decostand 是群落生態(tài)學(xué)中常用的工具包鳍寂，提供了很多主流且高效的數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)化方法摇天。 基本語(yǔ)法 標(biāo)準(zhǔn)化，和轉(zhuǎn)化相反细溅，是求相對(duì)值，旨在降低數(shù)據(jù)之間因量級(jí)喉誊、單位等差異而帶來(lái)的數(shù)...
發(fā)簡(jiǎn)信
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R語(yǔ)言之?dāng)?shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)化方法大全 -
[R]基因ID轉(zhuǎn)換、鼠基因轉(zhuǎn)為人基因
Ensembl, EntreID,Symbol這三種基因名格式的互相轉(zhuǎn)換 法1：org.Hs.eg.db包 法2：biomaRt包 將老鼠基因轉(zhuǎn)為人類基因名 法1：直接轉(zhuǎn)換 ...
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TCGA+biomarker——單因素Cox回歸
生存分析KM法與Cox法異同 KM 方法即Kaplan-Meier survival estimate是一種無(wú)參數(shù)方法(non-parametric)來(lái)從觀察的生存時(shí)間來(lái)估計(jì)...
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單基因TCGA的Cox森林圖怎么畫(huà)才好看首先調(diào)取Xena網(wǎng)頁(yè)的TCGA數(shù)據(jù)做Cox生存分析寸认，數(shù)據(jù)可以通過(guò)hiplot官網(wǎng)自主研發(fā)的ucsc-xena-shiny直接在線獲取訪問(wèn)https://hiplot.com....
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R實(shí)戰(zhàn) | Lasso回歸模型建立及變量篩選R實(shí)戰(zhàn) | Lasso回歸模型建立及變量篩選 Tibshirani(1996) 引入了 LASSO (Least Absolute Shrinkage and Selecti...
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ssGSEA分析ssGSEA即單樣本GSEA分析，主要可以用來(lái)量化免疫浸潤(rùn)串慰。 免疫浸潤(rùn)是什么偏塞？要是直白的解釋就是免疫細(xì)胞滲透到腫瘤組織的程度。一般我們說(shuō)腫瘤組織當(dāng)中的成分邦鲫，首先想到的是腫瘤細(xì)...
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【R>>DepMap】單基因腫瘤細(xì)胞表達(dá)情況CCLE是腫瘤細(xì)胞基因表達(dá)的百科全書(shū)灸叼，之前寫(xiě)CCLE：求任意基因的相關(guān)性[http://www.reibang.com/p/59f979ab09ee]稍微介紹過(guò)其用法。今天...
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GSEA富集分析+R分析+多類美化工具相關(guān)原理詳細(xì)介紹生信技能樹(shù)詳解GSEA[https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzAxMDkxODM1Ng==&mid=2247507922&id...
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R 包安裝失敗解決（一）今天自己在安裝包的時(shí)候總是報(bào)錯(cuò)庆捺，但是正常情況下就應(yīng)該這么安裝呀古今，這到底怎么解決呢？ 偶然發(fā)現(xiàn)解決方法如下： install.packages('RSQLite', depen...
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單細(xì)胞分析實(shí)錄(12): 如何推斷腫瘤細(xì)胞
公眾號(hào)后臺(tái)回復(fù)20210418滔以，獲取本文的測(cè)試數(shù)據(jù) 1. 回顧 前面我已經(jīng)講解了inferCNV的基本用法[http://www.reibang.com/p/c01f56b...
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泛癌分析 —（1）泛癌分析基因表達(dá)矩陣處理 Note：數(shù)據(jù)從UCSC Xena下載捉腥，一共33種癌癥，這里對(duì)于如何下載不做介紹醉者。 1. 文件下載和處理 下載好的數(shù)據(jù)共33個(gè)文件但狭，放到同一個(gè)文件夾...
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【R>>IMvigor210CoreBiologies】免疫反應(yīng)2018年的Nature 上公開(kāi)了一份尿路上皮癌（BLCA）的免疫治療隊(duì)列數(shù)據(jù)，而這份數(shù)據(jù)就儲(chǔ)存在IMvigor210CoreBiologies包中撬即。下面就來(lái)學(xué)習(xí)下吧 1.I...
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關(guān)于X-tile 選擇生存曲線的最佳Cut-offhttps://answers.microsoft.com/en-us/windows/forum/windows_8-winapps-appother/net-framew...
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R|illumina芯片beads系列-lumiIllumina是常見(jiàn)的3大制造商之一立磁，lumi包主要針對(duì)Illumina公司出品的bead系列表達(dá)譜和甲基化芯片進(jìn)行質(zhì)控、標(biāo)準(zhǔn)化剥槐，獲得表達(dá)矩陣唱歧。它已經(jīng)封裝好lumiExpr...
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illumina beadchip 芯片原始數(shù)據(jù)處理需求 和這一篇的需求一致，不同公司的芯片原始數(shù)據(jù)處理方式也不同粒竖，最終都是為了得到表達(dá)矩陣颅崩，今天介紹的是illumina beadchip 芯片，用神奇的limma搞定它蕊苗。找不...
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GEO數(shù)據(jù)庫(kù)學(xué)習(xí)總結(jié)（三）ID轉(zhuǎn)換通過(guò)前面的數(shù)據(jù)下載沿后，我們一般都可以得到如下矩陣，為了后續(xù)分析及文章需要朽砰，我們則需要吧探針名轉(zhuǎn)化為gene_symbol ID轉(zhuǎn)化主要分為二步 Ⅰ尖滚、得到探針一一對(duì)應(yīng)的基因名Ⅱ、...
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TCGA 差異分析及作圖原始數(shù)據(jù)準(zhǔn)備 學(xué)習(xí)生信我認(rèn)為首先要具有全局觀瞧柔，首先要弄清楚做什么分析漆弄，需要準(zhǔn)備什么文件，然后把這些文件變成什么樣子造锅。當(dāng)準(zhǔn)備工作做好后撼唾，直接調(diào)用R包進(jìn)行分析和作圖。為了方便看哥蔚，...
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TCGA數(shù)據(jù)下載與ID轉(zhuǎn)換
今天繼續(xù)我們的TCGA數(shù)據(jù)分析系列倒谷。 TCGA數(shù)據(jù)下載 TCGA數(shù)據(jù)下載的方式有很多蛛蒙，本次我們利用UCSC Xena數(shù)據(jù)庫(kù)下載數(shù)據(jù)，網(wǎng)址是：https://xenabrows...
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下載TCGA基因表達(dá)量文件恨锚，應(yīng)該選Count,FPKM還是FPKM-UQ ?GDC中轉(zhuǎn)錄組的表達(dá)量文件有3種類型宇驾，分別對(duì)應(yīng)著不同的定量方法。 Counts 就不用說(shuō)了猴伶，來(lái)看看FPKM和FPKM-UQ有啥差別，這個(gè)可以查看GDC的官方說(shuō)明文檔中的轉(zhuǎn)錄組...
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三種差異分析的整理針對(duì)測(cè)序數(shù)據(jù)和芯片數(shù)據(jù)塌西，目前常用差異分析的R包有edgeR他挎、limma、DESeq2捡需，做一簡(jiǎn)單比較办桨，方便平時(shí)分析。內(nèi)容多為搬運(yùn)站辉，主要方便下次尋找呢撞。 1. 三種分析方法的比較 ...