網(wǎng)絡(luò)圖繪制 -
如何用R語言做差異代謝物的kegg富集分析編寫：王采荷 感覺已經(jīng)很久沒有在簡書上分享自己的東西了什黑，今天在集合其他大佬的力量終于把“如何用R語言做差異代謝物的kegg富集分析”這個問題給解決了箍镜。我決定將這個過程分享到簡...
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R語言之?dāng)?shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)化方法大全decostand 是群落生態(tài)學(xué)中常用的工具包，提供了很多主流且高效的數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)化方法卧蜓。 基本語法 標(biāo)準(zhǔn)化酣胀，和轉(zhuǎn)化相反功炮，是求相對值慕匠，旨在降低數(shù)據(jù)之間因量級、單位等差異而帶來的數(shù)...
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[R]基因ID轉(zhuǎn)換阅仔、鼠基因轉(zhuǎn)為人基因
Ensembl, EntreID,Symbol這三種基因名格式的互相轉(zhuǎn)換 法1：org.Hs.eg.db包 法2：biomaRt包 將老鼠基因轉(zhuǎn)為人類基因名 法1：直接轉(zhuǎn)換 ...
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TCGA+biomarker——單因素Cox回歸
生存分析KM法與Cox法異同 KM 方法即Kaplan-Meier survival estimate是一種無參數(shù)方法(non-parametric)來從觀察的生存時間來估計...
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單基因TCGA的Cox森林圖怎么畫才好看首先調(diào)取Xena網(wǎng)頁的TCGA數(shù)據(jù)做Cox生存分析吹散，數(shù)據(jù)可以通過hiplot官網(wǎng)自主研發(fā)的ucsc-xena-shiny直接在線獲取訪問https://hiplot.com....
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R實(shí)戰(zhàn) | Lasso回歸模型建立及變量篩選R實(shí)戰(zhàn) | Lasso回歸模型建立及變量篩選 Tibshirani(1996) 引入了 LASSO (Least Absolute Shrinkage and Selecti...
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ssGSEA分析ssGSEA即單樣本GSEA分析，主要可以用來量化免疫浸潤八酒。 免疫浸潤是什么空民？要是直白的解釋就是免疫細(xì)胞滲透到腫瘤組織的程度。一般我們說腫瘤組織當(dāng)中的成分，首先想到的是腫瘤細(xì)...
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【R>>DepMap】單基因腫瘤細(xì)胞表達(dá)情況CCLE是腫瘤細(xì)胞基因表達(dá)的百科全書界轩，之前寫CCLE：求任意基因的相關(guān)性[http://www.reibang.com/p/59f979ab09ee]稍微介紹過其用法画饥。今天...
