作者微姊，Evil Genius 今天我們參考的文章來(lái)自Beyond genetics: driving cancer with the tumour microenvironm...
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：甘肅
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癌癥的微環(huán)境和表觀遺傳驅(qū)動(dòng)因素 -
CITE-seq：同時(shí)測(cè)細(xì)胞表面蛋白和RNA的單細(xì)胞測(cè)序單細(xì)胞測(cè)序方法和原理系列： 1. 單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組建庫(kù)原理：SMART品擎、TargetAmp和10X genomics[http://www.reibang.com/p/6c5d...
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3.Single-cell sequencing in stem cell biology
Single-cell sequencing in stem cell biology 在哺乳動(dòng)物早期胚胎中只有少量多能干細(xì)胞庆尘；組織特異性干細(xì)胞通常只有少量存在于特殊的組織和...
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cel格式的芯片原始數(shù)據(jù)處理
收到一個(gè)學(xué)生求助，得到空的表達(dá)矩陣适掰，限于目前初學(xué)的狀態(tài)，處理原始數(shù)據(jù)比較困難，但又急用狞玛，這不软驰，我來(lái)幫忙咯。 1.初步探索 表達(dá)矩陣確實(shí)是空的心肪，不過(guò)附件里提供了cel格式的原始...
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芯片數(shù)據(jù)和RNA-seq的差異分析流程由于太久沒有分析過(guò)bulk數(shù)據(jù)了锭亏，前幾天突然被要求分析一個(gè)文章的數(shù)據(jù)時(shí)有點(diǎn)亂了手腳，所以在這里想總結(jié)一下關(guān)于芯片數(shù)據(jù)與seq數(shù)據(jù)的差異分析流程硬鞍。 假如你是小白慧瘤，也剛剛了解NG...
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德布魯因圖 (De Bruijn graph)在圖論[https://en.wikipedia.org/wiki/Graph_theory]中，m個(gè)符號(hào)的n維德布魯因圖是表示符號(hào)序列之間重疊的有向圖[https://en...
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關(guān)于readsCount固该、RPKM/FPKM锅减、RPM(CPM)、TPM的理解
背景 feature 定義：基因組上對(duì)具有不同性質(zhì)區(qū)域的定義 (例如：gene/exon/intron/miRNA等)伐坏。 優(yōu)點(diǎn)：利于分類整理結(jié)果怔匣。 兩類測(cè)序bias 長(zhǎng)度bi...
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轉(zhuǎn)錄組--STAR比對(duì)（可用于差異分析、可變剪接分析和call_SNP）
1 建索引 2 比對(duì)(若用于GATK桦沉，可不排序輸出sam文件) 1)常規(guī)比對(duì)（一次2個(gè)吧, 用于差異分析） 2-pass模式（用于RNA數(shù)據(jù)的GATK--call_snp） ...
