作者哈恰，Evil Genius 今天我們參考的文章來自Beyond genetics: driving cancer with the tumour microenvironm...
發(fā)簡信
IP屬地：陜西
-
癌癥的微環(huán)境和表觀遺傳驅動因素 -
CITE-seq：同時測細胞表面蛋白和RNA的單細胞測序單細胞測序方法和原理系列： 1. 單細胞轉錄組建庫原理：SMART塘慕、TargetAmp和10X genomics[http://www.reibang.com/p/6c5d...
-
3.Single-cell sequencing in stem cell biology
Single-cell sequencing in stem cell biology 在哺乳動物早期胚胎中只有少量多能干細胞；組織特異性干細胞通常只有少量存在于特殊的組織和...
-
cel格式的芯片原始數(shù)據(jù)處理
收到一個學生求助轴或，得到空的表達矩陣瓦戚，限于目前初學的狀態(tài)，處理原始數(shù)據(jù)比較困難摸吠，但又急用空凸，這不，我來幫忙咯寸痢。 1.初步探索 表達矩陣確實是空的呀洲，不過附件里提供了cel格式的原始...
-
芯片數(shù)據(jù)和RNA-seq的差異分析流程由于太久沒有分析過bulk數(shù)據(jù)了，前幾天突然被要求分析一個文章的數(shù)據(jù)時有點亂了手腳，所以在這里想總結一下關于芯片數(shù)據(jù)與seq數(shù)據(jù)的差異分析流程道逗。 假如你是小白兵罢，也剛剛了解NG...
-
德布魯因圖 (De Bruijn graph)在圖論[https://en.wikipedia.org/wiki/Graph_theory]中，m個符號的n維德布魯因圖是表示符號序列之間重疊的有向圖[https://en...
-
關于readsCount滓窍、RPKM/FPKM卖词、RPM(CPM)、TPM的理解
背景 feature 定義：基因組上對具有不同性質區(qū)域的定義 (例如：gene/exon/intron/miRNA等)吏夯。 優(yōu)點：利于分類整理結果此蜈。 兩類測序bias 長度bi...
-
轉錄組--STAR比對（可用于差異分析、可變剪接分析和call_SNP）
1 建索引 2 比對(若用于GATK噪生，可不排序輸出sam文件) 1)常規(guī)比對（一次2個吧, 用于差異分析） 2-pass模式（用于RNA數(shù)據(jù)的GATK--call_snp） ...
-
生信流程搭建（二）Ensembl數(shù)據(jù)庫下載常用參考序列與對應的gtf文件裆赵、MT文件
在下載參考序列的時候遇到了很多大坑，對于一些不理解的版本信息跺嗽，極力推薦去官網(wǎng)的ftp下載目錄中查看Readme文檔 一战授、下載參考序列fasta及注釋文件gtf、線粒體MT 人...
-
最全Bedtools使用說明--只看本文就夠了1 Bedtools:一個強大的基因組算法工具集 Bedtools是由猶他大學昆蘭實驗室開發(fā)的基因組算法工具集桨嫁，它堪稱是基因組分析工具中的瑞士軍刀植兰。Bedtools可以對基因...
-
bedtools的一個報錯：Received illegal bin number xxxxx from getBin call
在Biostars上找到了原因——https://www.biostars.org/p/129072/ 原來是坐標數(shù)值太大（也可以說是基因組size太大），超過了536,87...
-
匯總 | 轉錄本表達矩陣 到 基因表達矩陣寫在前面 前天璃吧，我寫了一個 TBtools 插件楣导，意在讓所有人都能自主分析轉錄組測序數(shù)據(jù)，進而獲得 基因表達量矩陣（TPM） 和 基因讀段計數(shù)矩陣（Count）肚逸。已經(jīng)提過了爷辙，...
-
-
DNA loop是什么——Loop結構學習摸索了很久膝晾，在中文網(wǎng)沒有找到很理想的帶領小白入門三維基因組學的專題內(nèi)容，因此在學習的過程中想把這寫內(nèi)容記錄下來务冕，希望對后來的像我這樣的學生能夠得到一些幫助血当。 隨著Hi-C...
-
PASTIS：從HiC矩陣推斷染色體3D結構
前言 ??HiC數(shù)據(jù)的另外一個用途就是可以推斷染色體的3D結構箩退。小編也是第一次做染色體三維推斷的分析离熏，而網(wǎng)絡上也很少能找到關于此分析的帖子，所以在這過程中也是踩了不少的坑戴涝，所...
-
【生信】格式轉換：轉成bed及bed12格式
基因組注釋gtf文件或bed6文件轉bed12文件 上一篇詳細介紹了bed格式滋戳，尤其清楚的解釋了bed格式中的最后三列钻蔑，這三列對于理解bed12格式轉換至關重要。 本文主要介...
-
比較Hi-C數(shù)據(jù)分析的計算方法基于Hi-C數(shù)據(jù)的深層挖掘和多組學聯(lián)合分析已經(jīng)成為了三維基因組領域的重要組成部分奸鸯。而工欲善其事必先利其器咪笑，夯實基礎方能壘砌高臺。染色質構象各個層級的識別和鑒定的準確性會直接影...
