曼哈頓圖(Manhattan plot)是一種GWAS分析中常用的展示基因組數(shù)據(jù)的散點(diǎn)圖。可以R語(yǔ)言中的qqman烫沙、CMplot及ggplot2三個(gè)包繪制曼哈頓圖痕支。 基于qq...
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曼哈頓圖--R可視化 -
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使用GEMMA進(jìn)行GWAS分析
GEMMA（Genome-wide Efficient Mixed Model Association algorithm）是一款基于混合線性模型的GWAS分析軟件溉贿。相比較...
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重復(fù)一篇文獻(xiàn)的GWAS（二）：用GEMMA跑GWAS上一篇寫的是：重復(fù)一篇文獻(xiàn)的GWAS（一）：基因型數(shù)據(jù)整理這一篇主要講GWAS的核心流程和畫圖代兵。 軟件使用參考：使用GEMMA進(jìn)行復(fù)雜性狀全基因組關(guān)聯(lián)分析(GWAS)http...
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R語(yǔ)言畫圖基礎(chǔ)功能
R語(yǔ)言有著很強(qiáng)大的畫圖功能。我們可以從下面的語(yǔ)句中得到 1爷狈、繪畫函數(shù) 高級(jí)畫圖功能（創(chuàng)建一個(gè)新的圖形） 低級(jí)繪圖函數(shù)（在現(xiàn)有的圖形上添加元素） 2植影、繪圖參數(shù)介紹 高級(jí)繪圖函數(shù)...
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GWAS--軟件EMMAX和GEMMAEMMAX 下載：http://csg.sph.umich.edu//kang/emmax/download/index.html解壓后即可直接用 前期需plink準(zhǔn)備輸入文...
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使用GEMMA進(jìn)行復(fù)雜性狀全基因組關(guān)聯(lián)分析(GWAS)GEMMA（Genome-wide Efficient Mixed Model Association algorithm）是一款基于混合線性模型的GWAS分析軟件（文獻(xiàn)信息...
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R語(yǔ)言實(shí)現(xiàn)GWAS結(jié)果顯著SNP位點(diǎn)歸類提取與變異類型轉(zhuǎn)化
GWAS結(jié)果顯著SNP位點(diǎn)歸類提取與變異類型轉(zhuǎn)化 根據(jù)GWAS得到的Rresult文件信息，能夠找出每個(gè)snp位點(diǎn)對(duì)應(yīng)的顯著性情況和基因變異信息盯蝴，接下來(lái)毅哗，需要根據(jù)表格中的信息...
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干貨 | 10大SNP檢測(cè)方法匯總分析文章來(lái)源：IVD技術(shù)咖單核苷酸多態(tài)性(Single Nucleotide Polymorphisms, SNP)主要是指在基因組水平上由單個(gè)核苷酸的變異所引起的DNA序列多態(tài)...
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plink對(duì)SNP進(jìn)行關(guān)聯(lián)分析
文件 1. 查看數(shù)據(jù) 這里虑绵，文件是bed文件尿瞭，二進(jìn)制不方便查看，我們將其轉(zhuǎn)化為ped文件和map文件 注意翅睛，這里我使用的是ped和map格式声搁，如果ped文件中有表型數(shù)據(jù)（第六...
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R數(shù)據(jù)可視化12:曼哈頓圖曼哈頓圖的名字來(lái)源是因?yàn)槠湫稳缏D的天際線：高聳在較低高度的“建筑物”上方的摩天大樓的輪廓疏旨。主要用于GWAS結(jié)果的展示，今天讓我們來(lái)看看如何繪制曼哈頓圖扎酷。 什么是曼哈頓圖 ...
