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mRNA-seq學習（三）：htseq-count計數(shù)htseq-count計數(shù)的相關(guān)內(nèi)容前面在不同的學習階段寫過兩次，分別是合并htseq-count的結(jié)果得到count matrix和htseq-count的一個坑获搏，其中第二...
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ggplot2繪圖學習-箱線圖和小提琴圖最近考種數(shù)據(jù)回來了赖条，今年測得單株，本想用箱線圖表示常熙，后來一并把小提琴圖也做了纬乍，順便做個筆記吧。 利用SUMIF對相同rowname數(shù)據(jù)合并 首先遇到了一個問題裸卫，由于之前在收花...
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常用生物信息學分析在線網(wǎng)址生物信息學分析和作圖是科研狗們的必備技能仿贬。近幾年，隨著數(shù)據(jù)類型的增多墓贿，excel茧泪、SPSS等常用軟件已經(jīng)不能滿足科研需求了蜓氨。R語言以其方便、快捷的優(yōu)勢队伟，迅速獲得許多編程技術(shù)不...
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老板親自傳授的文獻閱讀方法前言 論一個氣場合適的導(dǎo)師的重要性。想起一個微信朋友前截圖 A：導(dǎo)師牛不牛嗜侮，師兄師姐牛不牛刀荒，跟你牛不牛沒有關(guān)系 B：你錯啦，導(dǎo)師牛不牛棘钞，師兄師姐牛不牛缠借，很大程度上決定我牛不牛...
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Pathway通路與GSEA基因集有何區(qū)別？劉小澤寫于19.3.19通常做富集分析時宜猜，我們會遇到兩種方法Pathway和GSEA泼返，它們到底有什么區(qū)別？ 前言 我們通過差異分析會得到一些差異基因姨拥，那么如何知道這些基因是做...
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使用ggord包進行PCA分析和作圖PCA（Principal Component Analysis）主成分分析绅喉， 用來考察多個變量間相關(guān)性一種多元統(tǒng)計方法，研究如何通過少數(shù)幾個主成分來揭示多個變量間的內(nèi)部結(jié)構(gòu)...
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Origin科研繪圖前言 入了生物學的坑叫乌，狗狗們需要時不時的畫一些圖柴罐，看著別人高大上的圖片，大家有沒有好奇這些圖片是怎么做出來的呢? 就本狗狗來看(狗狗可能來自農(nóng)村-_-,)憨奸，現(xiàn)在鋪天蓋地的pa...
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轉(zhuǎn)錄組入門（8）：差異基因結(jié)果注釋作業(yè)要求 我們統(tǒng)一選擇p<0.05而且abs(log2FC)大于1的基因為顯著差異表達基因集革屠，對這個基因集用R包做KEGG/GO超幾何分布檢驗分析。然后把表達矩陣和分組信息分...
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轉(zhuǎn)錄組分析結(jié)果閱讀指南測序容易排宰，解讀困難 現(xiàn)在大部分同學做轉(zhuǎn)錄組實驗都是讓測序公司去分析似芝，經(jīng)過了那么多年的發(fā)展，公司提供的分析結(jié)果也是越來越豐富了板甘，光結(jié)題報告就有幾十頁党瓮，結(jié)果文件有幾百兆甚至超過1...
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計算位點的覆蓋度和深度前面搜集了一些計算測序覆蓋度和深度的方法，這次詳細介紹下samtools如何解決了我的問題盐类。 計算WGS/WES/panel捕獲效率/覆蓋度的方法有哪些：https://ww...
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