研究流程圖 摘要 背景 隨著動(dòng)物表型組學(xué)（遙感等）和深度表型（多組學(xué)數(shù)據(jù)）分析的快速發(fā)展，可以從每個(gè)個(gè)體獲得數(shù)千種傳統(tǒng)（但也有分子）表型违崇。然而阿弃，在動(dòng)物育種方面，如何處理如此大...
發(fā)簡信
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MegaLMM結(jié)合表型組（數(shù)千性狀）在動(dòng)物遺傳育種應(yīng)用探索 -
綜述：動(dòng)物表型組學(xué)：利用人工智能亦歉、大數(shù)據(jù)恤浪、可穿戴設(shè)備和物聯(lián)網(wǎng)進(jìn)行高通量家畜表型分析文章要點(diǎn) 隨著遺傳數(shù)據(jù)越來越容易獲取，表型分析取代基因分型成為遺傳學(xué)研究的瓶頸肴楷。 使用機(jī)器學(xué)習(xí)（通常稱為“人工智能”）生成身體測量值和活動(dòng)數(shù)據(jù)的新型可穿戴設(shè)備和相機(jī)或錄音機(jī)等...
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飼料效率和腸道甲烷排放指標(biāo)與瘤胃微生物組成結(jié)果不一致亮點(diǎn) ? 與飼料效率和甲烷排放相關(guān)的瘤胃微生物群的結(jié)果受到所用指數(shù)的影響? 特定的瘤胃微生物分類群與每個(gè)指數(shù)相關(guān)? 標(biāo)準(zhǔn)化飼料效率和甲烷排放指標(biāo)對于準(zhǔn)確評估瘤胃微生物群的重要...
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從遺傳關(guān)聯(lián)到基因：方法、應(yīng)用和挑戰(zhàn) (綜述)重點(diǎn) 將全基因組關(guān)聯(lián)研究 (GWAS) 與分子數(shù)量性狀位點(diǎn) (xQTL)（包括背景依賴性 (cd)-xQTL）跨多個(gè)組學(xué)水平相結(jié)合荠呐，有助于揭示 GWAS 信號背后的假定因果基...
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R繪圖：ggplot2繪制火山圖火山圖是測序分析報(bào)告中最為核心的圖片之一赛蔫。繪制火山圖的方法有許多，Excel和第三方軟件等泥张，本文主要運(yùn)用ggplot2和ggrepel兩個(gè)R包演示[1][2]。橫坐標(biāo)為Fol...
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全基因組序列數(shù)據(jù)對家畜全基因組關(guān)聯(lián)研究的貢獻(xiàn)：結(jié)果和觀點(diǎn)綜述的主要結(jié)論 全基因組序列數(shù)據(jù)的采用并沒有導(dǎo)致對因果變異進(jìn)行更精細(xì)的繪制。 更大的樣本量和多樣性比更高的變異密度更有利钉赁。 多品種全基因組關(guān)聯(lián)研究或薈萃分析提高了檢測能力航瞭。 ...
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表觀組學(xué)數(shù)據(jù)用于基因組選擇文章名字翻譯：通過家畜物種表觀基因組數(shù)據(jù)的調(diào)控特征篩選和評估功能變異 摘要 背景： 基因組調(diào)控區(qū)域中的單核苷酸多態(tài)性 (SNP) 和小插入/缺失 (2-50bp) 可能會(huì)影響...
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這個(gè)給出的是每條序列代表一個(gè)體； 一般測序只會(huì)給你SNP位點(diǎn)上的一個(gè)堿基钞钙；一般分析是不考慮三個(gè)或多個(gè)等位基因
1-群體遺傳的基礎(chǔ)介紹
群體遺傳學(xué)狹義上是指分子群體遺傳學(xué)鳄橘，主要是研究基因組內(nèi)突變在群體中頻率的升高或降低。研究內(nèi)容有：群體結(jié)構(gòu)芒炼，遷移史瘫怜，群體有效群體大小。通過一些模型對上述內(nèi)容進(jìn)行分析本刽。 以下前5...
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學(xué)習(xí)Bayes-軟件前一段時(shí)間進(jìn)行了Bayes培訓(xùn)鲸湃，所以想總結(jié)和進(jìn)一步學(xué)習(xí)Bayes方法。主要是用來估計(jì)SNP的效應(yīng)(GWAS)和應(yīng)用不同生物信息給SNP權(quán)重子寓，提高GP的準(zhǔn)確性 Bayes算法簡...
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Genotype data ID處理
因?yàn)閯?dòng)物的ID長短不同暗挑，但是BLUPF90軟件進(jìn)行分析時(shí)，要求ID必須相同斜友，可以做如下處理：Linux 自己使用awk '{printf "%-16s %-566170s \...
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Adobe Acrobat Pro DC 2022 軟件下載安裝詳細(xì)教程軟件介紹 Adobe Acrobat Pro DC 2022是一款由Adobe官方推出的PDF編輯和閱讀軟件炸裆，是目前互聯(lián)網(wǎng)上最專業(yè)最優(yōu)秀的桌面pdf解決方案，它將全球最佳的P...
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在沒有系譜信息的情況下對熱帶肉牛進(jìn)行多品種基因組評估此文章是Ben J. Hayes作為一作發(fā)表在GSE上蝙寨。其提出的新模型可能非常有利于我國地方品種動(dòng)物的遺傳估計(jì)晒衩。所以進(jìn)行翻譯和分享嗤瞎。 背景 在多品種熱帶肉牛群體中實(shí)施基因組選...
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生信小白一枚贝奇，<br><br>有問題可以私信我，<br><br>謝謝靠胜。
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本公眾的三個(gè)合集（文獻(xiàn)總結(jié)掉瞳，算法與軟件，模型）已經(jīng)寫了近三年的博客浪漠，對過去的發(fā)表內(nèi)容進(jìn)行了一個(gè)簡單總結(jié)陕习，分為了三個(gè)合集。如果有需要查看的址愿，可以直接查看集合鏈接该镣。 1. 文獻(xiàn)總結(jié) 鏈接：https://mp.weixin....
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多組學(xué)結(jié)合基因組來增加基因組預(yù)測（GP）的準(zhǔn)確性最近參加了EAAP會(huì)議，聽了 Ole F. Christensen報(bào)告了將多組學(xué)數(shù)據(jù)加入到GP中的報(bào)告响谓。 其測試的結(jié)果是：微生物組(https://doi.org/10.31...
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動(dòng)物育種中的遞歸模型（Recursive models）：解釋损合、限制和擴(kuò)展我們經(jīng)常使用多性狀模型探索多個(gè)性狀之間的遺傳相關(guān)性。但是如果我們想知道幾個(gè)性狀之間的因果關(guān)系娘纷，就需要使用遞歸模型（也稱為結(jié)構(gòu)方程）來探索嫁审。如最近的文章：使用貝葉斯學(xué)習(xí)和基因組...
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模擬牛的小群體育種中引入外來公牛凍精的利弊國內(nèi)目前一些養(yǎng)殖企業(yè)或者省份想要培育屬于自己特色的牛群體。但是在培育過程中赖晶，需要避免高度近親繁殖律适，出現(xiàn)近交衰退，還是會(huì)使用國外或者國內(nèi)其他地區(qū)公牛的凍精（國內(nèi)則可能出現(xiàn)只使用...